Перед выходом в море «двойки» дополнительно вместо торпед принимали в торпедные аппараты еще 6–8 мин. Затем осторожно преодолевали английский минный оборонительный пояс, оказавшийся недостаточно надежным, после чего ставили мины посредине и в наиболее узких местах судоходных путей, на подходах к портам, а иногда прямо в самих портах и местах стоянки судов. Так началась минная война, которую немцы объявили военным и торговым судам.
Результат не замедлил сказаться: 4 декабря в заливе Фёер-оф-Форт наскочил на мину и повредил киль линкор «Нельсон». Немногим раньше, 21 ноября, там же подорвался на мине новый английский крейсер «Белфаст» — у него был поврежден киль. И все же англичанам удалось привести в порт оба корабля и устранить повреждения. По английским данным, за все время Второй мировой войны на немецких минных заграждениях погибло 115 судов общим тоннажем 394 533 брт.
Постановка мин на небольших глубинах и в условиях сильных течений требовала от подводников большого мастерства и хладнокровия. Мастером постановки мин считался командир U-23 капитан-лейтенант Отто Кречмер, будущий подводный ас, профессионал высшего класса, прозванный товарищами по службе «молчуном». Его действия отличались смелостью, ему не раз удавалось ставить мины под самым носом у противника. Англичанам то и дело приходилось тщательно тралить морские пути, которые затем объявлялись свободными от мин и безопасными для торговых судов. Однако не всегда такое траление гарантировало судам безопасность. Потери судоходных компаний по-прежнему росли, и нейтральные государства заявляли протесты.
Потери английских судов от мин, поставленных у входов в порты, резко увеличились. Несколько районов вблизи Ливерпуля — самого большого и важного порта на западном побережье Англии — были объявлены адмиралтейством опасными для плавания. Позже англичанам пришлось даже временно закрыть Ливерпуль.
Британцам трудно было принять соответствующие контрмеры, пока они не узнали устройства мины, обладавшей существенным недостатком: она могла действовать только на сравнительно небольших глубинах. После того как в руки англичан попали две немецкие магнитные мины, изобретение средств защиты оставалось лишь вопросом времени. Они сумели разработать методы траления новых мин и совершенствовали их. Сначала суда размагничивали, пропуская ток через кабель, идущий вокруг корпуса корабля, а позже пришли и к более простым способам. К концу 1939 года англичане снабдили компенсационной обмоткой около тысячи транспортов, и опасность была в основном преодолена.
В начале 1940 года потери на минах значительно сократились, и немецкие лодки вновь переключились на использование торпедного оружия. Но и англичане не спали. Одновременно увеличилось количество кораблей, вооруженных гидролокатором «асдик», стал расти и состав английской авиации противолодочной обороны. Как выяснилось, субмарины, действовавшие в надводном положении, «асдик» практически не могли засечь. Дневные атаки под перископом становились все опаснее, поэтому немцы перешли к ночным атакам из надводного положения, оказавшихся для англичан неожиданными.
Всего минных постановок в тот период было 34. Все немецкие субмарины, кроме двух, выполнили задачу и без повреждений возвратились в базы. Теми двумя, что нашли смерть в заливе Фёрт-оф-Клайд и перед Дувром, оказались соответственно U-33 и U-16. На счету потопленной британским минным тральщиком лодки U-33, которой командовал капитан-лейтенант Ханс-Вильгельм фон Дрески, к тому моменту было 11 судов. Из 42 членов экипажа спасти тогда удалось только 17 человек. Что касается U-16 капитан-лейтенанта Хорста Велльнера, то ее потопили два английских корабля-охотника за подводными лодками 24 октября 1939 года. Из экипажа в живых не осталось никого.
Первые шесть месяцев морской войны против Англии и Франции, а также борьбы с торговыми судами нейтральных стран, заходивших в английские и французские порты, принесли определенные результаты. По немецким данным, подводные лодки потопили 199 судов, а на минах, поставленных субмаринами, погибло 115 транспортов. Немцы заплатили за первые победы потерей 14 субмарин и жизнями 400 моряков-подводников.