Совершенно иначе проходило плавание «карманного» линкора «Граф Шпее». К декабрю 1939 года он потопил девять кораблей противника. Чтобы уйти от преследования многочисленных английских поисково-ударных групп, «Граф Шпее» несколько раз менял район действий. В последний раз, обогнув мыс Доброй Надежды, корабль вошел в Южную Атлантику. Тем временем в районе Ла-Плата и Рио-де-Жанейро несли охранение английские корабли. 13 декабря тяжелый крейсер «Эксетер» и легкие крейсера «Аякс» («Эйджекс») и «Ахиллес» находились перед устьем реки Ла-Плата, когда рано утром заметили «Граф Шпее».
В бою немецкий корабль, успевший вывести из строя «Эксетер», получил серьезные повреждения и укрылся в уругвайской гавани Монтевидео. Капитан «Графа Шпее» надеялся произвести ремонт и затем опять выйти в море. Однако уругвайское правительство под английским нажимом не разрешило немцам ремонтировать повреждения. В случае интернирования в дружественном Англии Уругвае «Граф Шпее» мог попасть в руки англичан. Ситуация была безвыходная, поэтому командир немецкого корабля, связавшись предварительно с Берлином, решил затопить судно вне гавани на реке Ла-Плата. Сам он покончил жизнь самоубийством.
Для Гитлера и верховного командования Германии эта утрата была очень тяжелой, тем более что драма на реке Ла-Плата разыгралась на глазах у всего мира под камерами многочисленных репортеров. В такой обстановке фюрер повернулся лицом к подводникам, надеясь, что с их помощью возьмет реванш.
После первого массового выхода число одновременно действующих немецких субмарин редко когда превышало шесть-семь. В этот период они действовали не стаями, а самостоятельно. К тактике «волчьей стаи» Дениц перейдет позже, летом-осенью 1940 года, а пока германские субмарины атаковали преимущественно днем, под перископом, как правило, одиночные транспорты или суда, отставшие от конвоев. Ночные атаки совершались редко. Из 164 судов, потопленных за первые полгода войны, только шесть входили в состав конвоев.
После потери линкора «Ройял Оук» англичане срочно решили сменить место базирования своего флота. В качестве временной базы выбор пал на бухту Лох-Ю. Странное решение — ведь бухта была защищена еще хуже, чем Скапа-Флоу. Дениц уже просчитывал дальнейшие ходы противника. 18 октября он сделал следующую запись в журнале боевых действий:
«Полагаю, что после операции U-47 в Скапа-Флоу наиболее вероятным представляется встретить соединения флота метрополии в районе западнее Оркнейских островов».
Именно туда в конце октября были высланы U-56 капитан-лейтенанта Цана и U-59 капитан-лейтенанта Юрста. 30 октября от Цана пришло неожиданное донесение об отказах торпед. U-56 выпустила три торпеды по линейному кораблю «Нельсон», но ни одна из них не взорвалась, хотя подводники явно слышали три удара о борт линкора, на котором в тот момент находился сам Черчилль. Похоже, не сработали магнитные взрыватели. Вильгельм Цан, блестяще проведший атаку в окружении английских эсминцев, был настолько потрясен неудачей, что Деницу позже даже пришлось отозвать подчиненного из действующего флота и использовать в тылу для обучения новобранцев.
28 декабря все тот же Лемп на своей U-30, потопивший «Атению», одной торпедой нанес серьезные повреждения линкору «Бархэм», и никто в Кригсмарине тогда не предполагал, что предыдущие отказы торпед вовсе не случайность и не воля Всевышнего. Истинную причину немцы узнают гораздо позднее.
Тем временем германский штаб руководства войной на море надеялся, что удастся нанести большие потери противнику при помощи нового боевого средства — магнитной мины. О ее применении был дан приказ в начале октября 1939 года.
Международное право допускало постановку мин в территориальных водах без предварительного предупреждения. Мины, которые взрывались под воздействием магнитного поля корпуса прошедшего над ним корабля, ставили в основном самолеты и корабли. Однако у английских баз и на прибрежных фарватерах постановку мин возложили на подводные лодки, в основном небольшие: «челноки» типа II, которые сами подводники иногда называли «пронырами». Для постановки через торпедные аппараты субмарин применялись мины «ТМ-В» и «ТМ-С». Самыми подходящими районами для минной войны командование Кригсмарине сочло Ирландское море с подходами к проливам Норт-Чаннел и Сент-Джордж, западную часть Ла-Манша и узкую прибрежную полосу вдоль восточного побережья Великобритании, защищенную английскими минными заграждениями. Именно там — в устьях рек Темзы, Тайн и Клайд — проходили все торговые суда, в том числе и нейтральных стран.