После объявления приговора адвокаты Моисеева подали в Верховный суд России кассационную жалобу. Верховный суд отменил приговор и направил дело на новое рассмотрение. В августе 2001 г. Мосгорсуд, вновь признав Моисеева виновным в шпионаже, приговорил его к четырем с половиной годам лишения свободы, приняв во внимание состояние здоровья Моисеева и положительные характеристики с места работы. Адвокат Анатолий Яблоков при этом сообщил, что снижение судом меры наказания в данном случае свидетельствует не о гуманном отношении суда к шпионам, а об отсутствии доказательств виновности. С 14 марта 2002 г. по решению ГУИН Минюста Моисеев отбывал наказание в больнице в Торжке, поскольку заключенный страдал хроническим заболеванием желудка. Был освобожден 31 декабря 2002 г. После освобождения заявил, что намерен продолжать добиваться признания его невиновным, подал жалобу в Страсбургский суд.
В феврале 1999 г. началось дело Владимира Сойфера, профессора, заведующего лабораторией ядерной океанологии Тихоокеанского океанологического института (ТОИ) Дальневосточного отделения Российской Академии наук (РАН), сотрудника Федерального научного центра "Курчатовский институт". Сойфер занимался оценкой последствий взрыва реактора на атомной подводной лодке в бухте Чажма, неподалеку от Владивостока, в 1985 г., сопровождавшегося большим выбросом радиации. Результаты исследований по данной теме были опубликованы в российских и зарубежных научных изданиях.
В конце февраля Приморское управление ФСБ провело проверку в лаборатории Сойфера, во время которой по заявлению ФСБ были обнаружены ксерокопии документов службы радиационной, химической и биологической защиты и гидрографии Тихоокеанского флота с грифами секретности, сделанные в нарушение инструкции о секретном делопроизводстве. В частности, были скопированы два закрытых отчета, гидрологические данные и совершенно секретная карта залива Стрелок, бухт Разбойник и Чажма в Японском море, где базируются атомные подводные лодки Тихоокеанского флота. Обычно на таких картах бывают обозначены промеры глубин, направления подводных течений, температура; но вместе с этим на картах были данные о местах, где базируются российские подводные лодки. Сойфер признал, что нарушал правила копирования документов, однако оправдал свои действия тем, что документы помечены как секретные необоснованно.
В июне 1999 г. Приморское УФСБ посчитало, что деятельность Сойфера создает "угрозу государственной и военной безопасности страны" и провело в квартире Сойфера "проверку порядка обращения с секретными документами". В ходе проверки были изъяты различные документы и материалы, в том числе ксерокопии и фотонегативы карт под грифом "документ секретного пользования" (ДСП). Работы, которые вел Сойфер, были приостановлены, его лаборатория опечатана. По просьбе профессора, президиум Дальневосточного отделения РАН назначил экспертную комиссию из шести ученых. Комиссия провела независимую экспертизу материалов работ Сойфера и пришла к выводу, что ученый не держал у себя дома материалов, представляющих государственную тайну. Представители краевого УФСБ придерживались другой точки зрения, но дела против Сойфера заводить не стали, а ограничились вынесением предостережения. Начальником управления ФСБ по Приморскому краю был в то время генерал-майор Сергей Веревкин-Рохальский.
После этого В. Сойфер сам подал в суд на местное УФСБ, и в феврале 2000 г. суд Советского района города Владивостока признал проведенный у ученого дома обыск незаконным. Суд признал также, что во время обыска на квартире у Сойфера сотрудники УФСБ незаконно изъяли материалы научных разработок на кассетах, дискетах, а также заграничный паспорт ученого, и постановил вернуть изъятые вещи владельцу.
УФСБ обжаловало это решение в краевом суде, но в апреле 2000 г. Приморский краевой суд отклонил кассационную жалобу Управления ФСБ по Приморскому краю на решение суда Советского района Владивостока, который 11 февраля 2000 г. признал нарушения законов в действиях ФСБ при проведении "обследования" квартиры ученого. Сам Сойфер считал, что уголовное дело против него было возбуждено для того, чтобы отстранить ученого от участия в радиологической и экологической экспертизе бухты Чажма. Там, по его словам, бывшая администрация Приморского края намеревалась создать совместное предприятие с американским, российским и японским капиталом для переработки ближневосточной нефти с последующей продажей в страны Азиатско-Тихоокеанского региона, и работы Владимира Сойфера могли помешать осуществлению этого проекта.
