Дело корреспондента газеты Тихоокеанского флота "Боевая вахта" капитана 2-го ранга Григория Пасько началось в 1997 г. ФСБ утверждала, что Пасько обнародовал факты нанесения военными ущерба окружающей среде, в частности, передал японской стороне секретные данные об авариях на российских атомных подводных лодках, что являлось государственной тайной. В результате он был арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа, по 10 эпизодам.
Однако прямых доказательств, указывающих на намерения Пасько передать свои записи японским СМИ, в материалах дела не было, хотя ФСБ вела за Пасько активную слежку: вся его почта контролировалась, телефон прослушивался, в квартире Пасько была установлена подслушивающая аудиоаппаратура, а сам он находился под пристальным наблюдением оперативных сотрудников.
20 июля 1999 г. Пасько был осужден, правда, по совсем другой статье: ст. 285, ч. 1-я УК РФ ("злоупотребление служебным положением"), однако тут же был амнистирован и освобожден из-под стражи в зале суда, причем обе стороны - и Пасько, и ФСБ - были недовольны приговором: амнистированный направил апелляцию в военную коллегию Верховного суда (а также подал иск о защите чести и достоинства к начальнику УФСБ по Тихоокеанскому флоту контр-адмиралу Николаю Соцкову), а руководство управления ФСБ по Тихоокеанскому флоту направило в военную коллегию протест на "неоправданно мягкий" приговор.
25 декабря 2001 г. новый Тихоокеанский флотский военный суд признал Пасько виновным в шпионаже и приговорил его к четырем годам лишения свободы с отбыванием срока в колонии строгого режима. 15 января 2002 г. президент Путин, выступая на пресс-конференции в Париже, сказал, что не считает возможным вмешиваться в действия судебной системы, но готов рассмотреть прошение Пасько о помиловании, если тот к нему с таким прошением обратиться. При этом Путин - как когда-то по поводу Никитина - подчеркнул, что Пасько было предъявлено обвинение в том, что он передал иностранным гражданам за вознаграждение документы с грифом "секретно", утверждая, что этот эпизод доказан и ни у кого не вызывает сомнений, якобы даже у адвокатов Пасько.
Правда, 13 февраля 2002 г. Верховный суд России по жалобе адвокатов Пасько признал несоответствующим закону приказ Минобороны о секретных сведениях, из-за которого Пасько попал под статью. Но ни на мнении президента о "секретности", ни на положении Пасько это не сказалось. Пасько, так и не подавший Путину прошение о помиловании, был условно-досрочно освобожден городским судом Уссурийска 23 января 2003 г., отбыв в тюрьме в общей сложности два с половиной года.
В 1996 г. Платон Обухов, сотрудник МИД РФ, арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передавал британской разведке МИ-6 сведения, составляющие государственную тайну. Признан невменяемым и направлен на принудительное лечение.
В том же году Владимир Макаров, кадровый дипломат, арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передал ЦРУ информацию о танке Т-82, а также о кадровом составе советских загранпредставительств. Приговорен Мосгорсудом к 7 годам лишения свободы. Помилован президентом России.
В 1997 г. Моисей Финкель, старший научный сотрудник 14-го Научно-исследовательского института Военно-морского флота арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передал ЦРУ секретные сведения о новейших гидроакустических комплексах. Приговорен к 12 годам лишения свободы.
В том же году был арестован Игорь Дудник, майор Ракетных войск стратегического назначения. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа, разглашение государственной тайны. Дескать, он пытался передать ЦРУ дискету с секретной информацией о ракетных войсках стратегического назначения. Приговорен к 12 годам лишения свободы.
В июле 1998 г. был арестован Валентин Моисеев, заместитель руководителя первого департамента стран Азии МИД России. Ему были предъявлены обвинения в шпионаже в пользу Южной Кореи, представители которой дескать завербовали дипломата в Сеуле во время служебной командировки (с 1992-го по 1994 г.). По утверждению прокуратуры, Валентин Моисеев работал на спецслужбы Южной Кореи с 1994-го по 1998 г., передавая им сведения, составляющие государственную тайну. По данным следствия он провел около 60 встреч с представителем южнокорейской разведки и передал ему копии 23 документов, касавшихся сотрудничества между Россией и КНДР, в том числе в военной сфере. Получал он за все это по 500 долларов месяц. Общая сумма полученных им денег составила 14 тысяч долларов. Сам Моисеев заявлял, что поддерживал дружеские отношения с представителями посольства Кореи, а передаваемые материалы не являлись секретными, были ранее опубликованы и составили основу его научной лекции "Политика России на Корейском полуострове". 16 декабря 1999 г. Московский городской суд признал дипломата виновным и приговорил его к 12 годам лишения свободы. Данные, приведенные в прилагаемых официальных публикациях прессы и в научных работах были судом признаны секретными.