В 1999 г. арестован Владимир Щуров, профессор Тихоокеанского института океанологии Дальневосточного отделения Российской академии наук (РАН), заведующий лабораторией акустических шумов океана. Инкриминируемые ему преступления: разглашение государственной тайны; дескать он передал Китаю секретные сведения о российских военных технологиях.
История его дела следующая. В августе 1999 г. Щуров был задержан на российско-китайской границе при попытке выехать в Харбин. Таможенники задержали созданные лабораторией Щурова акустические модули для телеметрической аппаратуры, вывозимые им для проведения совместных исследований с китайскими коллегами Харбинского университета. Сотрудники УФСБ по Приморскому краю сочли, что "система, созданная лабораторией акустических шумов океана, может использоваться как в мирных, так и в военных целях". Проведенная УФСБ экспертиза установила, что техника, созданная в лаборатории Тихоокеанского океанологического института, не имеет аналогов в мире, и отнесла ее к разряду государственных тайн. Все лаборатории, причастные к созданию системы, были опечатаны, документация изъята, договорные работы прекращены. Между тем лаборатория не имела военно-промышленной направленности и военных заказов. Из совместных с китайскими исследователями работ секрета не делалось. Все необходимые для этого документы были завизированы в соответствующих инстанциях, в том числе в ФСБ.
В свою очередь, представители УФСБ по Приморью заявляли, что ученые предоставили таможенным органам недостоверные данные о технических характеристиках приборов и что за некоторое время до этого у сотрудника лаборатории Юрия Хворостова, вылетавшего в Китай, были изъяты технологические чертежи, сокрытые под видом отчетов в научно-технической документации, а также переснятые на фотопленку, которая была вставлена в фотоаппарат под видом неэкспонированной, причем эти документы являлись государственной тайной. На этом основании ФСБ выдвинула обвинения против Щурова и Хворостова в незаконном экспорте технологий, контрабанде и разглашении государственной тайны.
В августе 2000 г. в своей квартире был найден повешенным 28-летний сын Щурова - Александр. Версии расходились: милиция утверждала, что это самоубийство, родители настаивали на том, что сына убили. Отец и мать Щуровы также сообщили, что уже позже они обнаружили пропажу лазерных дисков, на которых были зафиксированы все результаты работы отца и сына: итоги экспедиций, записи, чертежи и схемы.
После смерти сына Владимир Щуров заявил о своем желании покинуть Россию: "Нашу науку убивают. Утюг ФСБ - он выжигает все. И ситуация в стране такова, что здесь жить невозможно. Нас убивают… Убивают страну". Однако за границу Щурову уехать не разрешили, и после года следствия он был обвинен по ст. 188 (контрабанда), ст. 189 (незаконный экспорт технологий, научно-технической информации и услуг, используемых при создании оружия массового поражения, вооружения и военной техники) и части 2 ст. 289 (разглашение государственной тайны, повлекшее тяжкие последствия).
В результате с Хворостова прокуратура Приморья сняла все обвинения за недоказанностью, а Щуров в августе 2003 г. был признан виновным в разглашении государственной тайны, приговорен к двум годам лишения свободы условно и тут же амнистирован. Ни в обвинении, ни в приговоре не было указано, что именно разгласил Щуров. А во время слушаний судья взял за основу заключения экспертов из Министерства обороны, отказавшись выслушать мнение гражданских специалистов.
Вины своей Щуров не признал, но и не стал обжаловать приговор: "Я старый, больной человек. У меня нет на это ни сил, ни средств, ни здоровья. Я был готов к любому приговору. Трудно верить в закон, когда он не исполняется. Хорошо, что прокуратура проявила человечность и сняла большую часть обвинительных статей".
27 октября 1999 г. был арестован Игорь Сутягин, заведующий сектором военно-технической и военно-экономической политики Института США и Канады. Постановление о его аресте было вынесено через два дня: 29 октября 1999 г. Он обвинялся в государственной измене в форме шпионажа в пользу США (ст. 275 УК РФ), а именно в том, что за вознаграждение передавал в 1998-1999 гг. секретные сведения представителям военной разведки США Наде Локк и Шону Кидду, работавшим под прикрытием английской консалтинговой фирмы "Альтернатив фьючерс".