Одновременно он вынес заключение: «Что же касается проявления преступной деятельности Джугашвили в г. Батуме, то хотя в этом отношении в произведенном помощником начальника Кутаисского ГЖУ по Батумскому округу дознании имеются некоторые указания на то, что Иосиф Джугашвили был причастен к рабочему движению, возбуждал рабочие беспорядки, устраивал сходки и разбрасывал противоправительственные воззвания, — но все эти указания лишь вероятны и допустимы; никаких же точных и определенных фактов по сему предмету дознанием не установлено, и указание на участие Джугашвили на сходках и на распространение им по г. Батуму революционных воззваний основывается единственно на предположениях, слухах или возбуждающих сомнение в достоверности подслушанных отрывочных разговорах (курсив мой. — К.Р.). При таком положении дела характер деятельности Иосифа Джугашвили за время пребывания его в Батуме подлежит считать невыясненным».
Такой исход дела не был для арестованного случайным подарком судьбы и уж тем более не объяснялся недобросовестностью следствия. Свое «везение» Иосиф Джугашвили подготавливал сам. Осуществляя конспиративную деятельность, он всегда проявлял осторожность и предусмотрительность, не теряя головы в самых критических ситуациях. Л.Б. Красин отмечал, что Сталину были присущи «дьявольская смекалка и хитрость, помноженная на осторожность». Он никогда не совершал опрометчивых и необдуманных шагов и поступков.
В середине сентября Канделаки вышел из тюрьмы, но для Иосифа Джугашвили ничто не изменилось. Тюремное заточение, в котором он находился уже почти три месяца, продолжалось. Когда 20 февраля 1902 года Тифлисское жандармское управление начало расследование («переписку») по делу «О тифлисском кружке РСДРП и образованном им центральном комитете», то список подозреваемых включал 79 фамилий.
21 июня ротмистр Засыпкин представил полковнику Е. Дебилю рапорт по итогам расследования со списком обвиняемых. В тот же день было принято постановление о привлечении к делу Иосифа Джугашвили. Основанием послужили показания жандармских агентов Сергея Кравченко и некоего Кишешьянца (Кешиньяна).
Уже на следующий день помощнику начальника Кутаисского ГЖУ С. Шабельскому было предложено допросить Джугашвили по новому обвинению. Допрос оказался безрезультатным И 30 июля полковник Дебиль информировал Департамент полиции, что «сего 8 июля согласно отдельного требования моего в г. Батуме был допрошен обвиняемый Иосиф Виссарионов Джугашвили, давший полное отрицание своей вины». Допрошенный 4 августа вторично Иосиф Джугашвили «снова не признал себя виновным».
Расследование по делу «О тайном кружке Российской социал-демократической рабочей партии в г. Тифлисе» было завершено 23 августа. К этому времени под арестом оставались лишь 7 человек: Калистрат Гогуа, Иосиф Джугашвили, Севериан Джугели, Георгий Караджев, Аркел Окуашвили, Васо Цабадзе, Захарий Чодри-швили. 29 августа начальник жандармского управления Е. Дебиль направил дело (№ 4602) товарищу (заместителю) прокурора Тифлисской судебной палаты Е. Хлодовскому.
Еще через полтора месяца, 12 октября, тот подписал заключение по результатам дознания, содержащее рекомендации о мерах наказания обвиняемых. Для Иосифа Джугашвили предлагалась высылка на два года в Сибирь. 15 октября Тифлисская судебная палата направила материалы следствия для утверждения главноначальствующему на Кавказе князю Голицыну.
Пересылая 31 октября документы дознания «о тифлисском социал-демократическом кружке рабочей партии» министру юстиции, в сопроводительном письме князь указывал: «Я не встречаю препятствий к разрешению означенного дознания согласно с заключением прокурора палаты». Однако до окончательного вынесения решения в столице прошло еще более полугода.
Царское правосудие осуществлялось медленно. Иосиф Джугашвили находился в тюрьме уже более семи месяцев, и, конечно, медлительность течения времени угнетала его. Однако узник не бездействовал. Он зорко следил за тем, что происходило в социал-демократической среде за тюремными стенами. Поддерживая связь с товарищами, он получал от них информацию, писал листовки и заочно участвовал во фракционных дискуссиях. Его активное и деятельное влияние на события, на состояние умов создало впечатление, будто бы он находится на воле, не только в среде социал-демократов.