Будучи военным наркомом, Троцкий прилагал усилия по привлечению в создаваемую Красную армию старых военных специалистов, хотя и ограничивал их функции введением должностей военных комиссаров — ставленников большевистской партии. Он колесил по фронтам Гражданской войны в поезде наркома, непосредственно вмешиваясь в ход военных операций. В августе — декабре 1918 г. произошел его первый серьезный конфликт с И.В. Сталиным, который, находясь в Царицыне, куда был послан как уполномоченный по продовольственному снабжению центра, вмешивался в военные дела, отказывался подчиняться приказам наркома, преследовал военных специалистов.
Выходя за пределы только военных функций, Троцкий в декабре 1919 г. стал инициатором введения всеобщей трудовой повинности, а в феврале 1920 г. обратился в ЦК РКП(б) с предложением о частичной замене продовольственной разверстки (согласно ей, у крестьян отбирали все хлебные и прочие излишки, а часто и то продовольствие, которое было необходимо для пропитания) натуральным налогом. Эта инициатива была решительно отвергнута Лениным. В марте 1920 г. Троцкий был назначен по совместительству наркомом путей сообщения и приложил немалые усилия к восстановлению разрушенного транспорта, утвердив, в частности, в мае наметки перспективного хозяйственного плана, правда только в ограниченной, транспортной сфере.
В связи с временной передышкой в ходе войны после разгрома армий Колчака и Деникина и перед войной с Польшей в 1920 г. Троцкий выступил против демобилизации армии, потребовав создания на базе Красной армии трудовых соединений, то есть фактически пытался ввести систему принудительного труда во всероссийском масштабе. Он непосредственно руководил подавлением антибольшевистского восстания, которое произошло в военно-морской крепости Кронштадт в марте 1921 г.
Наркомвоенмор полностью поддержал замену продразверстки фиксированным налогом согласно решению Х съезда РКП(б) в том же марте 1921 г., а затем и другие меры частичного восстановления рыночных отношений, которые вошли в историю под названием новой экономической политики.
После окончания Гражданской войны круг дел Троцкого значительно расширился. Продолжая руководить военными делами, он стал заниматься хозяйственной работой и даже выступил в апреле 1923 г. на XII съезде РКП(б) с докладом о промышленности, в котором подчеркнул опасность «ножниц» — разрыва цен на промышленные и сельскохозяйственные товары. Съезд поддержал докладчика, хотя в кулуарах, да и за пределами съезда распространялись слухи о возникших разногласиях в партийной элите, причем в качестве главных соперников называли Сталина и Троцкого.
В значительной степени это было связано с тем, что с мая 1922 г. Ленин тяжело болел и, по сути дела, отошел от руководства. Более того, находившегося в Горках под Москвой фактически уже бывшего вождя Сталин в качестве генерального секретаря ЦК РКП(б) фактически блокировал, лишив не только секретной, но и опубликованной информации. В конце 1922 — начале 1923 г. Ленин продиктовал несколько заметок, противоречивых и непоследовательных. Одной из них было «Письмо к съезду» (имелся в виду тот самый предстоявший XII съезд, на котором Троцкий выступал с докладом о промышленности). В письме давалась характеристика ряда партийных руководителей, в основном сугубо отрицательная, причем наибольшее внимание уделялось Троцкому и Сталину, которого Ленин предложил сместить с поста генерального секретаря. Отмечая отрицательные черты Троцкого, Ленин все же снизошел до того, что назвал его самым способным членом ЦК и как политического деятеля явно предпочел его Сталину. Поворот в пользу Троцкого прослеживался и в других ленинских диктовках в последние месяцы перед новым инсультом в марте 1923 г., который положил конец сознательной деятельности Ленина. От XII съезда письмо Ленина было скрыто. Оно было оглашено только после смерти Ильича, на XIII съезде (май 1924 г.), причем не на пленарном заседании, а на собраниях делегаций без права делать записи, после чего стало секретнейшим документом, за одно упоминание которого можно было угодить за решетку или даже лишиться жизни.
