Учитывая двухмесячное пребывание подводной лодки в ремонте и замену за это время некоторой части личного состава, не исключено, что подводная лодка погибла от неправильного маневрирования над водой.
Техническое состояние подводной лодки было удовлетворительное, так как лодка в течение 1946–1950 гг. прошла капитальный ремонт и в 1952 году текущий ремонт с докованием. Однако после нахождения лодки в ремонте материальную часть следовало тщательно проверить с выходом в море и посредством погружения. Учитывая это, гибель подводной лодки по причине неисправности материальной части также является вероятной.
Подрыв подводной лодки на плавающей мине, как одно из вероятных обстоятельств гибели лодки, рассматривался в связи с тем, что 14 декабря в районе позиции подводной лодки в районе Холмска рыбаками была обнаружена плавающая мина.
При тщательном рассмотрении возможности подрыва подводной лодки установлено, что подрыв исключен, так как береговыми постами наблюдения и кораблем-целью, стоявшими на внешнем рейде, всплеск и звук от подрыва мины не наблюдался, предметов, принадлежавших подводной лодке, которые обязательно должны всплыть при подрыве лодки на мине, обнаружено не было.
Сама мина также не была обнаружена, очевидно, за мину был принят плавающий предмет.
С целью определения возможности столкновения подводной лодки с надводными кораблями были проверены четыре транспорта, которые во время учения проходили в районе его проведения. Но и эта версия не нашла подтверждения.
На подводной лодке С-117 погибли 52 человека личного состава, в том числе 12 офицеров. Поиск подводной лодки продолжается».
Перед отъездом в Москву Прокофьев сказал жене: «Как все выяснится, я позвоню. Если скажу, что все хорошо, значит, не посадили». В Москве Холостякова, Родионова и Прокофьева заслушивало все руководство страны. Не было только Сталина. Руководил заслушиванием Маленков, рядом с ним сидел и Берия. Однако, к облегчению моряков, спустя каких-то полчаса после начала слушаний он был вызван по какому-то неотложному делу Сталиным и уже больше на заседание не вернулся. Слушание длилось почти восемь часов. Прокофьеву запомнилась деталь: Маленков был небрит и выглядел чрезвычайно усталым. Больше всех, как бывает в таких случаях, обвиняли самого младшего, то есть комбрига. Обвинения в его адрес сводились к тому, что Прокофьев не обучил как следует командира С-117 и сам не пошел в море именно на этой подводной лодке. Вскоре после возвращения из Москвы капитана 1-го ранга В.М. Прокофьева свалил инфаркт.
Затем был приказ Военно-морского министра и закрытое постановление Совета Министров СССР по факту гибели подводной лодки. Ветераны рассказывают, что здесь Н.Г.Кузнецову пришлось нелегко. Ведь по всем существовавшим тогда законам команда ненайденной подводной лодки надлежало считать не погибшим, а пропавшим без вести со всеми вытекающими отсюда последствиями. Прежде всего, это касалось пенсий семьям членов команды подводной лодки. Ведь погибшим пенсии полагались, а пропавшим – нет. Однако справедливость все же восторжествовала, и пенсии были начислены, наряду с достаточно крупными единовременными пособиями.
Надо отдать должное Советскому правительству: к людям отнеслись со всем возможным вниманием. По указанию Председателя Совета Министров Маленкова семьям погибших офицеров были выделены квартиры в европейской части страны. Города вдовы выбирали по своему усмотрению. Некоторые пункты пенсионного расчета и сегодня звучат необычно: «…сестре матроса Королева В.С. – Королевой Валентине Степановне выделить пенсию в размере 300 рублей в месяц до окончания ею высшего образования».
Был и приказ о наказании виновных в гибели подводной лодки. Командующему Седьмым Военно-Морским флотом вице-адмиралу Г.Н.Холостякову объявили выговор. Командир 90-й бригады подводных лодок капитан 1-го ранга В.М.Прокофьев и начальник политотдела 90-й бригады подводных лодок капитан 2-го ранга А.Н.Никулин были сняты с занимаемых должностей и назначены с понижением.
Поиски исчезнувшей подводной лодки продолжались еще целый год. В ноябре 1953 года Н.Г.Кузнецов, ставший к тому времени адмиралом флота, но превратившийся в результате реорганизации ВМФ из Военно-морского министра в Главнокомандующего ВМФ, подписал донесение Министру Обороны СССР М.А. Булганину: