2 августа 1958 года подводная лодка Б-103 зачислена в списки кораблей ВМФ СССР как большая подводная лодка. 6 мая 1959 года спущена на воду. 31 декабря 1959 года вступила в строй. 2 февраля 1960 года вошла в состав 29-й Дивизии подводных лодок 15-й Эскадры подводных лодок ТОФ. 16 июня 1960 года Б-103 отнесена к подклассу крейсерских подводных лодок и переименована в «К-129». 20 мая 1966 года отнесена к подклассу Больших Подводных Лодок. 4 марта 1964 года – 10 апреля 1967 года на «Дальзаводе» во Владивостоке прошла модернизацию по проекту 629А. 30 мая 1967 года подписан приемный акт.
24 февраля 1968 года из пункта базирования на Камчатке под названием «Могила» К-129 вышла на Боевую Службу в район Гавайских островов. Командовал К-129 капитан 1 ранга В.Кобзарь, все офицеры команды имели опыт подводного плавания. В течение 12 дней К-129 выполняла поставленные задачи по скрытому патрулированию (возвращение подводной лодки в пункт базирования намечалось на 5 мая 1968 года). 8 марта 1968 года К-129 должна была дать контрольное радиодонесение, но подводная лодка не ответила на контрольную радиограмму, переданную штабом Тихоокеанского флота для проверки связи. Это было серьезным основанием для тревоги.
В это время, в разгар Боевых действий во Вьетнаме, американские ВМС тщательно прослеживали курс любого советского военного корабля в стратегически важной части Тихого океана. К-129 не могла бесследно раствориться в океане, но точное место гибели подводной лодки и 98 членов команды советскому командованию тогда не было известно. По данным разведки, примерно в эти дни в японский порт Иокосуко прибыла американская подводная лодка «Suordvish», имевшая повреждения. Американцами во время захода этой подводной лодки в порт принимались необычные меры безопасности: к ремонту привлекался только американский персонал. Возникла мысль о столкновении под водой и срочно начала готовиться поисковоспасательная операция. В океан были направлены самолеты, боевые корабли, вспомогательные суда. Глубина в районе поиска составляла 5 000 – 6 000 метров, удаление от Камчатки – 1 230 миль. Первым в точку предполагаемого нахождения К-129 направился морской буксир СБ-43.
Как только буксир приблизился к району, где по расчетам исчезла К-129, как над ним начали кружиться американские патрульные самолеты «Orion». Они буквально висели над мачтами, и это вызывало подозрения: почему такое пристальное внимание к обыкновенному буксиру? Когда через несколько дней в район подошли еще одиннадцать наших кораблей, интенсивность их полетов стала еще большей. Также было зафиксировано появление американской подводной лодки. Все эти действия и тогда, и сейчас заставляют предполагать, что американцы знали и о цели наших действий, и о катастрофе К-129, и знали точное место ее гибели. Однако двухмесячный поиск в районе, где могла затонуть К-129, закончился неудачей. Анализ обнаруженного масляного пятна показал, что оно соляровое, дизельное.
Погибших моряков в советском ВМФ официально признали погибшими, вдовам подводников и их детям дали пенсии. Возможной причиной гибели подводной лодки назывался «провал подводной лодки за предельную глубину вследствие поступления воды при движении под РДП через поплавковый клапан». Считалось, что РДП придает подводной лодки скрытность – оно уменьшало грохот дизелей и выход выхлопных газов из-под воды. После гибели К-129 Главком ВМФ СССР запретил подводникам использовать РДП. Пока советские корабли систематически патрулировали предполагаемый квадрат гибели К-129, а правительство СССР не проявляло видимого желания заявить о судьбе подводной лодки официально, в ЦРУ решили ее поднять. На борту подводной лодки находились баллистические ракеты и торпеды с ядерными боеголовками, шифры ВМФ СССР, специальная секретная техника. К-129 затонула на глубине 5 000 метров, и никогда в мире подобной судоподъемной операции не проводилось. Осуществить подъем подводной лодки взялась компания «Sama corporeshin», представители которой начали переговоры о создании уникальных технологий глубоководных работ с «Global Marine Development Ink» и «Lochid». Спустя два года на верфи в Пенсильвании было спущено на воду для достройки на плаву судно «Glomar Explorer», предназначенное для глубоководного подъема затонувших кораблей, замаскированное под шельфовый разведчик. По завершению работ судно перешло в Реджвут-Сити (Клифорния), где к нему была добавлена баржа-понтон для транспортировки подъемных монтажных конструкций с огромными 50-метровыми клешнями с помощью которых предстояло оторвать от океанского дна и поднять на поверхность. Сама операция получила название «Dgenifer». Все работы были строго засекречены.