Подводная лодка С-117 вышла из Советской Гавани в 11 часов 35 минут 14 декабря по местному времени с расчетом быть на позиции в районе Холмска к 8 часам 15 декабря.
Вопреки установленному в Военно-Морских силах порядку донесения кораблями при нахождении в море своего места не реже двух раз в сутки руководителем учения капитаном 1-го ранга Прокофьевым, с одобрения командующего флотом вице-адмирала Холостякова Г.Н. и начальника штаба флота контр-адмирала Родионова А.И., было запрещено подводным лодкам доносить о своих местах как при переходе на позицию, так и в ходе учения. Командармам подводных лодок было дано указание доносить только об обнаружении и об атаке конвоя.
В результате этого руководитель учения и штаб флота не могли знать точного места подводных лодок при их переходе, а также не знали времени занятия подводными лодками своих позиций. Подводная лодка С-117 также не доносила о своем месте при переходе из Советской Гавани в район порта Холмск.
Командир подводной лодки С-117 сделал два донесения в адрес командира бригады лодок: первое донесение в 18 часов 10 минут 14 декабря о поломке и выходе из строя правого дизеля и второе донесение в 3 часа 15 минут 15 декабря о том, что дизель введен в строй. При этом в обоих донесениях о месте подводной лодки указано не было.
Подводная лодка С-117 должна была донести об обнаружении корабля цели ЦЛ-27, который в 15 часов 15 декабря вышел из порта Холмска, но этого и других каких-либо донесений от подводной лодки не поступило.
Это обстоятельство позволяет считать, что подводная лодка С-117 погибла в период от 3 часов 15 минут до 15 часов 15 декабря, при этом наиболее вероятное время гибели подводной лодки между 3 часами 15 минутами и 8 часами 15 декабря, когда лодка при подходе к району разведки в темное время суток должна была погрузиться, с тем чтобы с рассветом быть в подводном положении.
В 3 часа 15 минут 15 декабря подводная лодка С-117 находилась, как указано на прилагаемой схеме, в 43 милях на северо-запад от Холмска с глубинами моря в этом районе до 1000 метров. К 8 часам лодка должна была войти в район своей позиции, нарезанной в виде прямоугольника со сторонами 19 и 16 миль с центром почти на параллели Холмска, в 10 милях от него.
В этом районе подводная лодка должна была находиться до обнаружения цели ЦЛ-27. Глубина моря в районе от 100 до 500 метров и в узкой полосе прибрежной части меньше 100 метров.
Этот район был тщательно осмотрен, при этом на поверхности не было обнаружено ни сигнальных буев, выпущенных подводной лодкой, которые могли оказаться на поверхности моря при глубинах до 100 метров, ни других предметов, принадлежащих подводной лодке С-117. Сигналов о бедствии подводная лодка не имела. Это дает основание полагать, что подводная лодка погибла на больших глубинах.
Ввиду того, что достоверных данных о причинах гибели подводной лодки нет, об обстоятельствах гибели подводной лодки можно только предполагать.
Учитывая все ранее имевшие место случаи гибели подводных лодок, наиболее вероятно, что гибель подводной лодки С-117 могла произойти при следующих обстоятельствах: неправильное управление подводной лодкой при погружении и при маневрировании под водой; неисправность материальной части лодки; столкновение с надводным кораблем.
Вместе с этим был тщательно изучен личный состав подводной лодки С-117 и рассмотрены возможности преднамеренного ухода подводной лодки в Японию или насильственного увода ее американцами. Личный состав имел высокое политико-моральное состояние и являлся политически надежным, поэтому уход лодки в Японию не считаем вероятным. Сопоставляя все данные разведки о действиях американцев в Японском море за последнее время и учитывая решимость личного состава, считаем увод подводной лодки американцами невозможным.
Каковы же возможные причины трагедии?
Подводная лодка С-117 до учения находилась два месяца в ремонте во Владивостоке и возвратилась в Советскую Гавань 7 декабря, то есть за 7 дней до начала учения. Командование бригады и штаб флота не проверили уровень боевой подготовки лодки с выходом в море, а, основываясь на старой оценке подготовленности подводной лодки С-117, допустили участие ее в учении, чего без проверки делать не следовало. Свои действия командование флотом и командир бригады подводных лодок объясняли тем, что подводная лодка С-117 имела наибольшее, чем другие средние лодки, количество ходовых суток (более 70), успешно совершила перед учением трехсуточный переход из Владивостока в Советскую Гавань и в течение года выполнила до 200 погружений.