В 01.00 17 декабря был дан сигнал «Конец учений!» – приступили к поиску С-117.
В 7 часов 17 декабря по приказанию начальника штаба флота для передачи телеграмм на С-117 десять раз запускался мощный передатчик. Однако подводная лодка молчала по-прежнему.
Первая партия тральщиков ТЩ-524, ТЩ-588, вышедших из Советской Гавани 19 декабря к Холмску, начала обследование металлическими и придонными тралами района, где 15 декабря ЦЛ-27 наблюдал силуэт подводной лодки. Осмотр западного побережья острова Сахалин от Холмска на Север до Томари и на юг осуществляли армейские части и пограничники.
Кроме этого, поиск осуществляли до 20 декабря эсминец «Верткий», спасатель «Золотой», подводные лодки С-119 и С-120. 21 декабря к ним присоединились три тральщика 29-й дивизии ОВР, два тральщика 113-й бригады ОВР. К 22 декабря в район Холмска прибыл спасатель «Тетюхе», а 23 декабря – еще два тральщика 6-го ВМФ. С воздуха поиск С-117 вели два самолета, один из Советской Гавани, один из Корсакова. Указания по поиску были даны и местным рыбакам.
Учитывая возможность случайного тарана С-117 каким-либо судном гражданского министерства, 18 декабря были даны указания командиру Южно-Сахалинской военно-морской базы, а 19 декабря была передана просьба командованию 5-го ВМФ осмотреть все суда, прибывавшие в порты из района Холмска и находившиеся в районе Холмска 14–17 декабря. С 19 декабря все суда, прибывавшие из района Холмска в Корсаков, Владивосток и Находку, тщательно осматривались водолазами, команды опрашивались, результаты осмотров и опросов сообщались в штаб 7-го ВМФ.
В течение 19–24 декабря пограничниками было осмотрено все западное побережье острова Сахалина от мыса Крильон до мыса Яблочный, а солдатами Дальневосточного округа – от мыса Кузнецова до города Чехова. Никаких предметов с ПЛ С-117 не обнаружено.
Из воспоминаний капитана 1-го ранга в отставке А.В.Тисленкова: «Когда все случилось, вспомнили, что и командир лодки Красников и командир бригады Прокофьев не хотели, чтобы С-117 участвовала в учениях. Они просили для нее оргпериод, чтобы восстановить боеготовность, чтобы люди немного переключились с ремонтных дел на боевую учебу. Но начальник штаба флота контр-адмирал Родионов и слушать их не захотел. То, что С-117 пошла в море, вина только его. Однако ни в какие материалы расследований это не попало, ведь Родионов отдавал приказания устно… Все мы были потрясены известием о трагедии со «сто семнадцатой». В том, что с лодкой случилась именно трагедия, сомнений ни у кого не было. И в это время начальник политотдела капитан 1-го ранга Бабушкин ни с того ни с сего заявил во всеуслышание, что, по его мнению, наша лодка ушла в Америку, что весь экипаж С-117 оказался негодяями и изменниками. Почему он так сделал, я не понимаю. Может, хотел подстраховаться на всякий случай? Боялся возможных обвинений в свой адрес в потере бдительности? Но ведь всему же есть предел? Когда он обозвал экипаж «сто семнадцатой» изменниками, жены офицеров с нее чуть было Бабушкина не убили. Да и все мы были очень возмущены его непорядочностью».
Тем временем в Москву Военно-морским министром Н.Г.Кузнецовым были вызваны для разбирательства по обстоятельствам гибели С-117 командующий 7-м флотом вице-адмирал Холостяков, командир 90-й бригады капитан 1-го ранга Прокофьев, начальник управления кадров флота капитан l-ro ранга Дьячков и начальник управления разведки флота капитан 1-го ранга Мельников. Председателем комиссии по расследованию дела С-117 был назначен адмирал Андреев, который немедленно вылетел на Дальний Восток из Москвы…
Через несколько дней И.В.Сталину был представлен документ следующего содержания: «Товарищу Сталину И.В. Докладываем об обстоятельствах гибели подводной лодки С-117 Седьмого военно-морского флота. В период 14–16 декабря 1952 г. 90-я бригада подводных лодок, базирующаяся на Советскую Гавань, проводила тактическое задание по атаке группой подводных лодок во взаимодействии с разведывательной авиацией условно изображаемого конвоя.
Учение проводилось в районе Татарского пролива к югу от Советской Гавани. Руководил учением командир 90-й бригады подводных лодок капитан 1-го ранга Прокофьев. План учения был рассмотрен и утвержден Командующим флотом т. Холостякевым…