Вскоре подошел катер с людьми и Алексеевым. Потом прибыли еще катера, баржа с водолазами. Поиски продолжались до наступления темноты. Лишь утром удалось поднять со дна тела погибших. Главный конструктор, проявив предельную оперативность, установил жесткие сроки анализа случившегося. Прямо на месте Алексеев вместе с присутствовавшими специалистами пытался установить причину катастрофы.
Для выяснения обстоятельств этого происшествия приказом главного конструктора была сформирована аварийная комиссия отдела техники безопасности ЦКБ по СПК. Уже на следующий день после катастрофы комиссия прибыла на базу. Через день появилась такая же комиссия Сормовского завода. Потом – комиссия прокуратуры, затем – ведомственная и межведомственная комиссии.
После поднятия со дна модели проверялось положение органов управления, просматривались пленки с записями процессов на осциллографе, а также короткий фильм о гибели модели. Проверялись и анализировались любые, даже малейшие, детали, которые могли внести ясность в установление причины катастрофы.
Итог расследования подвел член межведомственной комиссии доктор наук из ЦАГИ С.Я. Наумов. На основе собственных расчетов аэродинамических, весовых, инерционных характеристик модели и характеристик эффективности рулей он однозначно утверждал, что после отрыва модели от воды она попала в неустойчивый встречный поток воздуха и, несмотря на усилия пилота, не смогла войти в крейсерский режим полета. Эта версия подтверждалась результатами испытаний трековой модели на базе, показавших, что принятая аэродинамическая схема СМ-5 допускает подобные явления.
Трагический случай с СМ-5 привел к определенным организационным последствиям. Решением Волго-Вятского Совета народного хозяйства (ВВСНХ), которому подчинялось тогда ЦКБ по СПК, были прекращены не только испытания пилотируемых СМ, но и вообще работы по экранопланам, а самолеты, имевшиеся у ЦКБ, следовало передать авиазаводу. Так, в приказе ВВСНХ от 18 сентября 1964 г. был сделан категорический вывод: «Катастрофа произошла вследствие плохой организации испытательной службы, пренебрежительного отношения к этой службе ряда руководителей ЦКБ, плохой подготовки летного состава к проведению испытаний и нежелания создавать испытательную службу, что может привести к длительной задержке испытаний корабля КМ и невыполнению решения правительства…» Этим приказом начальнику-главному конструктору ЦКБ по СПК предписывалось провести необходимые работы по срочному созданию летно-испытательной службы.
Понятие того, что динамика движения новых аппаратов и принцип управления ими носят совершенно иной, отличный от судовождения, характер, приходило вместе с накоплением опыта испытаний пилотируемых самоходных моделей. Р.Е. Алексеев пришел к очевидному выводу: управлять такими «судами» должны специально подготовленные пилоты.
Выполняя указание ВВСНХ, Ростислав Евгеньевич обратился в облвоенкомат Горького с просьбой подобрать из увольняемых в запас опытного летчика из руководящего состава для организации летной работы в ЦКБ. Таким кандидатом оказался полковник ВВС в отставке В.Ф. Логинов. После решения всех организационных вопросов приказом №1 от 13 января 1965 г. в ЦКБ по СПК был создан Летно-испытательный отдел (ЛИО). На дебаркадере испытательной станции №2 были выделены помещения для летного и технического состава новой службы, метеостанции, учебного класса и отдельное помещение для медпункта, жилой дом, где разместился весь летно-технический состав ЛИО. На дебаркадере соорудили надстройку для командно-дистанционного пункта (КДП).
Тогда же для изучения конструкторами-корабелами реальных авиационных конструкций и условий полета ЦКБ по СПК закупило три списанных самолета Ил-28, которые были доставлены на испытательную станцию из Праги. Потом многие приборы и элементы систем с этих самолетов использовались при постройке самоходных моделей. Несколько бывших «водителей» были посланы на обучение в ЛИИ им. М.М. Громова. Для тренировок летного состава в штате ЦКБ был сформирован летный отряд (ЛО), закуплены самолеты «Супер Аэро» чехословацкого производства и Як-12.