Постепенно вокруг монастыря стали селиться люди, приносить дары, а затем он превратился в духовный центр сначала Московского княжества, а затем и всей земли русской. Слава монастыря была настолько велика, что именно сюда приходил за духовной поддержкой Дмитрий Донской перед решающей Куликовской битвой. Затем каменные стены лавры, сменившие первоначальный деревянный забор, с честью выдержали 16-месячную осаду польского войска во времена Лжедмитрия. Это была уже не маленькая обитель, а прекрасно укрепленный монастырь, сыгравший немаловажную роль и в сборе народного ополчения под предводительством К. Минина и Д. Пожарского. Позднее лавра стала спасительницей для молодого Петра, вступившего в противоборство со своей властной сестрой Софьей.
Слово «лавра» греческого происхождения, в переводе означает «городскую улицу». Обычно лаврами называли многолюдные монастыри, которые и вправду были похожи не на мирные обители, а на хорошо укрепленные города-крепости.
Так, принимая активное участие и в политической, и в военной жизни России, монастырь обретал свое всероссийское значение, объединял людей, звал на ратный подвиг во имя Отчизны. И во все времена это место было осенено многими чудесными знамениями и явлениями, начиная с того, что во время строительства нового храма Пресвятой Троицы были обретены нетленные мощи Сергия Радонежского. Удивительно, но мощи уцелели в период Смутного времени, смогли пережить Гражданскую и Вторую мировую войну, сохранились в течение многолетних гонений на церковь. И сегодня гроб и мощи святого Сергия Радонежского остаются в лавре, приложиться к святыням может каждый желающий, хотя гроб старца пришлось закрыть стеклянным куполом — слишком многие желали унести с собой частицу нетленной раки.
Конечно, такое святое для каждого россиянина место, как Троице-Сергиева лавра, с момента своего основания славилось постоянно происходящими на территории монастыря и в ближайших окрестностях чудесными явлениями. Странные и необычные события были зафиксированы в летописях и других исторических документах. Так, осенью 1606 г., когда лавра находилась в длительной осаде поляков, священнику Пимену, горячо молившемуся Пресвятой Богоматери, было чудесное явление: окно кельи вдруг наполнилось ярким, слепящим глаза светом. Сначала священник сильно испугался, подумав, что врагу удалось подпалить обитель и он видит отблеск пылающего монастыря, однако, выскочив на улицу, он убедился, что святая обитель цела, а свет отбрасывал огромный огненный столб, простершийся ввысь над церковью насколько хватало зрения. Испугавшись еще больше, Пимен созвал монахов и укрывавшихся в монастыре от врагов мирян; однако огненный столб не причинил никакого вреда, и тогда все поняли, что это чудесное Божье знамение о скором избавлении от интервентов. Через несколько минут, по словам летописца, огненный столб сократился и превратился в небольшое облако, которое через окно проникло в храм и там растворилось.
В более позднее время на территории храма наблюдались различные хрономиражи: то одному, то другому монаху или приехавшим в монастырь мирянам являлись люди и животные, некогда действительно проживавшие в обители, но давно ушедшие в мир иной. Однако чаще людям является та или иная историческая часть самого монастыря, которая на самом деле уже снесена и заменена другими деталями. Нередко люди, посещающие лавру, почему-то видят одну из старинных деревянных стен, которыми был первоначально окружен монастырь, хотя каменные стены сменили деревянные еще в XVI в., при этом стены являются во всех подробностях: можно даже пересчитать пушечные ядра, застрявшие меж бревен во время нашествия хана Едигея. Причем большинство людей, увидевших фрагмент старой стены, уверены, что она была специально оставлена при перестройке как историческая реликвия и сильно удивляются, узнав, что бревенчатый фрагмент им всего лишь привиделся, а на самом деле нет ни дерева, ни тем более пушечных ядер.
В XIX в. многие монастыри были богатыми и преуспевающими в экономическом отношении. Одной из самых успешных в финансовом плане была Троице-Сергиева лавра, пользовавшаяся милостями царского двора. К 1861 г. за лаврой были закреплены 100 000 крестьян при общей численности братии в 300–400 человек.