В этих условиях началось сражение за Манилу, в котором приняли участие американские войска, но решающую роль играли филиппинцы. 13 августа столица Филиппин пала. Правительство республики переехало в Манилу.
А через несколько месяцев филиппинцы узнали, что по американо-испанскому договору, подписанному в Париже 10 декабря 1898 года, Гуам и весь Филиппинский архипелаг стали собственностью США, за что американское правительство обязалось заплатить Испании 20 миллионов долларов. Конгресс США ратифицировали этот договор.
Парижский договор вызвал возмущение на Филиппинах. Объясняя причину этого возмущения, Марк Твен так изложил действия правительства США на Филиппинах: "Мы заключили военный союз с доверчивыми филиппинцами… Мы всячески их подбадривали, снабжали их в долг оружием и боеприпасами. совещались с ними, обменивались любезностями,… хвалили филиппинцев за отвагу и мужество, превозносили их милосердие и прекрасное, благородное поведение; мы воспользользовались их окопами, заняли укрепленные позиции, отвоеванные у испанцев". Марк Твен подчеркивал, что филиппинцы сами "осадили Манилу с суши, благодаря чему столица, где находился испанский гарнизон численностью в восемь – десять тысяч солдат, пала. Без филиппинцев мы тогда не добились бы этого… Мы ласкали их, лгали им, официально заявляя, что наша армия и флот пришли, чтобы освободить их и сбросить ненавистное испанское иго, – словом одурачивали их, воспользовавшись ими, когда нам было нужно, а затем посмеялись над выжатым лимоном и вышвырнули его вон. Мы закрепились на позициях, отнятых обманным путем, и, продвигаясь постепенно вперед, вступили на территорию, где расположены отряды филиппинских патриотов. Остроумно придумано, не правда ли?… После того как наш договор с Испанией был ратифицирован,… Агинальдо и все прочие законные владельцы Филиппинских островов стали нам больше не нужны".
Законное право Филиппинской республики на свободу и независимость было проигнорировано Парижским договором. К началу 1899 года на Филиппины было переброшено около 25 тысяч американских солдат. В сложившейся обстановке требовалось немногого, чтобы началась война между американцами и филиппинцами. Марк Твен довольно точно изложил происшедшее: "Один филиппинский солдат проходил по территории, которую никто не имел права назвать запретной зоной, и американский часовой его застрелил. Возмущенные патриоты схватились за оружие, не ожидая одобрения Агинальдо, который в это время отсутствовал. Агинальдо их не одобрил, но это не помогло. Нашей целью было – во имя Прогресса и Цивилизации – стать хозяевами Филиппинских островов, очищенных от борющихся за свою независимость патриотов, а для этого нужна была война. И мы воспользовались удобным случаем… Мы развязали военные действия и с тех пор охотимся за своим недавним гостем и союзником по всем лесам и болотам его страны".
Война против филиппинского народа не была официально объявлена, так как американское правительство, с одной стороны, не хотело признавать Филиппинскую республику воюющей стороной, а, с другой стороны, не желало выплачивать компенсации американским солдатам, как ветеранам войны.
Американская армия обладала численным перевесом: первоначально у республиканской армии Филиппин было всего 16 тысяч плохо вооруженных солдат. Особенно заметным был перевес в вооружениях. Американцы были вооружены самым современным оружием, включая пулеметы. В их распоряжении были военные суда, которые обстреливали побережье из артиллерии. У филиппинцев же имели винтовки лишь те, кто сумел взять у убитых ими испанцев или американцев. Их артиллерия была устарелая, принадлежавшая ранее испанским колонизаторам. Они ощущали нехватку в боеприпасов, особенно обострившуюся к концу войны. Многие применяли лишь пики, луки и стрелы.
Несмотря на эти явные преимущества американские войска смогли в первые месяцы продвинуться лишь на 100 – 120 километров к северу от Манилы. В ряде сражений американцы понесли немалые потери. И все же под напором численно и качественно превосходящих американских войск, филиппинцы были вынуждены перейти к методам партизанской войны. Такая война стала возможной, потому что республиканская армия пользовалась поддержкой большинства народа. Командующий американскими войсками в этой войне генерал Артур Макартур признавал: "Я считал, что войска Агинальдо представляли лишь какую-то малую долю населения. Я не хотел верить тому, что все население Лусона – то есть туземное население – выступает против нас". Однако, генерал был вынужден признать, что успех партизанской тактики объяснялся тем, что республиканская армия "опиралась на почти полное единство действий со всем туземным населением". Устраивая засады и совершая рейды по американским тылам, партизаны не раз наносили поражения американцам.
