Генерал говорил, что надо превратить остров Самар в голую пустыню. По свидетельству другого американского генерала одна шестая часть жителей самого населенного острова архипелага – Лусон была перебита или умерла от лихорадки денге. В провинции Батангас с населением в 300 тысяч человек около трети погибло в бою, от голода или болезней.
В ходе войны американцы уничтожили около 20 тысяч солдат филиппинской республиканской армии, то есть четвертую ее часть. Мирных жителей погибло более 1 миллиона человек. Население архипелага составляло около 9 миллионов к началу войны и лишь 8 миллионов к 1908 году. В этой войне американцы вновь действовали "ассирийскими методами", которые они всегда применяли по отношению к индейцам.
Среди американцев погибло 4 324 человека. Из них лишь 1500 погибли в боях. Большая часть умерла от болезней. Число раненых было 2 818.
23 марта 1901 года Агинальдо был схвачен отрядом во главе с генералом Фанстоном, который обманом заманил в западню вождя филиппинцев. Почти через месяц сломленный в плену Агинальдо 19 апреля призвал филиппинцев прикратить сопротивление. Однако партизанское движение на архипелаге кое-где продолжалось до 1913 года.
Во время американо-филиппинской войны в США возникло антивоенное движение, еще более активное, чем во время американо-мексиканской войны. Была создана Антиимпериалистическая лига, в которой участвовали такие выдающиеся писатели США, как Марк Твен, Генри Джеймс (последний заявил: "Будь прокляты Соединенные Штаты за их подлое поведение на Филиппинских островах"), представители ряда профсоюзов (например, центральные профсоюзы Бостона и Нью-Йорка) и даже некоторые видные предприниматели, включая Эндрью Карнеги. Мотивы их выступлений были различными.
Представители американской интеллигенции были возмущены прежде всего вопиющим надругательством над моральными идеалами, в которые они искренне верили и которые проповедовали. В своем гневном фельетоне "В защиту генерала Фанстона" Марк Твен противопоставлял Вашингтона, Линкольна и Гранта Фанстону. Он утверждал: "Его натуру всегда тянуло к моральному шлаку, как натуру Вашингтона – к моральному золоту… Он имел врожденную склонность к гнусному поведению… И вот теперь, – писал Марк Твен, – натура Фанстона… возвращается домой учить наших детей ПАТРИОТИЗМУ!… Генерал станет для молодого поколения образцом, кумиром… Что нам делать, как бороться с этой катастрофой?"
Возмущение и страхи писателя были понятны, но он словно не замечал, что и до Фанстона американцы творили злодейские преступления по отношению к "туземцам", в том числе и на американской земле. Писатель словно не желал видеть, что воспитание американцев с детства на рассказах о честности Вашингтона-ребенка, идеализация других "отцов американской нации" и всей американской общественной системы вели не только к некритическому, однобокому освещению американской истории, но и порождали обманчивую уверенность в том, что американцы, воспитанные на идеалах демократии, свободы и гуманизма, защищены ими как непробиваемой броней, что они в принципе не способны к злодейству. Это также порождало иллюзию того, что лишь Америка является носителем высшей морали, что всякий американец добродетелен от природы. Поэтому американцы, сталкиваясь с иными народами, не получившими американского воспитания и не жившими в США, не признавали за ними права на человеческое обращение. Непризнание же за неамериканцами права на человечность автоматически вело к игнорированию моральных норм и возрождению "ассирийских" методов ведения войны. Несмотря на резкость заявлений критика Марка Твена, Генри Джеймса и других представителей творческой интеллигенции не была глубокой, а потому она не оказала заметного воздействия на общественное сознание. Моральные же пороки американского общественного сознания, проявившиеся в ходе американо-филиппинской войны, продолжали развиваться.
Хотя не исключено, что часть деловых людей, осуждавших американо-филиппинскую войну, поступали так по моральным соображениям, антивоенные выступления некоторых из них объяснялись прежде всего тем, что их интересы не были связаны с Тихоокеанским регионом.
