В ответ США были вынуждены наращивать ряды своей армии, которая в конечном счете достигла 126 тысяч человек. Количество солдат республиканской армии Филиппин также возросло к концу войны до 80 тысяч. Несмотря на численный перевес американцев в 1900 – 1901 годах большая часть территории страны находилась в руках партизан.
В "Википедии" говорится: "Переход к партизанской войне лишь озлобил американцев и они стали действовать более жестоко, чем раньше. Они перестали брать пленных и огульно расстреливали филиппинских солдат, которые сдавались в плен. Еще хуже была судьба тех, кто попадал в концентрационные лагеря. Туда бросали мирных жителей, если их заподозрили в пособничестве партизанам. Тысячи гражданских лиц погибли в этих лагерях".
Свирепость расправ с партизанами и мирным населением свидетельствовала о том, что США не были намерены оставлять Филиппины. В своем выступлении в конгрессе США сенатор Альберт Беверидж говорил 9 января 1900 года: "Господин президент, сейчас надо быть откровенными. Филиппинцы наши навсегда… За Филиппинами лежит неограниченные рынки Китая и мы не уйдем ни от тех, ни от других… Мы не отречемся от миссии нашей расы, врученной нам Богом, не от своей роли в мировой цивилизации… Тихий океан – наш… Где мы найдем потребителей для нашего прибавочного продукта? География дает ответ на вопрос. Китай – это наш естественный потребитель… Филиппины дают нам базу на пути на весь Восток… Ни одна земля в Америке не может превзойти по плодородию землю долин Лусона. Рис и кофе, сахар и какао-бобы, конопля и табак… Филиппинская древесина может обеспечивать мир мебелью в течение целого столетия… У меня есть золотой самородок, который был найден на берегу ручья на Филиппинах… Утверждают, что мы ведем войну жестоко. На самом деле все наоборот… Сенаторы должны знать, что мы имеем дело не с американцами или европейцами. Мы имеем дело с восточными людьми".
Зинн указывал, что "это было время активного расизма в Соединенных Штатах… Филиппинцы были коричневокожими, говорили на чужом языке и выглядели странными с точки зрения американцев. К обычной жестокости войны добавлялся фактор расовой ненависти". Солдат писал домой в Америку из Филиппин: "Наша кровь горит от жажды боя и мы все хотим убивать ниггеров". (Некоторые американские солдаты-негры, возмущенные расизмом в армии, переходили на сторону повстанцев.)
Корреспондент филадельфийской газеты "Леджер" писал из Манилы в ноябре 1901 года: "Нынешняя война – это отнюдь не бескровное представление вроде оперы-буфф. Наши люди безжалостны. Они убивают, чтобы истребить мужчин, женщин, детей, пленных и захваченных мирных жителей, активных партизан и людей, заподозренных в симпатиях к партизанам. Хватают всех подряд, даже 10-летних детей. Здесь убеждены в том, что филиппинец хуже собаки… Наши солдаты вливали в горло людей соленую воду, чтобы заставить их давать показания. Они брали в плен людей, которые поднимали руки вверх и мирно сдавались. Хотя не было ни единого свидетельства того, что они – повстанцы, их через час ставили на мост и расстреливали, бросая в воду, чтобы их тела плыли по реке, а люди видели их пробитые пулями трупы".
Капитан из Канзаса писал: "Считалось, что в Калоокане было 17 тысяч жителей. Но вот по нему пронеслась 20-я канзаская дивизия и теперь в Калоокане нет ни одного живого жителя". Рядовой из той же дивизии писал, что он "собственной рукой поджог 50 домов филиппинцев после нашей победы в Калоокане. Женщины и дети были убиты нашими пулями". В письме солдата на родину, опубликованному в газете "Паблик опинион" (город Декора, штат Айова), говорилось про один из боев на Филиппинах: "В живых мы не оставили никого. Раненых приканчивали на месте штыками".
Приказы о тотальном уничтожении мирного населения исходили и от высшего начальства. Майор Уоллер сообщал, что в ходе операции на острове Самар генерал Смит приказывал ему убивать и жечь. Смит пояснил, что чем больше будет убито и сожжено, тем будет лучше, так как не надо будет брать в плен. Когда майор спросил генерала, как определить возраст, с какого можно убивать, ему был дан ответ: "Убивать всех с 10 лет и старше".
