Что касается его ближайших соратников по ППС, Союзу активной борьбы, Стрелковому союзу, то они постепенно превращались в своего рода штаб при лидере, становились его помощниками и советниками по политическим и военным вопросам. С каждой новой инициативой Пилсудского в составе этой группы появлялись свежие люди, а некоторые из прежде близких его сотрудников отходили в тень. Но при этом они, как правило, оставались лояльными Главному коменданту. В немалой степени это было заслугой самого Пилсудского, предпочитавшего в непростых условиях предвоенных лет не наживать себе лишних не то что врагов, но даже оппонентов.
Это качество его характера в очередной раз дало о себе знать на конгрессе конфедерированных политических партий, созванном для определения задач деятельности комиссии в условиях стабилизации международных отношений. Конгресс состоялся на рубеже ноября и декабря 1913 года. Пилсудский выступил на нем с отчетом о деятельности в качестве Главного коменданта стрелков и дружинников. Обсуждение обнаружило несовпадение мнений по ряду важных вопросов, в том числе относительно задач и принципов деятельности Комиссии конфедерированных партий (теперь она перестала называться временной) и Польской военной казны. И все же по спорным моментам удалось принять компромиссные решения, сохранив тем самым две эти очень важные для Пилсудского структуры.
Конгресс изменил характер Комиссии конфедерированных партий. Она перестала быть органом, предназначенным для формирования правительства Царства Польского в момент начала войны, превратившись в структуру для координации борьбы отдельных партий за независимость польских губерний самодержавного государства. В ее компетенцию теперь входили контроль деятельности ПВК и отделов комиссии (военного и прессы), распределение средств из фонда военной казны, определение основных направлений военной работы, инициирование и организация совместных политических акций партий, входящих в состав комиссии, принятие решения о вооруженном выступлении стрелковых организаций. Комиссия не имела права вмешиваться во внутренние дела вошедших в нее партий, препятствовать их свободному развитию и даже спорам между ними. За ней не признавалось никаких правительственных функций, она не могла создавать какие-либо постоянные органы, помимо отделов финансового, военного и по делам печати. Партии сохраняли право самостоятельно определять политику и методы борьбы за независимость[106].
Не меньшую склонность к компромиссу проявил Пилсудский на X Партийном совете в январе 1914 года при обсуждении вопроса о ППС-оппозиции. Несмотря на то, что многие участники форума требовали занять жесткую позицию в отношении раскольников, прошло предложение Главного коменданта обратиться к ним с призывом вернуться в партию без всяких предварительных условий. Несомненно, это способствовало ликвидации раскола. 3 августа того же года лидеры ППС-оппозиции приняли решение о роспуске своей организации и возвращении в ряды ППС.
Но Пилсудский решительно пресекал все попытки нарушения субординации в Союзе активной борьбы, даже если виновниками были люди, занимавшие высокие места в этой организации. Так было, например, в случае с членом ППС с 1904 года Генриком Минкевичем. За ненадлежащую субординацию Пилсудский не только отстранил его от должности руководителя стрелкового союза в Закопане, но и исключил из САБ.
В начале 1914 года казалось, что наметившийся в 1913-м кризис в лагере сторонников активных форм борьбы за независимость Царства Польского удалось преодолеть. Однако развитие событий очень скоро показало непрочность достигнутого Пилсудским успеха. В феврале разразился скандал, спровоцированный финансовой нечистоплотностью секретаря Комиссии конфедерированных партий Йодко-Наркевича, известного своей любовью к красивой жизни. Дело, инициированное Тетмайером, до недавнего времени тесно сотрудничавшим с группой Пилсудского, было передано в суд. В конечном счете по взаимной договоренности сторон скандал был замят, но давний соратник Йодко вынужден был уйти со всех своих постов. Для Пилсудского это был серьезный удар. Из игры был выведен один из его ближайших друзей, посвященный в операции «Вечер» и «Осведомитель "Р"».