Еще более сильный удар по позициям Пилсудского был нанесен с совершенно неожиданной стороны. В апреле Галицию посетили эмиссары американской Полонии, проверявшие порядок использования денежных средств, поступавших в Польскую военную казну из США. Контролерами оказались сторонники национальных демократов. Несмотря на все старания Славека, Пилсудского, Сокольницкого, Василевского доказать, что американские средства расходуются безупречно, выводы проверяющих оказались для Главного коменданта неблагоприятными. По результатам отчета контролеров американский Комитет национальной обороны в июне 1914 года решил производить сбор средств не вообще для ПВК, а для каждой из отдельных организаций в Галиции. Насчитывавшие около семи тысяч человек стрелковые организации не могли больше претендовать на львиную долю американских средств. Это не только лишало смысла существование этой структуры, но и обеспечивало Польским стрелковым дружинам финансовую независимость от ПВК. С этого момента участие в Комиссии конфедерированных партий перестало их интересовать. В мае 1914 года Польские стрелковые дружины, которые по численности своих рядов быстро догоняли Стрелковый союз (5 тысяч членов в июле и 6 тысяч спустя месяц против 7 тысяч у Пилсудского), порвали с Комиссией конфедерированных партий и Польской военной казной.
В мае 1914 года Комиссию конфедерированных партий покинул Национальный рабочий союз. И хотя большинство партий осталось в составе Комиссии, она утратила характер единого политического представительства сторонников освобождения Царства Польского из-под русского господства, созданием которого Пилсудский занимался все послереволюционные годы. Более того, теперь она, если не считать ППС, в основном представляла польские партии из Галиции. А ведь цели своей борьбы комиссия не меняла.
В июне 1914 года появилась еще одна угроза планам Пилсудского. Военное министерство Австро-Венгрии, не питавшее доверия к находившимся под влиянием национальных демократов военизированным организациям, предложило включить все польские стрелковые формирования в состав австрийского государственного стрелкового союза. И хотя эта инициатива не нашла у поляков поддержки, Пилсудский не мог не понимать, что австрийские власти рано или поздно доведут задуманную унификацию до конца. В этом случае у Стрелкового союза даже теоретически не оставалось бы возможности стать зародышем будущей самостоятельной польской армии. Политическому проекту Пилсудского, на разработку и осуществление которого ушло почти шесть лет, грозил провал.
Ко всему прочему, Пилсудскому никак не удавалось придать своему взаимодействию с австрийской военной разведкой политический характер. Австрийцы охотно использовали возможности Пилсудского в сфере контрразведки. Как отмечает Р. Сьвентек, большинство русских шпионов в Галиции были разоблачены при самом активном участии людей Пилсудского. В 1914 году, по договоренности с Рыбаком, стал издаваться журнал «Стшелец» («Стрелок»). На его страницах, в частности, была напечатана подробная инструкция по организации диверсий, после ознакомления с которой любой человек, не имевший специальной подготовки, мог взорвать, например, железнодорожный мост. Велся, хотя и не очень активно, сбор разведывательной информации, которая затем передавалась все тому же Рыбаку.
В начале лета 1914 года будущее проекта Пилсудского оказалось под большим вопросом, а две ничем не завершившиеся военные тревоги в Европе несколько притупили остроту восприятия им происходящих событий. В результате он не сразу понял значение случившегося в Сараево 28 июня 1914 года покушения на наследника австрийского престола эрцгерцога Франца Фердинанда. На этот раз действия Пилсудского ничем не напоминали ту лихорадочную активность, которую он проявлял в 1908 и 1912 годах. По воспоминаниям Славека, Пилсудский и после рокового выстрела Гаврилы Принципа полагал, что сараевское покушение не повлечет за собой каких-либо международных последствий, а Вена и на этот раз не отважится на решительные действия
