После действенных мер, предпринятых властями Карачаево-Черкесской Республики и Черкесским муфтиятом, ситуация в южных районах республики была урегулирована.
Имамат Карачая, правда, просуществовал до 1993 года, после чего Биджиев переехал в Москву и сосредоточился на работе в Межрегиональной исламской организации. В декабре 1999 года он был арестован ФСБ по подозрению в причастности к организации серии терактов, однако вскоре был освобожден и в 2004 году стал заместителем председателя ДУМЕР и генеральным секретарем Совета муфтиев России. После отъезда Биджиева ваххабитское движение в республике возглавил уроженец села Учкекен Рамазан Борлаков, близкий соратник чеченского полевого командира Хаттаба. К 1999 году ваххабиты, действовавшие преимущественно в карачаевской части республики, стали реальной угрозой не только для духовной, но для светской власти, повторяя в своем развитии кадарский сценарий.
Террористические акты в Москве и последовавшая за ним вторая чеченская кампания привлекли к карачаевским ваххабитам внимание московских спецслужб, получивших информацию о воюющем в Чечне «карачаевском батальоне», а также обнаруживших «карачаевский след» в деле о взрывах московских домов. В свою очередь, правительство Карачаево-Черкесии отрицало наличие в своей республике крупной группы ваххабитов и утверждало, что вообще не видит в их деятельности серьезной угрозы для безопасности республики. Ситуация принципиально изменилась весной 2001 года, когда президент Карачаево-Черкесской Республики Владимир Семенов был вынужден заявить, что одной из главных проблем сейчас является борьба с религиозным экстремизмом, и признал, что численность активных ваххабитов в республике значительно превышает приводившуюся до этого цифру в 200 человек. Были предприняты профилактические меры по противодействию экстремистским группам, в частности, закрыто несколько общин в Малокарачаевском районе и приостановлена работа медресе в селе Учкекен. Повидимому, особого эффекта эти меры не возымели, поскольку 16 августа 2001 года генеральный прокурор РФ Владимир Устинов сделал заявление о предотвращении попытки государственного переворота в Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии. Он сообщил, что целью этого мятежа было свержение законных властей и установление ваххабитского режима с последующим созданием объединенного теократического государства. В настоящее время карачаевские ваххабиты понесли заметные потери и несколько снизили свою активность, в то время как их соратники из соседней Кабардино-Балкарии, наоборот, перешли в наступление. В этой республике салафитское движение зародилось несколько позже и развивалось в тесном контакте с карачаевским, во многом повторяя его путь. Центром «чистого ислама» в республике стал Эльбрусский район, населенный преимущественно балкарцами. Правительство и традиционное исламское духовенство Кабардино-Балкарии сразу отнеслись к росту исламского экстремизма со всей серьезностью и смогли частично локализовать его распространение.5 мая 2001 года республике был принят антиваххабитский закон «О запрете экстремистской религиозной деятельности и административной ответственности за правонарушения, связанные с осуществлением религиозной деятельности». Принятые меры, правда особого результата не дали – ваххабитские джамааты, самым известным из которых стал джамаат «Ярмук», продолжали активную работу, которая нередко выражалась в акциях бандитизма и терроризма.
Под влиянием Мусы Мукожева, одного из лидеров кабардино-балкарских салафитов, это течение распространилось на соседнюю Северную Осетию. Оплотом ваххабитов здесь стала община Ермака Тегаева и Сулеймана Мамиева, известная как Исламский культурный центр Северной Осетии. Ее деятельность нанесла серьезный урон авторитету ДУМ Республики Северная Осетия – Алания, главная мечеть которого – владикавказская Соборная – в конце концов перешла под контроль людей Тегаева и Мамиева. Распространение ваххабизма на территории Поволжской уммы. С 1992-1993 годов салафиты развернули активную деятельность на территории Поволжской уммы. Их главными партнерами стали обособившиеся от ДУМЕС муфтияты, многие из которых с радостью приняли предложенную помощь. Помимо целевых траншей на строительство мечетей были развернуты образовательные программы, направленные на обучение молодых российских мусульман как за рубежом, так и в пределах России. Особое внимание уделялось изданию литературы соответствующего толка – так, усилиям Комитета мусульман Азии, фонда «Ибрагим бин Абдулазиз Ибрагим» и издательства «Бадр» было выпущено более 200 книг и брошюр, многие из которых распространялись бесплатно. Не менее активно шла работа и на низовом уровне. Ваххабитские эмиссары посещали общины, предлагая их имамам и председателям «бескорыстную» помощь в обмен на содействие своим миссионерским программам. Параллельно с этим они создавали и собственные общины, сознательно разжигая внутримусульманские конфликты и противопоставляя «молодое» поколение имамов «старому». Особенно успешно такая работа шла в православных городах, где мусульманские сообщества отличались этнической пестротой и отсутствием традиций.
