После изоляции Вахитова главным проводником идей «чистого ислама» стал бывший имам-мухтасиб Набережночелнинского мухтасибата ДУМЕС Идрис Галяутдинов, в начале 2001 года вернувшийся из Саудовской Аравии с титулом «муфтия Набережных Челнов». Явное влияние ваххабитской идеологии претерпел и без того маргинальный Татарский общественный центр, один из лидеров которого Фанис Шайхутдинов был задержан в апреле 2001 года за распространение листовок Шамиля Басаева. После истории с Денисом Сайтаковым в СМИ появились десятки статей, посвященных проблеме ваххабизма в Татарстане. Помимо Набережных Челнов журналисты обнаружили активные ячейки ваххабитов в Альметьевске, Нижнекамске, Кукморе и целом ряде других населенных пунктов. Появились слухи об успешном проникновении ваххабитов во властные структуры районного уровня и даже в руководство Казанского муфтията. Правительство респубт лики и руководство ДУМ РТ пытались опровергать такие утверждения, однако делали это не слишком убедительно. Во многих случаях единство местных мусульманских общин и даже муфтиятов было нарушено сторонниками «чистого ислама». Стычки между ваххабитами и традиционными мусульманами были отмечены также в Башкортостане, Москве, Ульяновске, Волгограде, Перми, Ижевске, Петрозаводске, Екатеринбурге, Тюмени и Омске.
Описывая действующие в России радикальные группировки, необходимо особо остановиться на организациях турецкого происхождения, пропагандирующих идеи богослова Саида Нурси. В западной части страны их интересы представлял фонд «Толеранс», на Северном Кавказе – фонд «Торос» и фирма «Эфляк», в Поволжье – фирма «Серхат», на Урале и в Сибири – фонд «Уфук». Все эти организации задумывались как вербовочные структуры секты «Нурджулар», запрещенной турецким правительством за свою экстремистскую деятельность. Отличительной чертой этой организации стало повышенное внимание к средним учебным заведениям. Благодаря значительным финансовым ресурсам и поддержке мощного медиа-холдинга эмиссары «Нурджулара» достигли немалых успехов в этой сфере, основав по всему миру сотни лицеев, колледжей и других учебных заведений такого класса. В России к 2003 году им удалось открыть до 50 лицеев, как правило, содержавших в своем названии прилагательное «турецкий» – «татарско-турецкий лицей», «хакасско-турецкий лицей» и т.д. Подобного рода «учебные» заведения в 1994-2001 годах появились в Нижнем Новгороде, Челябинске, Ростове-на-Дону, Черкесске, Майкопе, Иркутске, Абакане, Улан-Удэ и во многих других городах. Наибольшее количество – целых семь – «турецких» лицеев было зарегистрировано в Татарстане. В 2003 году деятельностью секты «Нурджулар» заинтересовались правоохранительные органы, обратившие внимание на ведущуюся в ее лицеях пропаганду пантюркизма и нетрадиционных исламских ценностей. Так, несмотря на сложные отношения «Нурджулара» с турецким правительством, российские подразделения секты имели возможность беспрепятственно вывозить своих учеников в Турцию, где открыто приобщали их к ценностям нурсизма. Дополнительно удалось выяснить, что аналогичной деятельностью в нашей стране занимались близкая к «Нурджулару» турецкая неосуфийская секта «Сулейманджилар» и ряд пантюркистских организаций, подобных башкирской группировке «Серые волки». С 2004 года основными фигурантами сводок о задержании ваххабитов стали члены террористической партии «Хизбут-Тахрир», среди которых в первое время доминировали эмигрировавшие в Россию узбекские диссиденты. К этому времени отделения партии открылись в большинстве крупных городов России, причем их особая плотность наблюдалась в Татарстане, Башкортостане и Тюменской области. В свою очередь, в регионах Северного Кавказа деятельность хизбутовцев была практически незаметна, что наводило на мысль о разделении сфер влияния между различными ваххабитскими группировками. Начиная с 1999 года правоохранительные органы России развернули широкомасштабную кампанию по борьбе с радикальным исламом, в ходе которой были закрыты российские представительства фондов «Аль-Харамейн», «АльИгаса» и «Тайба», ликвидирована сеть учебных заведения турецких сект «Сулейманджар» и «Нурджулар», прекращена деятельность наиболее одиозных издательств и печатных СМИ, проведены массовые аресты последователей партии «Хизбут-Тахрир», а также выдвинуто несколько инициатив о законодательном запрете ваххабизма. 14 февраля 2003 года на закрытом судебном заседании Верховного суда РФ было рассмотрено гражданское дело по заявлению Генерального прокурора Российской Федерации о признании ряда организаций террористическими и запрещении их деятельности на территории Российской Федерации. По его итогам «Высший военный Маджлисуль Шура Объединенных сил моджахедов Кавказа», «Конгресс народов Ичкерии и Дагестана», «База» («Аль-Каида»), «Асбат аль-Ансар», «Священная война» («Аль-Джихад» или «Египетский исламский джихад»), «Исламская группа» («Аль-Гамаа аль-Исламия»), «Братья-мусульмане» («Аль-Ихван альМуслимун»), «Партия исламского освобождения» («Хизб ут-Тахрир аль-Ислами»), «Лашкар-и-Тайба», «Исламская группа» («Джамаат-и-Ислами»), «Движение Талибан», «Исламская партия Туркестана» (бывшее «Исламское движение Узбекистана»), «Общество социальных реформ» («Джамият аль-Ислах аль-Иджтимаи»), «Общество возрождения исламского наследия» («Джамият Ихья ат-Тураз аль-Ислами»),
