Через несколько лет плоды деятельности салафитов приобрели видимую стороннему наблюдателю форму. К расколу на уровне муфтиятов добавились и многочисленные внутриобщинные расколы, искусственно подогретые извне.
На территории от Петропавловска-Камчатского до Калининграда и от Мурманска до аулов Южного Дагестана были созданы сотни ваххабитских джамаатов, ставшие весьма заметной силой.
Среди джамаатов за пределами Северного Кавказа наибольшую известность получила астраханская община Айюба Омарова (Астраханского), созданная еще в 1990 году.
К 1995 году члены этой общины, преимущественно дагестанцы по национальности, образовали первичные ячейки в большинстве районов Астраханской области и перенесли свою деятельность за ее пределы. Бурное развитие «чистого ислама» в Астрахани привело к серьезному конфликту внутри дагестанской диаспоры между ваххабитами и тарикатистами. Этот конфликт, осложненный противоречиями между Омаровым и лидерами Регионального ДУМ Астраханской области юрисдикции ЦДУМ, привел к гибели нескольких человек и сильно осложнил внутримусульманские отношения в регионе. В 1999-2000 годах община Омарова была практически разгромлена совместными усилиями правоохранительных органов, тарикатистов и Астараханского муфтията, однако ее активисты продолжили свою деятельность в других регионах. В июле 1997 года эмиссар Айюба Абузар-Олег Марушкин основал первичную ячейку в мордовском селе Белозерье Ромодановского района Мордовии. Через некоторое время в деятельность его группы была вовлечена значительная часть сельской молодежи. Белозерские ваххабиты стали выезжать на обучение в наиболее одиозные медресе России – ульяновское, бугурусланское и набережночелнинское, а также в их зарубежные аналоги. Местное исламское духовенство в силу своего низкого образовательного уровня не могло эффективно противодействовать радикалам, и вскоре они распространили свое влияние на несколько соседних сел, создав некое подобие Кадарской зоны. Неприятно удивленные развитием ситуации правоохранительные органы республики смогли депортировать Марушкина с его наиболее близкими соратниками в Астраханскую область, однако полностью восстановить контроль над ситуацией им не удалось. Первыми обстановкой в Белозерье обеспокоились лидеры ЦДУМ, считавшие Мордовию зоной своей юрисдикции.
К весне 1998 года трения между белозерскими мусульманами стали выливаться в драки, и даже визит верховного муфтия Талгата Таджуддина в Белозерье не смог их примирить.
Влияние белозерских ваххабитов стало ослабевать только после создания в Мордовии двух централизованных структур – Саранского и Белозерского муфтиятов.
В 1999 году уроженец села Белозерье и выпускник бугурусланского медресе «Аль-Фуркан» Руслан Ахмяров был объявлен в федеральный розыск за участие во взрывах двух московских домов. В ходе второй чеченской кампании группа белозерских ваххабитов приняла участие в боевых действиях на стороне боевиков, вернувшись домой с полным вооружением и рассказами о своих «подвигах». И в настоящее время белозерский джамаат остается серьезной проблемой для безопасности Мордовии, хотя пик его активности уже прошел.
Среди прочих регионов ареала Поволжской уммы проблемой «чистого ислама» сильнее всего оказался затронут Татарстан. Целенаправленное распространение ваххабизма в этой республике началось с 1993 года, когда саудовская «благотворительная» организация «Тайба» заключила договор о содействие образовательному процессу с дирекцией новообразованного набережночелнинского медресе «Йолдыз», что привело к трансформации медресе в центр по комплексной подготовке боевиков. Осенью 1999 года выпускник медресе Денис Сайтаков вошел в число подозреваемых в организации терактов в Москве, впоследствии была доказана причастность шакирдов «Йолдыза» еще к нескольким подобных акциям, а также подтверждены факты сотрудничества руководства медресе с чеченскими полевыми командирами Басаевым и Хаттабом, которые проводили для студентов «Йолдыза» «полевую практику». Осенью 1999 года специальная комиссия Совета муфтиев России приостановила работу «Йолдыза», а в начале 2000 года оно было расформировано и преобразовано в женское медресе. Такие меры, правда, не решили проблемы ваххабизма в Набережных Челнах. 2 октября 1999 года сотрудниками правоохранительных органов был задержан имам-хатыб центральной мечети Набережных Челнов «Таубэ», йолдызовский выпускник Айрат Вахитов. Ему предъявили обвинение по статье 208, часть вторая Уголовного кодекса России – участие в вооруженных формированиях, не предусмотренных законом. Вскоре еще 10 бывших студентов «Йолдыза» были объявлены в розыск по этой же статье.
