В этой республике ваххабиты появились благодаря ее первому президенту Джохару Дудаеву, сделавшего ставку на зарубежные структуры в деле возрождения ислама. Его партнерами стали радикальные исламские организации «Братья мусульмане», «Джамаат Ислами», «Исламская молодежь» и целый ряд других. С учетом того, что традиционные мусульманские организации Чечни находились в оппозиции Дудаеву и подвергались изощренным притеснениям, умма республики стала быстро радикализироваться.
Процесс радикализации был значительно ускорен первой чеченской кампанией, которую Дудаев поспешил объявить джихадом. На помощь «чеченским братьям» пришли сотни наемников из Афганистана, стран Ближнего Востока и Магриба. Среди них наибольшую известность получил полевой командир Эмир Хаттаб, предположительно иорданский араб. После ряда удачных боевых операций он заслужил уважение ведущих лидеров боевиков и установил тесные связи с братьями Басаевыми. Как оказалось, он был не только наемным боевиком, но и ваххабитским амиром. За два-три года усилиями Хаттаба и его единомышленников большинство чеченских лидеров стали рьяными приверженцами ваххабизма. Салафиты предлагали своим потенциальным последователям не только новую идеологию, но и значительные по местным меркам суммы денег. Сотни молодых чеченцев охотно поступили на обучение в ваххабитские лагеря комплексной подготовки, легализованные после Хасавюртовского мира. Наиболее известным среди них стал хаттабовский лагерь «Кавказ» в Сержень-Юртовском районе. Второй президент Чечни Аслан Масхадов и муфтий республики Ахмад Кадыров, оставшиеся едва ли не единственными противниками ваххабизма, с большой тревогой наблюдали за его стремительным развитием. Несмотря на свое формально высокое положение, они не имели достаточных сил, чтобы как-то повлиять на ситуацию. Любые попытки помешать ваххабитам приводили лишь к покушениям на президента и муфтия, которые стали ощущать себя вождями гонимого меньшинства. 15 июля 1998 года боевики полевого командира Арби Бараева, известного последователя «чистого ислама», атаковали казармы масхадовского Гудермесского батальона национальной гвардии Чечни. Бой продолжался два дня и стоил жизни нескольким десяткам человек. Эта акция ознаменовала начало вооруженной фазы в противостоянии между ваххабитами и тарикатистами в Чечне. Исход этого противостояния был очевиден, и если бы в августе 1999 года салафитские полевые командиры не напали на соседний Дагестан, то через несколько лет традиционный ислам в Чечне просто перестал бы существовать. Вторая чеченская кампания окончательно расколола чеченское общество на традиционалистов, принявших сторону федерального центра, и ваххабитов, к которым были отнесены все мятежные полевые командиры. При этом ряды ваххабитов значительно пополнились за счет людей, пострадавших в ходе военных действий или просто испытывавших ненависть к русским. Борьба с этим радикальным течением ведется до сих, однако не приносит никаких заметных плодов. Жертвами ваххабитов стали тысячи чеченцев, включая несколько десятков имамов и бывшего муфтия Чечни Ахмада Кадырова.
В других северокавказских республиках экспансия «чистого ислама» оказалась не такой масштабной, как в Дагестане и Чечне. Республика Адыгея вообще смогла избежать этой проблемы, а в Ингушетии зарождавшееся салафитское движение было быстро локализовано совместными усилиями мусульманского духовенства и светских властей. Оставшиеся три республики – Карачаево-Черкесия, Кабардино-Балкария и Северная Осетия понесли от ваххабитов существенные потери, однако сумели маргинализировать это течение и приравнять его приверженцев к обычным бандитам. История ваххабитского движения в Карачаево-Черкесии, Кабардино-Балкарии и Северной Осетии восходит к 1990 году, когда активист Исламской партии возрождения Мухаммед Биджиев (известный также как Мухаммад Карачай и Мухаммад Биджи-уллу) основал в Карачаево-Черкесской АО первые джамааты. Осенью 1991 года их активисты составили костяк движения за восстановление Карачаевской Республики, в которой предполагалось создать автономную от ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья мусульманскую структуру – Имамат Карачая во главе с Биджиевым.
