Прямое столкновение интересов Галиуллина и Шаймиева случилось в конце 1995 года, когда люди татарстанского муфтия захватили задание бывшего казанского медресе «Мухаммадийя». В ходе начавшегося конфликта Галиуллин открыто бросил вызов Шаймиеву, создав в июне 1996 года общественно-политическое движение «Мусульмане Татарстана», предъявившее претензии на приход к власти. В феврале 1998 года противостояние муфтия и президента закончилось победой Шаймиева, приложившего все усилия для замены Галиуллина на более лояльного муфтия. Партия «Иттифак», предпринявшая энергичные меры для защиты Галиуллина, к тому времени уже не имела достаточного влияния, чтобы расколоть объединенное ДУМ РТ.
На время Галиуллин смирился со своей судьбой, согласившись работать в структуре ДУМ РТ, однако вскоре вновь перешел в открытую оппозицию Шаймиеву и новому муфтию Гусману Исхакову. Он преобразовал «Мусульман Татарстана» в движение «Омет», вступившее в союз с левыми силами, и начал издавать наиболее последовательную антишаймиевскую газету «Надежда-Омет». В декабре 1999 года движение «Омет» неудачно пыталось войти в «Единство» и в итоге присоединилось к «Сталинскому блоку – за СССР», где его глава занял вторую позицию в татарстанском региональном списке («Сталинский блок» набрал 0,61% голосов).
В 2001 году Галиуллин восстановил свои отношения с ЦДУМ, примкнув к протаджуддиновскому ОПОД «Евразия». Бывший муфтий до сих пор пользуется поддержкой части мусульманского духовенства республики и имеет немало союзников среди левых и националистических партий Татарстана. Основанная в 1990 году Исламская партия возрождения (ИПВ) с момента своего создания включилась в процесс реформации советской системы духовных управлений и немало в этом преуспела. Основных «успехов» эта партия достигла в Таджикистане, где ее активисты со временем составили костяк вооруженной оппозиции и надолго ввергли республику в гражданскую войну, однако и в России активисты ИПВ сыграли важную роль в расколе мусульманского сообщества. Мусульманские лидеры бывшего СССР изначально негативно отнеслись к появлению «зеленой» партии. Узнав о создании ИПВ, председатель ДУМ Средней Азии и Казахстана муфтий Мухаммад-Содик Мухаммад-Юсуф написал статью, в которой обвинил ее основателей в образовании «фирка», т.е. группы людей, обособившихся от других мусульман. Его поддержали и лидеры других духовных управлений. Активисты ИПВ отвечали официальному мусульманскому духовенству взаимностью. Согласно признаниям бывшего пресс-секретаря ИПВ Валиахмета Садура «вообще отношение Исламской партии возрождения (ИПВ) к муфтиям и прочим руководителям мусульман, назначенным правительством, было всегда негативным… Впрочем, позиция руководителей ИПВ легко объяснима: многие из них свой первый политический опыт приобретали в ходе свержения таких одиозных муфтиев, как Геккиев на Северном Кавказе и младший Бабаханов в Средней Азии». Помимо этих переворотов функционеры ИПВ приняли участие и в расколе ДУМЕС. После распада ИПВ ее активисты Гейдар Джемаль, Мухаммед Салахеддин, Шамиль Султанов, Валиахмет Садур и Мукаддас Бибарсов продолжили политическую карьеру, поучаствовав в создании большинства межрегиональных исламских партий.
С 1990 года ИВП активно действовала в Дагестане, призывая к созданию на его территории исламского государства, а с февраля 1992 года включилась в конфликт между различными духовными управлениями Дагестана. Деструктивная деятельность ИПВ в регионе вынудила представителей официального мусульманского духовенства создать в сентябре 1990 года альтернативную ей Исламскую демократическую партию. Председатель ДУМ Дагестана с февраля 1992 года муфтий Ахмед Дарбишгиджиев характеризовал ИПВ как «ваххабитскую партию» и отмечал, что неуважительное отношение со стороны ИПВ к официальному исламскому духовенству и мюридизму вызывает в республике большое раздражение.
В противостоянии ДУМЕС-ЦДУМ с альтернативными структурами сторонники интеграции ислама в политику объединились с противниками Талгата Таджуддина. И без того жестокая борьба за раздел сфер влияния в российском исламе еще больше осложнилась из-за участия в ней политических сил. Главным проводником идей политического ислама в среде оппозиции ЦДУМ стал председатель ДУМ Поволжья Мукаддас Бибарсов. Именно при его деятельном участии была создана самая одиозная среди всероссийских исламских партий – Союз мусульман России.
