В июне 1999 года руководителями ЗАО «Нефтегаз-компани» Леонардом Рафиковым и Маратом Хайруллиным вместе с лидерами движений «Hyp», Всероссийский исламский конгресс, «Мусульмане России» и «Рефах» был создан избирательный блок «Меджлис». Председателем «Меджлиса» предсказуемо стал Леонард Рафиков. Этот блок оказался самым крупным в истории объединением мусульманских политических сил, благодаря чему имел неплохие шансы войти в состав в одного из объединений-фаворитов предвыборной гонки. Лидеры «Меджлиса», однако, исходя из личных соображений предпочли блокироваться с движением «Наш дом – Россия», имевшим крайне незначительные шансы на успех.
Абдул-Вахед Ниязов, создавший в конце 1998 года движение «Рефах», также принял участие в формировании «Меджлиса», однако после переориентации этого блока на черномырдинский «Наш дом» резко охладел к детищу Рафикова. Как наиболее опытный из мусульманских политиков, он безошибочно определил фаворита предвыборной гонки – пропрезидентский блок «Единство» и успел ввести свой «Рефах» в его состав в статусе «блокообразующей партии». Дефицит известных людей в «Единстве» позволил Ниязову занять проходное место в уральском региональном списке и поставить на первые позиции в других региональных списках четверых своих сподвижников. Успех «Единства» на парламентских выборах обеспечил Ниязову место в Думе и вернул его в высший эшелон исламских лидеров. «Рефах» стал безусловным лидером мусульманской политики, в то время как остальные партии переживали состояние тяжелого упадка, за исключением разве что «Меджлиса». В конце октября 1999 года Центральная избирательная комиссия России отказала в регистрации федерального списка кандидатов в депутаты Государственной Думы, выдвинутого избирательным объединением «Движение «Hyp» («Свет»). Причиной отказа в регистрации стало несвоевременное внесение избирательного залога на избирательный счет, а также задержка с подачей первого финансового отчета. Аналитики охарактеризовали данный факт как поражение «Нура» в его давней борьбе с ИКЦ России и его дочерними организациями. Начало 2000 года выглядело для «Рефаха» и его лидера весьма многообещающим. При распределении думских постов Ниязов получил должность заместителя председателя Комитета по регламенту и обеспечению работы Госдумы и начал создавать свою собственную парламентскую фракцию. Часть соратников Ниязова, попав в Думу, предпочла отмежеваться от «Рефаха», однако ему удалось пополнить свои ряды за счет независимых депутатов. Политические успехи Ниязова позволили активизировать экспансию ДУМАЧР в азиатские регионы и заручиться поддержкой ряда губернаторов. Ощутимую пользу от пребывания Ниязова в парламенте извлекли и другие члены Совета муфтиев России. С другой стороны, успехи Ниязова привели к консолидации его противников. 12 февраля 2000 года в Москве прошел второй съезд Общероссийского союза общественных объединений «Меджлис», в котором приняли участие многие мусульманские духовные лидеры, в том числе – все руководство ЦДУМ. К «Меджлису» примкнул и лидер ДУМ Поволжья Мукаддас Бибарсов, еще с 1996 года питавший недоверие к политическим инициативам Ниязова. Съезд «Меджлиса» не изменил принципиального соотношения сил в политическом исламе, однако продемонстрировал решимость противников Ниязова продолжать борьбу на всех фронтах.
Первые признаки кризиса «Рефаха» стали заметны в августе 2000 года, после скандального II курултая ДУМАЧР.
Арест сотрудниками Управления ФСБ по Омской области одного из делегатов курултая и последующие действия лидеров «Рефаха» и ДУМАЧР сильно подмочили репутацию этой партии. По сообщению агентства ИТАР-ТАСС, начальник Управления ФСБ по Омской области Виктор Миронов даже заявил, что «собравшиеся в Омске делегаты курултая и движения «Рефах» – сторонники так называемого «радикального ислама».Попытка лидеров «Рефаха» и духовного управления мусульман азиатской части России проникнуть во власть на базе религии вызывает озабоченность и может перерасти в серьезную проблему». К весне 2001 года положение «Рефаха» резко ухудшилось. Лидеры ЦДУМ и их союзники к этому времени уже наладили тесные взаимоотношения с президентом РФ В.В. Путиным и его командой, начав оказывать реальное влияние на мусульманскую политику правительства. В свою очередь, обвинения лидеров «Рефаха» в дружбе с мусульманскими экстремистами, появившиеся в электронных и печатных СМИ еще в 1999 году, получили новые подтверждения. Особенное раздражение в руководстве «Единства» и Администрации Президента РФ вызывала активная международная деятельность Ниязова, нередко идущая вразрез с интересами государства. 29 октября 2000 года на втором съезде партии «Единство» ее лидер Сергей Шойгу заявил, что на ближайшем заседании политсовета движения он намерен поставить вопрос об исключении из думской фракции «Единства» депутата АбдулВахеда Ниязова за поддержку им оппозиционной турецкой партии вахабитского толка. По словам Шойгу, эти действия Ниязова нанесли серьезный урон имиджу «Единства». Ниязов предпринял несколько неудачных попыток замять скандал, однако к весне 2001 года был вынужден признать свершившийся факт. По информации официального сайта движения «Рефах» «19 марта 2001 года состоялось заседание президиума ОПОД «Рефах» («Благоденствие»). На заседании было принято решение о выходе лидера ОПОД «Рефах» («Благоденствие») из «Единства». Во исполнение решения президиума 20 марта 2001 года депутат А. В. Ниязов на заседании фракции «Единство» подал заявление о выходе. Решение президиума ОПОД «Рефах» («Благоденствие») связано с решением расширенного Совета ОПОД «Рефах» («Благоденствие») от 15 марта о преобразовании ОПОД «Рефах» («Благоденствие») в общероссийскую политическую партию – «Евразийскую партию России». Ниязов давно обратил внимание на «политическую ревность» к своим успехам партийного и фракционного руководства «Единства».
