Исламские партии стали эффективными инструментами раскола, втянув часть мусульманского духовенства в политическую борьбу и добавив еще один разделительный критерий. Политические предпосылки раскола не стали важнейшими лишь потому, что ни одна из исламских партий не смогла объединить сколько-нибудь заметную часть мусульман.
В феврале 1989 года в Казани прошел Первый всетатарский съезд, который учредил «Народное движение в поддержку перестройки – Татарский общественный центр», впоследствии известное как Всесоюзный татарский общественный центр (с 16 февраля 1991 года) и Всетатарский общественный центр (с начала 1992 года). 9 июня 1990 года на съезде мусульманских обществ СССР в Астрахани было принято решение об образовании Исламской партии возрождения, ставшей первой чисто религиозной партией на территории бывшего СССР. И Всетатарский общественный центр, и Исламская партия возрождения просуществовали недолго, уже к 1994 году сошли с политической сцены, однако именно они стали питательной средой для появления наиболее влиятельных мусульманских партий страны. 27 апреля 1990 года в Казани прошел учредительный съезд Татарской партии национальной независимости «Иттифак» («Согласие»), созданной на основе радикального крыла Всетатарского общественного центра, а через полгода к ней присоединилась молодежная группировка «Азатлык».
К концу 1991 года в республике действовало уже более десяти партий схожей направленности, которые в феврале 1992 года даже сформировали альтернативное правительство – Милли Меджлис, занявшее радикально антироссийские позиции. Националистическое движение в Татарстане развивалось без препятствий со стороны республиканских властей, видевших в нем важный козырь для переговоров с Москвой.
Стратегическими целями татарских партий первоначально объявлялись возрождение татарской нации, восстановление государственной независимости татарского народа через отделение от России и реализация неотъемлемых прав татарского народа как субъекта международного права. Со временем к чисто националистическим требованиям добавились и претензии религиозного характера, что заложило основы конфликта националистов с умеренным мусульманским духовенством, не желающим ввязываться в политическую борьбу.
Главной мишенью для критики татарских националистов стал председатель ДУМЕС муфтий Талгат Таджуддин.
Еще в 1991 году активисты Татарского общественного центра и «Иттифака» потребовали перенести резиденцию председателя ДУМЕС из Уфы в «центр российского ислама» – Казань. Надо заметить, что эти требования вполне отвечали интересам татарстанского президента, желавшего преобразовать Казань в «поволжскую Мекку» и упрочить свой авторитет в исламском сообществе. Талгат Таджуддин, однако, отверг поставленный ультиматум, после чего националисты начали работу по созданию собственной мусульманской структуры. В этом им помогли недовольные Таджуддином имамы, самым обиженным из которых оказался имам казанской Сенной мечети Габдулла Галиуляин.
В Республике Башкортостан основную борьбу против ДУМЕС развернули башкирские националисты, видевшие в нем враждебный «татарский муфтият». «У меня есть документы, подтверждающие, что Башкирский национальный центр и Башкирская народная партия принимают самое непосредственное участие в событиях вокруг Духовного управления», – указывал Талгат Таджуддин в интервью «Независимой газете». «Витражный скандал» в Набережных Челнах подал сигнал к началу антитаджуддиновской кампании в национальных СМИ Татарстана и Башкортостана. В иной ситуации возникший конфликт мог быть урегулирован полюбовно, однако башкирские националисты оказали на Нигматуллина сильное давление, провоцируя его на антитуджуддиновские выступления. Уфимский мухтасиб выступил по местному телевидению и заявил о переходе в оппозицию к Таджуддину, а также начале создания своего собственного, башкирского, ДУМ. Затем Башкирский национальный центр «Урал» и Татарский общественный центр Башкортостана выступили с совместным заявлением по ситуации в ДУМЕС, в котором обвинили Таджуддина в сумасшествии, авторитарном руководстве, финансовых злоупотреблениях и призвали к созыву учредительного съезда башкортостанского ДУМ. Одновременно в соседнем Татарстане активизировались их коллеги, начавшие подготовку к созданию своего собственного ДУМ. Лидеры националистических партий приняли активное участие в учредительных съездах ДУМ Республики Башкортостан и ДУМ Республики Татарстан. Председатель партии «Иттифак» Фаузия Байрамова на съезде в Набережных Челнах заявила, что Таджуддин «ворует деньги чемоданами», и призвала избрать муфтием Татарстана своего сподвижника, имам-хатыба казанской мечети «Нурулла» Габдуллу Галиуллина. По итогам съезда именно он и стал председателем независимого ДУМ Республики Татарстан, что обусловило быструю политизацию мусульманского духовенства республики. На VI съезде ДУМЕС некоторые выступавшие прямо указывали на партию «Итиффак» и Милли Меджлис как возбудителей религиозно-национального сепаратизма. В октябре 1992 года Галиуллин возглавил ВКЦДУМР и в 1994 году, после его регистрации, получил титул «верховный муфтий России». Возглавив оппозицию ДУМЕС-ЦДУМ, переживавшую в тот момент пик всего расцвета, Галиуллин явно перерос уровень регионального муфтия, став мусульманским лидером всероссийского масштаба. Такие изменения в статусе Галиуллина позволили ему проводить самостоятельную политику, которая не всегда учитывала интересы республиканских властей. Близость муфтия к крайним татарским националистам, враждебным не только Москве, но и Шаймиеву, дополнительно усугубила его противоречия с татарстанским президентом.
