Вообще инициатором создания Союза мусульман России выступил близкий соратник В.В. Жириновского Ахмет Халитов. Вплоть до смены руководства Союза мусульман, произошедшей на первом съезде движения в сентябре 1995 года, эта организация ориентировалась на ЛДПР. Политическая программа Союза, не претерпевшая со временем существенных изменений, была направлена на защиту прав российских мусульман во всех возможных сферах – от объявления мусульманских праздников нерабочими днями во всероссийском масштабе до привлечения дополнительных инвестиций в «мусульманские» регионы. Другие ее пункты выглядели весьма туманно, что позволило этому движению с легкостью менять политическую ориентацию. На первом съезде Союза мусульман, прошедшем в сентябре 1995 года, Ахмета Халитова отстранили от руководства, а его преемником стал председатель ДУМ Поволжья Мукаддас Бибарсов. При этом ключевые позиции в движении заняли сподвижники генерального директора ИКЦ России Абдул-Вахеда Ниязова, которые быстро переориентировали СМР на движение «Наш дом – России» и сделали его полностью проправительственной партией. 19 февраля 1996 года вследствие несогласия с проельцинской политикой «теневого» руководства Союза мусульман и фактической узурпацией власти ниязовскими ставленниками Мукаддас Бибарсов подал в отставку, и вскоре новым лидером движения стал дагестанский бизнесмен Надиршах Хачилаев. Абдул-Вахед Ниязов, в свою очередь, возглавил исполнительный комитет Союза мусульман России. И Надиршах Хачилаев, и Абдул-Вахед Ниязов заняли непримиримую позицию в отношении верховного муфтия Талгата Таджуддина, призывавшего не вовлекать российских мусульман в политическую борьбу. Дело дошло до того, что люди Хачилаева едва не избили Таджуддина, попытавшегося выступить на торжественном открытии московской Мемориальной мечети.
Впоследствии Хачилаев принял активное участие во внутридагестанской политической борьбе, используя для этого свой новый статус – в декабре 1995 года он стал депутатом Государственной Думы. Деятельность Хачилаева в Дагестане спровоцировала несколько вооруженных столкновений, что послужило основанием для лишения его депутатской неприкосновенности и последующего ареста. В мае 1998 года Минюст России начал работу по ликвидации Союза мусульман России, к этому времени ставшего более чем одиозной организацией. Создание Союза мусульман не только усугубило раскол между ЦДУМ и блоком альтернативных муфтиятов, но и вызвало внутренний конфликт в самом этом блоке. Начавшееся противостояние между Союзом и движением «Мусульмане России», а также противозаконная деятельность его руководства нанесли серьезный урон самой идее политического ислама, и многие лидеры антитаджуддиновской оппозиции поспешили дистанцироваться от участия в политических баталиях. Характеризуя эту ситуацию, Совет арабских послов в Москве выразил беспокойство по поводу того, что «деятельность ИКЦ (Исламского культурного центра России) активизируется только в период выборов или других политических мероприятий» и отметил, что «она, по большей части своей, связана С проведением провокационных кампаний по созданию исламских политических движений и партий». С другой стороны, именно благодаря Союзу мусульман генеральный директор ИКЦ России Абдул-Вахед Ниязов приобрел тот политический вес, который позволил ему впоследствии стать депутатом Государственной Думы. Он умело разыграл мусульманскую карту на президентских выборах 1996 года (в парламентских выборах 1995 года Союз мусульман России не принял участие по техническим причинам) и убедил руководство Администрации Президента РФ, что в победе Ельцина есть и его заслуга. Крах же Союза мусульман не сильно поколебал позиции Ниязова, успевшего вовремя отмежеваться от Хачилаева. Участие в парламентских выборах 1995 года приняло только Общероссийское мусульманское общественное движение «Hyp», близкое по политической программе Союзу мусульман России, однако возглавляемое менее радикальными людьми, лояльно относившимися к ЦДУМ. Полпроцента голосов, набранных «Нуром» на выборах, показали реальные шансы исламских партий прийти к власти самостоятельно. Новый всплеск политической активности российских мусульман пришелся на конец 1998 года – первую половину 1999 года и был приурочен к очередным выборам в Государственную Думу.
