Между тем с 1944 года в стране постепенно разворачивается антисемитская компания. Ее интегральная часть — увольнение евреев со сколько-нибудь крупных руководящих должностей, в том числе и в промышленности. Заместитель директора завода ЗИСа А. Эйдинов расстрелян вместе с еще восьмью евреями, сотрудниками завода. Уволены директор Московского завода малолитражных автомобилей А. Баранов, директор Карбюраторного завода в Ленинграде А. Окунь, главный инженер Ярославского автомобильного завода А. Лившиц, директор Куйбышевского подшипникового завода Я. Юсим, начальник Государственного института по проектированию заводов автомобильной и тракторной промышленности И. Шейман, директор Ирбитского мотоциклетного завода Е. Мешурис, заведующий отделом машиностроения Московского горкома партии М. Зеликсон.
В Министерстве промышленности строительных материалов в мае 1950 г. был снят с должности министр С. Гинзбург. На металлургическом комбинате в Новокузнецке расстреляны заместитель директора Я. Минц, главный прокатчик С. Либерман, заместитель начальника производственного отдела С. Лещинер, начальник отдела технического контроля А. Дехтярь. Из министерства был уволен ряд директоров заводов: А. Голубчик — Макеевского коксохимического завода, П. Коган — Ждановского металлургического завода, М. Гендель — Часов-Ярского шамотного завода.
Из Центрального аэрогидродинамического института имени Жуковского уволено 60 сотрудников-евреев, из Всесоюзного института авиационных материалов — 18 сотрудников-евреев.
Из Министерства авиационной промышленности были уволены все директора заводов евреи, в том числе И. Левин — директор Саратовского завода № 292, выпускавшего истребители Яковлева; директор Авиамоторного завода № 24 М. Жезлов; директор Опытного завода легких сплавов И. Выштынецкий; директор Московского завода № 315 И. Соломанович. Был снят с поста заместителя министра авиационной промышленности С. Сандлер. Возмущенный столь большим числом евреев на предприятиях авиационной промышленности, И. Сталин заявил Н. Хрущеву относительно Московского завода № 30: «Надо подобрать здоровых рабочих, пусть они возьмут дубинки, кончится рабочий день, выйдут и побьют этих евреев».
14 июля 1950 года был снят с должности директор Центрального научно-исследовательского института ракетной техники Л. Гонор. На заводе «Динамо» в 1950 г. арестован директор Н. Орловский. Были уволены все руководящие работники-евреи «Уралмаша».
Исаак Зальцман тоже попал под замес, причем двойной, и как еврей, и как выходец из ленинградского блокадного руководства. К тому же шурина Зальцмана, мужа его младшей сестры Марии, расстреляли в 1938 году, а сама Мария (с грудной дочкой Полиной) получила 8 лет Акмолинских лагерей. В 1947 году Исаак Моисеевич прописал Марию с детьми на заводскую жилплощадь и поставил об этом в известность первого секретаря обкома партии и начальника УНКВД.
Летом 1949 году Зальцмана начали травить. Ответственный контролер КПК (Комитета партийного контроля) при ЦК ВКП(б) А. Я. Новиков результаты расследования изложил в записке на имя главы КПК М. Ф. Шкирятова: издевательское отношение к подчиненным; антипартийное отношение к местным партийным структурам; «засорение аппарата заводоуправления и некоторых цехов сомнительными людьми и проходимцами»; покровительство лицам, совершавшим злоупотребления; приписки, незаконное расходование государственных средств и злоупотребление служебным положением (изготовление генеральской шашки для себя, строительство дач, изготовление радиоприемников и радиол, ковровых саней, «свадебное дело», содержание футбольной команды и так далее); недостойное поведение в быту.
Исаак Зальцман во главе колонны кировцев на Первомайской демонстрации в Челябинске, 1947. Из фонда музея Кировского завода
В записке комиссии секретаря ЦК ВКП(б) П. Пономаренко на имя И. Сталина упоминались невыполнение заводом планов выпуска тракторов и танков; «грубо оскорбительное, унижающее человеческое достоинство отношение к людям и запугивание руководящих инженерно-технических работников завода; нарушение принципов подбора кадров» («в деле подбора и расстановки кадров т. Зальцман не руководствовался большевистскими принципами оценки работников по их деловым и политическим качествам, а окружал себя подхалимами и жуликами, в деловом отношении малоценными, а в некоторых случаях и политически сомнительными людьми»); злоупотребление служебным положением в личных целях отдельными руководящими работниками завода, попустительство им со стороны Зальцмана и его усилия освободить их от ответственности; пренебрежительное и высокомерное отношение к местным партийным органам и оскорбления отдельных руководящих работников райкома, горкома и обкома партии; грубый «зажим критики и самокритики» с «удалением с завода критикующих Зальцмана заводских коммунистов».