С 1 июля 1942 года по 28 июня 1943 года Зальцман занимал должность народного комиссара танковой промышленности СССР. До этого наркомом был Вячеслав Малышев — одновременно заместитель председателя СНК СССР и председатель Совета по машиностроению при СНК СССР.
Перед Зальцманом была поставлена задача — наладить выпуск Т-34 (одновременно с КВ), но в Танкограде. Так что часть своего времени он проводил в наркомате в Москве, часть — в Челябинске. Вылетал на другие заводы — в Свердловск, Сталинград, Горький.
Поздней осенью 1942 года в кабинете наркома Зальцмана раздался звонок по ВЧ. Сталин вызывал к себе. Рабочий день был уже закончен, и Зальцман к тому времени уже принял 100 грамм, а Сталин этого не любил. Зальцман был очень встревожен, и когда он с Жуковым и начальником бронетанкового управления Федоренко оказался в кабинете Сталина, это составляло предмет его волнений — как бы не унюхал Хозяин. Но Сталину было не до этого. У немцев появился тяжелый танк «Тигр». Все свои надежды немецкое командование возлагало на его боевые достоинства. И советская армия должна была создать оружие, которое бы превосходило бронетанковую мощь немцев. Танк прорыва ИС «Иосиф Сталин» решено было производить в Танкограде.
Отвечавший за производство танков в Государственном комитете обороны Лаврентий Берия собрал в июне 1943 года в Челябинске совещание. Решалось, кто возглавит завод под новую задачу.
«Все единогласно назвали мою кандидатуру, — вспоминал Исаак Моисеевич. — Тогда Берия обращается ко мне: „Как ты? Твое мнение?“. Я ответил буквально следующее: „Служу Советскому Союзу!“». Прерывая гробовую тишину, Берия давил на Зальцмана, повторяя, какой важной является должность директора Кировского завода в Челябинске. У Зальцмана сразу же мелькнула мысль: работать наркомом он мне не даст. Иссак Моисеевич сказал: «Если в такое тяжелое время потребуется, чтобы я оставил пост наркома для того, чтобы увеличить производство столь необходимых тяжелых танков, то готов написать товарищу Сталину письмо об этом». Берия выслушал невозмутимо. И лишь ответил: «Ваше дело». После этого Берия заявляет: «Тогда лично напиши записку товарищу Сталину, что ты просишь освободить тебя от исполнения обязанностей наркома и назначить директором Челябинского Кировского завода».
Зальцман прямо в кабинете директора, где кроме них находились еще первый секретарь Челябинского обкома партии Николай Патоличев и главный инженер завода Сергей Махонин, написал заявление и передал его Берии. Тот сразу же поднял трубку прямой связи с Кремлем, доложив Сталину о заявлении Зальцмана. Министром снова стал Малышев. Зальцмана назначили на пост директора Кировского завода в Челябинске. В том же 1943 году на заводе начали выпускать новые танки ИС-2. За время войны Кировский завод выпустил 18 тысяч танков и самоходных артиллерийских орудий, 45 000 танковых двигателей, освоил производство 13 типов танков и орудий и шесть типов танковых двигателей. После войны Исаак Зальцман оставался полноправным начальником огромного завода, перед которым теперь встала задача конверсии — перехода на выпуск танков. У него были прекрасные отношения с первым секретарем Челябинского обкома Николаем Патоличевым.
Дружеские отношения связывали Зальцмана с «ленинградцами» — блокадным руководством города, ведь он переехал в Челябинск с Кировского завода. Особенно близок он был со своим сверстником Яковым Капустиным — вторым секретарем Ленинградского обкома, в 1938–1939 годах тот работал секретарем парткома и парторгом ЦК ВКП(б) на Кировском заводе. В 1939–1940 годах — секретарем Кировского райкома партии. В 1945 году Челябинский Кировский завод преподнес ленинградскому руководству подарки: заказанные знаменитому заводу в Златоусте меч для А. Жданова, шашки, отделанные золотом и рубинами, с гравировкой маршалу Л. Говорову и А. Кузнецову. За счет средств завода в Москве были приобретены трое золотых часов общей стоимостью более 40 тысяч рублей. Часы Зальцман в том же 1945 году привез в Ленинград и вручил их первому секретарю обкома и горкома А. Кузнецову, второму секретарю горкома Я. Капустину и председателю горисполкома П. Попкову.
