Значительную поддержку избирателей получил "Союз правых сил", возглавляемый Сергеем Кириенко и заявивший о поддержке кандидатуры Путина на пост президента под лозунгом: "Путина - в президенты! Кириенко - в Государственную думу! Молодых надо!". Коммунистическая оппозиция, напротив, лишилась относительного большинства в Думе.
31 декабря 1999 г. президент Ельцин в своем предновогоднем обращении преподнес россиянам новогодний подарок и заявил об уходе в отставку с поста президента и назначении Путина и. о. президента до проведения досрочных выборов (назначенных на 26 марта). За это в соответствии с предварительной договоренностью между Ельциным и Путиным, в начале января 2000 г. Путин издал указ об иммунитете первого президента России и членов его семьи от любых судебных и административных преследований.
В январе в новой Думе были созданы две фракции поддержки и. о. президента - "Единство" (лидеры - Борис Грызлов, Франц Клинцевич) и "Народный депутат" (Геннадий Райков). Две другие центристские номенклатурно-олигархические фракции - "Регионы России" (Олег Морозов) и "Отечество - Вся Россия" (Евгений Примаков, Вячеслав Володин) также декларировали лояльность Путину. В этих четырех центристских пропутинских фракциях состояло более половины депутатов Государственной думы. В период существования Думы 3-го созыва твердое пропрезидентское большинство составляло в ней от 230 до 235 депутатов, почти всегда голосующих в соответствии с командами заместителя руководителя администрации президента Владислава Суркова "по пейджеру". Помимо поддерживающего и. о. президента думского центра практически столь же лояльной стала ЛДПР Владимира Жириновского и большая часть фракции "Союз правых сил" (лидеры - С. Кириенко, затем - Борис Немцов и Ирина Хакамада).
Имея твердую поддержку центра, администрация президента без труда проводила через Думу необходимое правительству текущее законодательство, требующее абсолютного большинства в 226 голосов. В случае необходимости проведения конституционных законов, требующих квалифицированного большинства (300 голосов), администрация опиралась либо на либерально-центристское "правопутинское" конституционное большинство (центр, ЛДПР, СПС, "Яблоко"), либо на державническое "левопутинское" большинство (центр, ЛДПР, КПРФ, прокоммунистическая Агропромышленная группа Николая Харитонова).
Независимость от администрации президента и относительную оппозиционность демонстрировала только КПРФ. Эпизодически в качестве оппозиции справа ("системной оппозиции") выступала фракция "Яблоко", некоторые независимые (Владимир Рыж ков), а также несколько депутатов, избранных от СПС (Сергей Ковалев, Юлий Рыбаков, Сергей Юшенков, Виктор Похмелкин, Владимир Головлев). Колебания между лояльностью и оппозиционностью проявлял иногда Б. Немцов, что, впрочем, проявлялось скорее в риторике, чем в голосованиях. В Совете Федерации второго созыва в некоторой оппозиции к Путину находился только президент Чувашии Николай Федоров. Впрочем, Федоров скоро одумался и его оппозиционность тоже сошла на нет.
13 января 2000 г. в ходе рабочей поездки в Санкт-Петербург Путин официально подтвердил свое намерение баллотироваться на пост президента России и заявил о своей поддержке кандидатуры В. Яковлева - помощника, а затем соперника Собчака - на выборах губернатора Санкт-Петербурга.
15 февраля 2000 г. Путин был зарегистрирован Центризбиркомом кандидатом на пост президента. 18 февраля он посетил в качестве кандидата Иркутск, где поддержал идеи предлагавшегося Союзом правых сил (СПС) референдума по четырем вопросам: о необходимости расширения гарантий защиты частной собственности; об ограничении депутатской неприкосновенности; о направлении в зоны вооруженных конфликтов только военнослужащих-контрактников; об ограничении права президента немотивированно отправлять в отставку правительство. В тот же день Путин одобрил идею "запретить секс, насилие и терроризм" на телевидении.
Путин впервые в жизни баллотировался на выборный пост. В этой связи наблюдатели вспоминали одно из его интервью, данное двумя годами раньше. Тогда Путин, говоря о своем нежелании участвовать в выборах, объяснял это тем, что в ходе предвыборной кампании кандидат вынужден давать невыполнимые обещания, а следовательно, либо не отдавать себе отчета в смысле собственных слов, либо намеренно лгать. Внимание также привлекала карьера Путина. Его сторонники указывали на период его работы в администрации Собчака как на свидетельство его приверженности реформам. Противники, в частности Григорий Явлинский, напротив, акцентировали внимание на работе Путина в КГБ и ФСБ и представляли его приверженцем старого политического строя и гебешных методов.
