7 апреля 1999 г. директор ФСБ Путин сообщил в своем выступлении на телевидении, что предварительная оценка экспертов ФСБ и МВД признала видеозапись сексуальных развлечений генпрокурора подлинной и вновь высказался за добровольную отставку Скуратова. Он также заявил, что "мероприятие", зафиксированное на видеопленке, оплачивалось "лицами, проходящими по уголовным делам", расследуемым генпрокуратурой, и потребовал "объединить" материалы двух уголовных дел: дела по ст. 285 УК РФ ("злоупотребление служебным положением") против Скуратова и дела по ст. 137 ("вмешательство в частную жизнь") - против лиц, незаконно следивших за генпрокурором. В конечном итоге лица, сделавшие скандальную видеозапись, остались официально неизвестными, а идентичность Скуратова и "человека, похожего на генерального прокурора", не была установлена юридически. Тем не менее Скуратов был вынужден уйти в отставку. Его сменил Владимир Устинов.
В ноябре 1998 г. большой резонанс получил скандал, связанный с именами Бориса Березовского и Александра Литвиненко. 17 ноября группа офицеров ФСБ, возглавляемая подполковников ФСБ Литвиненко, хотя в этой группе формально он не был самым старшим - старшим был полковник Александр Гусак - выступила на пресс-конференции в крупнейшем новостном агентстве России "Интерфакс", транслируемой всеми каналами российского телевидения на всю страну, с заявлением, что руководство ФСБ отдало им приказ убить Исполнительного секретаря СНГ Бориса Березовского. За несколько дней до этого, 13 ноября в газете "КоммерсантЪ" было опубликовано открытое письмо Березовского Путину, в котором Березовский сообщил о существовании внутри спецслужбы заговора партийной (коммунистической) номенклатуры, покрывающей преступников из ФСБ. Хотя эпизод с подстрекательством относился ко времени руководства предшественника Путина, Ковалева, новый директор ФСБ отреагировал на заявление Березовского крайне жестко. Он заявил, что его служба не участвует в политических играх и, напротив, защищает в рамках закона конституционный строй и безопасность личности, общества и государства. Путин осудил вмешательство любых политических сил (намекая на Березовского) в работу ФСБ, которая, по его словам, должна направляться только президентом. Любые попытки подобного вмешательства директор ФСБ расценил как дестабилизирующие обстановку в стране.
Скандал поставил под угрозу репутацию Путина и его ведомства. Свою обеспокоенность сложившейся ситуацией на встрече с Путиным высказал президент, рекомендовавший Путину разобраться с сутью выдвинутых группой Литвиненко против руководства ФСБ обвинениями. Путин на это декларировал, что "в случае подтверждения сведений о преступной деятельности наших сотрудников, независимо от званий и должностей, мы безжалостно избавляемся от них и передаем материалы в прокуратуру".
Однако общественное мнение страны и пресса, склонные приписывать российскому олигарху Березовскому контроль над высшими чиновниками государства, стали подозревать, что все происходящее является сговором между Путиным и Березовским с целью отдать контроль над ФСБ Березовскому и его людям, одним из которых считался Литвиненко. Такие настроения общественности для Путина представляли угрозу. Было известно об открытом конфликте Березовского с премьер-министром Примаковым, в кабинет министров которого входил Путин; генпрокуратура пыталась возбудить против Березовского уголовные дела по обвинению в экономических преступлениях; и ассоциирование Путина с Березовским, конечно же, шло Путину во вред. Тем более, что Березовский стал терять влияние внутри ельцинского окружения, и информация об этом не дойти до Путина не могла, так как и он входил в это окружение и был близко знаком со всеми остальными туда входящими.
Путин понял, что лучший способ защиты от подозрений в близости к Березовскому это публичная атака на самого Березовского. Он занял по крайней мере нейтральную позицию по отношению к действиям премьер-министра Примакова и генпрокуратуры против Березовского и его структур; он настоял на увольнении из ФСБ Литвиненко и всех тех офицеров, которые выступили 17 ноября 1998 г. на пресс-конференции в "Интерфаксе", и даже старшего офицера группы Литвиненко полковника Гусака, который в пресс-конференции участия не принимал, но дал показания, подтверждающие обвинения Литвиненко. Он настоял затем на аресте Литвиненко и Гусака и допустил фактическую высылку Березовского из страны. И все это прежде всего для того, чтобы отмежеваться от Березовского, близостью с которым, навязываемой Березовским, Путин тяготился.
