8 октября 1998 г. Скуратов возбудил уголовное дело по фактам коррупции в Управлении делами президента. Совместно со швейцарскими коллегами российские следователи выявили ряд злоупотреблений при подписании и осуществлении контрактов по реставрации Кремля и обновлении салона самолета президента, в том числе счета с многомиллионными вкладами на имя Павла Бородина, его дочери и зятя. Расследования Скуратова буквально пошатнули трон Ельцина. Все чаще и чаще в Думе звучало слово "импичмент".
Однако спустя шесть месяцев после начала расследования было возбуждено уголовное дело в отношении самого Скуратова, который обвинялся в поступках, несовместимых с его должностью и званием. Дело в том, что в распоряжении ФСБ в марте 1999 г. оказались видеозаписи, на которых "человек, похожий" на Скуратова в абсолютно голом виде занимался любовью с двумя столь же голыми "девушками по вызову". В ночь с 1 на 2 апреля 1999 г. заместитель прокурора города Москвы возбудил в отношении Скуратова уголовное дело. Поспешность в возбуждении уголовного дела объяснялась просто - швейцарские следователи быстро продвигались в расследовании незаконной деятельности швейцарских фирм, осуществлявших работы по выполнению контрактов с Кремлем, и необходимо было как можно быстрее прекратить это расследование. Сделать это можно было лишь сменив генерального прокурора, отставку которого по закону должна была утвердить верхняя палата российского парламента - Совет Федерации. Процедура была сложная и долгая.
В отличие от российских коллег швейцарские следователи довели расследование до конца. Итогом его явился получивший широкий международный резонанс арест в США Павла Бородина, прибывшего туда на процедуру инаугурации президента Джоржа Буша, с последующей его экстрадицией в Швейцарию. В ходе следствия и судебного разбирательства была вскрыта коррупционная схема, используемая Бородиным и его швейцарскими подельниками. Бородин по решению швейцарского суда был оштрафован на примерно 375 тысяч долларов, но вины своей не признал и от уплаты наложенного на него штрафа отказался. Отказалась вносить штраф за Бородина и Россия. Деньги, являвшиеся залогом для освобождения Бородина из швейцарской тюрьмы, были внесены одним из его швейцарских партнеров. В конце концов дело закончилось фарсом.
Практически совпали по времени атаки на генерального прокурора Скуратова и свидетеля швейцарской прокуратуры Филиппа Туровера, информация которого использовалась швейцарскими и российскими следователями. После отставки Скуратова в отношении швейцарского подданного Туровера прокуратурой Москвы было возбуждено уголовное дело. Вот что пишет в своих воспоминаниях "Вариант дракона" Скуратов: "Туровер нам помог более чем ФСБ, МВД и СВР вместе взятые. Все показания его, увы, подтвердились. Не зафиксировано ни одного случая лжесвидетельства с его стороны. Наши спецслужбы, защищая "кремлевских", начали разрабатывать Туровера и дискредитировать его". Он обвинялся в обмане, подстрекательстве, даче взятки и краже. В связи с возбуждением уголовного дела Туровер был объявлен во всероссийский розыск, а затем и в розыск по линии Интерпола. Правда, обвинения российской стороны против Туровера не подтвердились и со временем дело было закрыто.
В операции по дискредитации и снятию Скуратова самая главная роль была отведена Путину. Именно его агенты сняли и оплатили квартиру, в которую приехал Скуратов для встречи с девушками. Именно его агенты произвели запись развлечений генерального прокурора. Именно в распоряжении Путина оказалась пленка, на которой "человек, похожий на генерального прокурора", как писала, в соответствии с законом российская пресса, не имевшая права утверждать, что на пленках запечатлен именно Скуратов, находился в компании двух проституток. И именно Путин публично озвучил требование президента Ельцина к Скуратову добровольно уйти в отставку во избежание скандала.
После отказа Скуратова запись сексуальных развлечений "человека, похожего на генпрокурора", была продемонстрирована по государственному телеканалу РТР. Видеозапись руководителю РТР Михаилу Швыдкову предоставил лично "человек, похожий на директора ФСБ" Путина. Несколько позже пленка была также продемонстрирована по каналу ОРТ в программе Сергея Доренко.
