4 июня, в ходе своей первой пресс-конференции в новой должности, Путин сообщил, что руководство страны будет уделять больше внимания региональной политике, контроль за выполнением президентских поручений, распоряжений и указов на местах усилится, однако не следует ожидать "закручивания гаек". Путин также рассказал о результатах своей деятельности на посту главы ГКУ - выявленных злоупотреблениях (в частности, в виде нецелевого использования бюджетных средств) и возбужденных уголовных делах. Так, Путин указал на нарушения, обнаруженные в финансовой деятельности компании "Росвооружение", и продолжающуюся проверку этой организации.
Проверка была вызвана прежде всего тем, что во главе этой организации стоял человек, поставленный Коржаковым, - Евгений Ананьев. Путин же задумал поставить руководителем этого третьего после нефти и газа лакомого куска российской экономики своего знакомого, офицера действующего резерва ФСБ. Эту шахматную партию Путин выиграл с блеском. Он добился увольнения Ананьева, реструктуризировал Росвооружение и поставил во главе новой организации своего сослуживца по разведке Андрея Бельянинова (первым заместителем Бельянинова стал Чемезов).
15 июля 1998 г. Путин был назначен вместо Сергея Шахрая главой Комиссии при президенте России по подготовке договоров о разграничении полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации. С тех пор ни один такой договор подписан не был.
25 июля 1998 г. указом президента Путин был назначен директором Федеральной службы безопасности России (ФСБ). Деятельность Путина в качестве директора ФСБ, подчинявшегося непосредственно президенту, отчасти координировалась премьер-министром. Премьер-министром в тот момент был Сергей Кириенко. Он представил нового руководителя аппарату ФСБ, охарактеризовав Путина как человека, имеющего опыт работы в спецслужбах и борьбы с экономической преступностью.
Путин в своем выступлении заметил, что возвращается в ФСБ как "в свой родной дом" и настроен на большую конструктивную работу. Тем не менее в книге "От первого лица" он вспоминал, что воспринял новое назначение без энтузиазма. Другой вопрос - насколько он тут откровенен.
Без энтузиазма отнеслись к назначению Путина и многие кадровые сотрудники ФСБ. Вскоре после назначения Путина правительство Кириенко, самое молодое за всю российскую историю, считавшееся прозападным и реформистски настроенным, было отправлено в отставку. Сменивший Кириенко Примаков, бывший первый заместитель председателя КГБ и директор Службы внешней разведки, был очевидным противником и Ельцина, и всего его окружения. Для генералитета ФСБ приход Примакова на пост премьер-министра означал если не свершившийся переворот, то по крайней мере его начало. Доставшийся в наследство от ушедшей эпохи Кириенко Путин всерьез не воспринимался. К тому же Путин был всего лишь подполковник. В военной организации, где к чинам относились серьезно, без улыбки или злобы нельзя было упоминать воинский ранг Путина.
Направление прошлой деятельности Путина в КГБ также было причиной для насмешек. Путин работал в ГДР, куда посылали троечников от разведки. Первый эшелон сотрудников направлялся, конечно же, в капиталистические страны, прежде всего в США и Западную Европу. Если бы к Путину как к специалисту в КГБ относились серьезно, он работал бы в Западной Германии, а не в Восточной.
Но именно потому, что центральным генералитетом ФСБ Путин не воспринимался как свой, он и был поставлен хитрыми царедворцами - Чубайсом и Юмашевым - во главе ФСБ. Дело в том, что предшественник Путина генерал ФСБ Николай Ковалев (союзник Лужкова и Примакова) был в ФСБ слишком своим и имел определенную политическую цель: захватить власть в России, как когда-то пытался сделать Коржаков. Только не для себя, а для идеологических противников Ельцина. Поскольку в России получение власти во многом связано с наличием денег, Ковалев попытался взять под свой контроль основные экономические структуры страны с помощью двух самых крупных в ФСБ экономических отделов: Управления экономической контрразведки (УЭК) и Управления контрразведывательного обеспечения стратегических объектов (УКРОСО). Это и стало основной причиной увольнения Ковалева и начала реформирования ФСБ, которое было поручено Путину. В окружении Ельцина посчитали, что Путин, дослужившийся всего лишь до подполковника в провинциальном восточногерманском городе Дрезден, должен быть обижен на систему и лоялен останется Кремлю, а не Лубянке.
