Руководитель главного контрольного управления
Как принято в российской бюрократической машине, Путина перевели с повышением. В марте 1997 г. Чубайс стал первым заместителем премьер-министра (место руководителя Администрации президента занял будущий зять Ельцина Валентин Юмашев). Поддерживавшие Путина Чубайс и Юмашев быстро сумели провести через президента новое назначение Путина. 25 марта 1997 г. Путин стал заместителем руководителя администрации президента и начальником Главного контрольного управления (ГКУ). На этом посту он сменил другого представителя "петербургской команды Чубайса", бывшего заместителя Собчака и старого знакомого Путина Алексея Кудрина, назначенного заместителем министра финансов. Собственно, именно Кудрин рекомендовал назначить вместо себя Путина, и так как Путина поддержали еще и Чубайс с Юмашевым, назначение на высокую должность прошло. В числе причин, по которым Юмашев одобрил кандидатуру Путина, называют преданность, продемонстрированную Путиным по отношению к бывшему начальнику - Собчаку, и отсутствие у Путина излишней политизированности.
Из тесного офиса на Варварке Путин перебрался на Старую Площадь, в роскошный кабинет, который некогда принадлежал председателю Комитета партийного контроля при ЦК КПСС члену советского политбюро Арвиду Пельше. Рассказывая о планах на новой должности, Путин сообщил о планируемых им проверках различных государственных структур, естественных монополий, вооруженных сил и военно-промышленного комплекса. Он рассчитывал выявить в этих структурах злоупотребления и, таким образом, улучшить ситуацию с государственным бюджетом. Путин подчеркнул, что деятельность ГКУ носит консультативный характер и сведения о выявленных правонарушениях будут передаваться в Генеральную прокуратуру, а сами проверки должны будут осуществляться в сотрудничестве с Генпрокуратурой и другими правоохранительными органами. Основным направлением работы ГКУ под руководством Путина была борьба с нецелевым использованием бюджетных средств в регионах страны и в федеральном центре. Первым документом, подписанным Путиным на посту руководителя ГКУ, было распоряжение о начале проверки именно в этой области.
На новой должности Путин активно собирает информацию о 89 субъектах Российской федерации, прежде всего о губернаторах. При Путине из недр ГКУ в Кремль стали поступать толковые сводки о положении дел в регионах. Участились и более жестко стали проводиться центром организованные ГКУ региональные проверки. Некоторые губернаторы справедливо предполагали, что Путин таким образом собирает на них компромат, что было не сложно. В региональных прокуратурах за ельцинские годы скопилось много незавершенных дел о коррупции местного руководства. Нецелевое использование бюджетных средств происходило повсеместно. Может быть, именно эти компрометирующие губернаторов материалы стали золотым ключиком к их сердцам: за год работы в ГКУ Путин ни с кем из губернаторов не разругался, со всеми нашел общий язык, даже со строптивым губернатором Красноярского края Александром Лебедем.
В мае 1998 г. в администрации Ельцина прошли крупные кадровые перестановки. 25 мая Путин был назначен заместителем руководителя администрации, ответственным за региональную политику. В отличие от своей предшественницы - старой соратницы Ельцина Виктории Митиной, - Путин получил должность первого заместителя главы администрации. Однако он не долго совмещал обе должности. 1 июня на посту руководителя ГКУ его сменил генерал-лейтенант госбезопасности Николай Патрушев, также выходец из Санкт-Петербурга, которого в Москву перетащил Путин. Он же рекомендовал назначить Патрушева своим преемником.
Отставку Митиной и назначение на ее место Путина связывали с желанием администрации установить жесткий контроль над региональным руководством (в частности, в свете подготовки к выборам 2000 г.), - Митина, по мнению наблюдателей, с этой задачей не справлялась. Ожидалось, что работа Путина, который, будучи директором ГКУ, установил контакты с руководителями регионов и освоил рычаги влияния на них, будет более эффективной.
