В том же году, несколько позже, название должности Путина было еще раз видоизменено: первый заместитель мэра Санкт-Петербурга - председатель КВС правительства Санкт-Петербурга (первыми заместителями мэра - председателями комитетов правительства стали также В. Яковлев, А. Кудрин и В. Малышев).
Если Санкт-Петербург Собчака сравнивать с Москвой, то должности Путина во второй столице формально соответствовала должность заместителя мэра Москвы Иосифа Орджоникидзе, а функции другого первого вице-мэра Санкт-Петербурга Владимира Яковлева примерно соответствовали должностным обязанностям в Москве Владимира Ресина, с той разницей, что в Москве был (вплоть до августа 2005 г.) еще и вице-мэр Валерий Шанцев, а в Санкт-Петербурге эти функции были поделены между Путиным и Яковлевым. Кроме того, в Москве мэр Юрий Лужков всегда вникал во все вопросы и плотно контролировал всех своих заместителей и помощников. Собчак же почти не вмешивался в повседневную деятельность своих заместителей, а из властных функций интересовался только представительскими. И хотя по мелочам Собчак иногда самодурствовал, он скорее царствовал, чем правил. К тому же иногда месяцами Собчак путешествовал за границей.
Фактически Санкт-Петербургом при Собчаке руководили два первых вице-мэра - Путин и Яковлев. Можно сказать, что они по-братски поделили между собой экономику города: Яковлеву досталось старое советское городское хозяйство, строительство, жилищно-коммунальный комплекс, транспорт, а Путину - новая капиталистическая экономика, приватизация, зарубежные инвестиции, совместные предприятия (СП). При этом Путин не стремился к видимой власти, предпочитая роль серого кардинала. Яковлев же с осторожностью (учитывая ревнивый характер Собчака), методично продвигал в городские народные массы собственный образ - деловитого "хозяйственника", "санкт-петербургского Юрия Лужкова", что и позволило Яковлеву весной 1996 г. неожиданно (для Собчака) выдвинуть свою кандидатуру на пост губернатора и выиграть у Собчака выборы. Третьим фактическим соправителем Санкт-Петербурга (много меньшим по значению) был городской министр финансов Кудрин.
В марте 1994 г. Путин был назначен руководителем Координационной группы по подготовке проекта реконструкции и расширения аэропорта "Пулково". В апреле был включен в наблюдательный совет Санкт-Петербургского банка реконструкции и развития (в наблюдательный совет вошли также Собчак и Яковлев). В марте-апреле Путину было поручено курировать от городской исполнительной власти избирательную кампанию по выборам городского Законодательного собрания (ЗС) и создание дружественного мэрии блока "Весь Петербург" во главе с бывшим руководителем КУГИ Сергеем Беляевым. Особого успеха блок "Весь Петербург" не имел, да и выборы в более чем половине округов весной 1994 г. не состоялись.
Осенью 1994 г. Путин курировал дополнительные выборы в Законодательное собрание, на которых около половины мандатов получили лояльные мэрии бизнесмены и политики центристской и умеренно-демократической ориентации (так называемый "Единый демократический список", в котором объединились кандидаты "Всего Петербурга", "Демократического единства Петербурга" и некоторые независимые). Второе место на выборах заняли "Коммунисты Ленинграда" (4 мандата), третье - "Любимый город" (3 мандата). В числе избранных от независимых оказался ставленник семьи Молчановых Сергей Миронов.
При поддержке группы независимых депутатов в Законодательном собрании города Путин добился в начале 1995 г. снятия фракцией "Любимый город" неприемлемой для мэрии кандидатуры контр-адмирала Вячеслава Щербакова и избрания спикером Собрания нейтрального Юрия Кравцова (от "Любимого города"), а заместителями спикера независимых депутатов Сергея Миронова и Виктора Новоселова.
В конце апреля 1995 г. премьер-министр Виктор Черномырдин поручил Собчаку создание в Санкт-Петербурге регионального отделения Всероссийского общественно-политического движения "Наш дом Россия" (НДР), проправительственной партии, создаваемой по указанию Ельцина. Было очевидно, что политической задачей партии будет поддержание кандидатуры Ельцина на президентских выборах 1996 г.
