Одним из первых своих распоряжений мэр Собчак создал 28 июня 1991 г. Комитет по внешним связям (КВС) мэрии и назначил его председателем Путина. С этого момента авторитет Путина действительно стал возрастать. Он оказался руководителем очень важного бюрократического учреждения.
В августе 1991 г. Путин сыграл определенную роль в непростых переговорах, которые Собчак тогда вел с руководством ленинградского КГБ, стремясь добиться (и добившись) нейтралитета КГБ в противостоянии демократических городских властей и ГКЧП. В ходе этих переговоров были оговорены гарантии для чекистов на случай победы демократов. После 21 августа главный ленинградский чекист и гэкачепист Анатолий Курков - "очень порядочный, кстати сказать, человек", по мнению Путина,>22 - не только не подвергся репрессиям, но продолжал занимать пост начальника КГБ по Ленинграду и Ленинградской области вплоть до конца ноября 1991 г., когда, уйдя в действующий резерв КГБ, переместился в сферу банковского бизнеса. На его место Собчак, не взирая на протесты бывших диссидентов, пролоббировал друга Путина Виктора Черкесова, про которого сам же говорил: "Черкесов на службе у тех, кому принадлежит власть. Речь идет о людях, для которых "законность" и "демократия" просто лишены смысла. Для них существуют лишь приказы, а законы и права являются для них препятствиями". Но так как Собчак считал, что КГБ контролирует город, он исходил из того, что без КГБ управлять нельзя.
С июня 1991 г. при каждой реорганизации органов власти Санкт-Петербурга роль и влияние Путина только возрастают. После ликвидации ГКЧП Путин подписывает заявление об отставке из КГБ, выходит из коммунистической партии, членом которой он, разумеется, был, и в звании подполковника переводится в действующий резерв КГБ. В конце 1991 г. его назначают заместителем мэра Санкт-Петербурга с сохранением за ним поста председателя КВС.
С 1992 г. во время частых поездок за границу Собчак стал оставлять вместо себя "на хозяйстве" именно Путина (который, правда, за границей тоже проводил очень много времени). Факсимиле с подписью Собчака находилось именно у Путина, и в отсутствие мэра он всегда принимает самостоятельные решения.>23 Путин даже рассказывал, что, уезжая, Собчак оставлял ему чистые листы со своей подписью.>24 При этом Путин максимально старался находиться в тени, оставляя все представительские функции Собчаку; избегал излишней саморекламы, редко выступал по телевидению и в прессе. Правда, имидж "серого кардинала" можно было объяснить и тем, что публичные выступления Путину всегда давались тяжело. Когда изредка Путину приходилось выступать перед Законодательным собранием Санкт-Петербурга, его речи с трибуны звучали кратко и жестко. Путин просто боялся говорить долго и прикрывал жесткостью отсутствие какого-либо ораторского мастерства. Собчак как-то рассказывал: "Пришел Путин с собрания, я его таким никогда не видел, почему-то весь синий и, кажется, на несколько килограммов похудел!"
Постепенно Путин замкнул на себя вопросы не только внешнеэкономической деятельности, но также многие другие важные направления политической и хозяйственной жизни города. В частности, он координировал работу всех силовых ведомств города, включая ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области, Управление административных органов, Управление гостиниц, Управление юстиции, Регистрационную палату, Управление по связям с общественностью (руководитель - Александр Беспалов). В итоге в мэрии сложилось неписаное правило - все ключевые решения должны были пройти экспертизу Путина. И Собчак большое значение придавал тому, чтобы проекты его распоряжений и постановлений были отмечены резолюцией его заместителя. Путину была поручена также комиссия мэрии по оперативным вопросам. Депутаты, присутствовавшие на заседаниях городского правительства, когда на них председательствовал Путин, отмечали, что, в отличие от Собчака, Путин вел заседания "по-деловому и эффективно".
16 марта 1994 г. Собчак в ходе очередной реорганизации учредил в Санкт-Петербурге городское правительство, став его председателем. Первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга, заместителем мэра по международным и внешнеэкономическим связям и председателем КВС был утвержден Путин. Было создано несколько позиций первых вице-премьеров. Первыми вице-премьерами кроме Путина стали будущий мэр Санкт-Петербурга Владимир Яковлев (председатель Комитета мэрии по городскому хозяйству) и будущий министр в правительстве президента Путина Алексей Кудрин (председатель Комитета по экономике и финансам). Вице-премьерами стали Валерий Малышев (руководитель аппарата правительства), Виталий Мутко (председатель Комитета мэрии по социальным вопросам), Михаил Маневич (председатель Комитета по управлению городским имуществом - КУГИ) и Олег Харченко (председатель Комитета градостроительства и архитектуры - КГА).
