Однако в ноябре 1999 г. Куйбышевский районный суд Санкт-Петербурга принял решение об изменении меры пресечения Шутова на подписку о невыезде и постановил выпустить Шутова из тюрьмы. Шутова освободили прямо в судебном зале, но уже через несколько минут туда ворвались вооруженные люди в масках. Началась потасовка, во время которой пострадали несколько человек, в том числе оператор телекомпании, которому сломали руку, и сам Шутов, получивший несколько ударов прикладами и кулаками по голове, потерявший сознание. По словам Шутова, избиение продолжалось затем и в здании городской прокуратуры, куда его привезли люди в масках. Шутов в результате побоев наполовину оглох и ослеп на один глаз. Независимых врачей в прокуратуру не пускали, а государственная медэкспертиза приняла решение о том, что подсудимый абсолютно здоров. Правда, врачи "скорой помощи", которую вызвали на судебное заседание, организованное по жалобе адвокатов Шутова, через несколько дней дали справку о необходимости немедленной госпитализации Шутова. Но вместо этого Шутова снова отправили в питерский следственный изолятор, а через некоторое время перевели в Выборгскую тюрьму.
Первоначально даже не было ясно, кто являлся организатором похищения Шутова из зала суда. Впоследствии ответственность за эти действия взяла на себя городская санкт-петербургская прокуратура. Ворвавшийся в суд отряд милиции особого назначения (ОМОН) был прислан для этой операции из Москвы.
Правозащитники-демократы в "деле Шутова" придерживались вялой и нерешительной позиции, поскольку антилиберальные и антизападнические взгляды Шутова были несомненны, а его связи с криминальным миром вероятны. Несмотря на судебное оправдание Шутова и последующее постановление Верховного Суда России о незаконности его дальнейшего содержания под стражей
[40], несмотря на переизбрание Шутова в 2002 г. в городской парламент, личный враг Путина 7 (семь) лет мыкался по следственным тюрьмам без судебного приговора, а в феврале 2006 г. был наконец приговорен к пожизненному заключению за организацию ряда заказных убийств бизнесменов (обвинения в убийствах Маневича и Старовойтовой были с него сняты).
Кто убил Маневича и Старовойтову так и осталось невыясненным. Но вот что интересно. Старовойтову убили в подъезде дома, как Политковскую. Убийство Маневича было совершено в высшей степени профессионально. Убийца стрелял с крыши многоэтажного дома из оптической винтовки по притормозившей на светофоре машине, через крышу машины. Жена Маневича в момент убийства находилась с мужем в машине, но не пострадала. Оперативники отрабатывали разные версии. Выяснили подробности знакомства Маневича со своей будущей женой. Некий сотрудник ФСБ предложил девушке-курьеру поехать поездом в Москву и передать запечатанный пакет на Ленинградском вокзале мужчине, который ее встретит. В купе к девушке подсел молодой человеком по имени Михаил, всю ночь они проговорили, обменялись телефонами. В Москве на перроне девушку действительно встретил мужчина, взял пакет, и, отойдя на некоторое расстояние и считая, что его уже не видят, не распечатывая, выбросил пакет в урну.
Молодым человеком в купе был Михаил Маневич. Девушкой - его будущая жена. Неким сотрудником ФСБ - Владимир Путин. Кто был чьим "агентом", а кто "объектом" - остается только догадываться.
В феврале 2007 г. министром обороны России стал Анатолий Сердюков. 16 февраля в интервью радио "Свобода" Владимир Прибыловский высказал по этому поводу свое мнение:
"Конечно, самая смешная и самая удивительная новация - это назначение на пост министра обороны бывшего крупного торговца мебелью. Между прочим, классического олигарха, поскольку олигархия - это на самом деле политическая власть богатого меньшинства. Так вот, господин Сердюков - он такой классический олигарх: миллионер, а теперь еще и министр обороны. По поводу этого назначения можно только гадать. […] Ну, например, если не самого Сердюкова готовят на пост преемника, а, например, Сердюков женат на дочери руководителя Федеральной службы по финансовому мониторингу Зубкова. Может быть, Зубкова, человека, довольно близкого к Путину, хотят сделать преемником?