В работе над книгой Шутову помогал профессиональный журналист Марк Григорьев, некогда автор статьи в "Огоньке" о "поджоге" Смольного, сильно способствовавшей реабилитации Шутова. Офис Шутова находился в гостинице "Ленинград". Там же Шутов снял номер для своего соавтора, и два писателя мирно дописывали книгу, которая Собчака порадовать, конечно же, не могла.
В феврале 1991 г. в гостинице случился пожар, во время которого Марк Григорьев погиб. Шутова это не остановило, и он с упрямством продолжал начатую работу. Каким-то образом в его распоряжении оказалась запись легкомысленного разговора Собчака с резидентом французской разведки в России. Собчак попросил Путина вмешаться и предотвратить публикацию разговора. И Путин силами ленинградского регионального управления по борьбе с организованной преступностью (РУБОП) организовал в квартире Шутова обыск и изъятие кассеты.
Обыск проводили неофициально и незаконно. В ночь на 6 октября 1991 г., войдя в собственную квартиру, Шутов застал там грабителей, которые, убегая, проломили ему голову молотком. Когда через несколько месяцев, в марте 1992 г., к Шутову пришли с официальным обыском и предписанием об аресте (за подготовку покушения на азербайджанского президента Абульфаза Эльчи-бея, что звучало столь же правдоподобно, как прежнее обвинение в подготовке поджога Смольного), Шутов узнал в производившем обыск Дмитрии Милине одного из грабителей, проломивших ему голову. Вторым "грабителем" оказался коллега Милина Дмитрий Шаханов. Оба являлись руководителями санкт-петербургского РУБОПа. Просидев полтора года под следствием, Шутов сначала был освобожден под подписку о невыезде; затем, в 1996 г., полностью оправдан решением Выборгского районного суда Санкт-Петербурга.
В двух первых антисобчаковских памфлетах Шутова (впервые изданных, соответственно, в 1992 и 1993 гг.) мстительный Шутов ни разу не упоминал Путина. Но в 1998 г. Шутов стал депутатом санкт-петербургского Законодательного собрания и всерьез поверил в депутатскую неприкосновенность, которую имел по статусу. Через спонсированную Шутовым газету "Новый Петербург", в которой он лично вел рубрику "Вся королевская рать", Шутов запустил слух о том, что новый директор ФСБ Владимир Путин в бытность свою офицером разведки был отозван из ГДР чуть ли не за измену Родине: "За время почти пятилетней службы в ГДР капитан госбезопасности Путин ощутимых результатов не добился. Однако был замечен в несанкционированном контакте с представителем агентурной сети противника. После чего немедленно отправлен в Союз, куда отбыл на купленной в ГДР подержанной автомашине ГАЗ-24 "Волга" с тремя коврами немецкого производства"
[38].
В той же статье Шутов предложил свою версию отношений куратора ЛГУ от КГБ Путина с преподавателем юридического факультета ЛГУ Собчака. Якобы Собчак был внештатным агентом-осведомителем Путина, который был "обязан собирать требуемую его службе информацию, работать с внутриуниверситетской агентурой и вербовать новых осведомителей… в сетку интересов госбезопасности угодил преподаватель Собчак", который "охотно информировал помощника проректора Путина по всему спектру интересовавших его вопросов. Папочка с оригинальными рукописными донесениями этого информатора, называемая на канцелярском языке КГБ "Рабочее дело агента", впоследствии, в 1990 г., оказалось очень весомым аргументом при поступлении Путина на работу в качестве советника председателя Ленсовета Собчака"
[39].
Правду ли писал Шутов или нет, общественность Санкт-Петербурга так никогда и не узнала. Но не прошло и двух месяцев со дня скандальной публикации "Нового Петербурга", как последовала ответная месть со стороны теперь уже директора ФСБ Путина. В феврале 1999 г. судебным решением депутатская неприкосновенность с Шутова была снята, а сам он был арестован по подозрению в организации ряда тяжких преступлений, включая убийство в Санкт-Петербурге в 1997 г. видного городского чиновника Михаила Маневича и в 1998 г. видного демократического политического деятеля Галины Старовойтовой. В борьбе против Шутова был использован даже известный официальный тележурналист Михаил Леонтьев, по заказу Путина выступивший на первом канале российского телевидения с передачей, требующей покарать "бандита-отморозка".
