Но если подавляющее большинство людей, в том числе победители, пришли к выводу, что гражданская война ничего не решила, а только способствовала смене власти, то меньшинство, не принимая настоящего положения вещей, было убеждено в том, что необходима более радикальная смена политических институтов. Ведь Бог подверг народ всем этим испытаниям и страданиям во имя высшей цели. Признать бесполезность борьбы, вернуть короля на престол на условиях, которые он принял бы и в 1642 г., означало бы предать Бога и тех, кто погиб и пострадал ради него. Снова причины, поднявшие людей на борьбу, носили религиозный характер. Подобные взгляды были распространены в Лондоне, где действовало много церквей и где экономический кризис давал знать о себе особенно жестко, а также в армии, с ее памятью о страданиях и радостях, где многие солдаты в пылу битвы ощущали в себе присутствие Бога. К тому же нищий Парламент, догадываясь о последствиях, к которым приведут дополнительные налоги, весной 1647 г. вызвал недовольство в рядах армии, попытавшись распустить большую часть вооруженных сил, а остальных послать в Ирландию, при этом не выплатив им задолженность, тянувшуюся с конца войны. Летом 1647 г., а затем осенью 1648 г. большинство в обеих палатах, не найдя другого выхода, согласилось пойти на переговоры с королем, который, в свою очередь, прежде всего на это и рассчитывал.
В обоих случаях армия спасла Парламент от поражения. В августе 1647 г. войска вошли в Лондон, вышвырнули главных «подстрекателей» из Палаты общин и нагнали на остальных страху, чтобы те проголосовали за выплату жалованья и других материальных благ, которые, как они верили, им полагались. Тем самым они отвергли предложение радикальной группировки, основанной в Лондоне и известной как «левеллеры», распустить Долгий парламент, объявить, что все находившиеся у власти не оправдали доверия народа и не могут дальше управлять государством, и провозгласить новую демократическую конституцию. Левеллеры призывали всех свободных англичан подписать «Народное соглашение» и совместно править децентрализованным демократическим государством. Все, кто занимал официальные посты, должны были пойти на этот шаг и отвечать за него перед своими избирателями. Многие права, прежде всего свобода исповедания той формы христианства, которую каждый для себя выбирает, не должны нарушаться никаким парламентом или правительством. Как военных, так и гражданских людей привлекали идеи левеллеров о свободе вероисповедания, их осуждение коррупции, тирании Долгого парламента; офицеры и «агитаторы», избранные из рядовых и сержантов, обсуждали предложения прежде всего на дебатах в Патни, происходивших в церкви этого города и около нее в ноябре 1647 г. Но в результате подавляющее большинство из них пришло к выводу, что политика левеллеров не может удовлетворить насущные требования армии. Вместо этого последняя стала оказывать давление на очищенный Парламент, чтобы тот использовал свои неограниченные полномочия для выполнения их требований.
Итогом стала вторая гражданская война, выразившая протест удаленных районов против централизации и военного господства. Умеренные парламентарии, лидеры графств поднялись против возобновленного угнетения; их возмущение поддержали бывшие роялисты. Наиболее жестокие бои второй гражданской войны происходили в районах, почти не затронутых первой гражданской войной и недостаточно наученных прошлым опытом: в Кенте, Восточной Англии, Южном Уэльсе, Западном и Северном Райдинге. Положение еще более осложнилось попыткой заключения союза короля с шотландцами, которые были недовольны тем, что Парламент не подтвердил соглашение о создании единой Церкви, и настроены, несмотря ни на что, доверять лживым обещаниям Карла. Если бы восстания были согласованы или по крайней мере происходили одновременно, они могли бы быть удачными. Но они произошли одно за другим и одно за другим были подавлены армией. Поражением шотландцев в августе в Престоне вторая гражданская война закончилась.
Она тоже не решила никаких проблем. По-прежнему страна взывала к миру и соглашению, по-прежнему армия требовала выплаты жалованья, по-прежнему король увиливал и давал пустые обещания. Так же как и в 1647 г., обе палаты видели всю тщетность своих усилий. В начале декабря у них было только два пути: сдаться королю и пригласить его на трон на его условиях, чтобы восстановить порядок и мир; или свергнуть его окончательно и решиться на смелую авантюру, отправившись в неизвестные и не отмеченные на картах конституционные моря. Явное большинство в обеих палатах, равно как и во всей стране, склонялось к первому; меньшинство же, под предводительством командиров армии, предпочитало последнее. Второй раз армия провела чистку Парламента. В ходе так называемой Прайдовой чистки больше половины членов Палаты общин были арестованы или оставили свои должности. Две трети оставшихся бойкотировали буйную Палату. В последовавших затем революционных неделях участвовало менее шестой части членов Парламента, а многие из тех, кто присутствовал, делали это только для того, чтобы смягчить последствия. Решение предать короля суду не поддержал практически никто из тех, кто объявил ему войну в 1642 г.