Разногласия между депутатами «охвостья» и военачальниками неумолимо привели к кризису, который в 1647–1648 гг., последние старались проигнорировать. Опасаясь, что в результате свободных выборов образуется правое большинство, Кромвель решил созвать «собрание святых» — правомочное собрание из 140 человек, тщательно отобранных из тех, кто оставался верным благому делу, кто посвящал себя служению божественной цели и чья задача заключалась в том, чтобы создать программу духовного восстановления и политического образования, которое помогло бы людям постичь слово Божье. Вера Кромвеля в то, что 140 человек могут построить праведное общество, была благородной, но наивной. Эти 140 фанатиков Назначенного, или Бербонского, парламента, лишенные лидеров и координации, ссорились в течение пяти месяцев, а затем значительным большинством отдали свою власть обратно в руки лорда-генерала. Искренние попытки Кромвеля уговорить их остаться у власти успехом не увенчались. Одна армия поддерживала республику, могла создавать и упразднять правительство. За управление государством приходилось отвечать армии.
С декабря 1653 г. до своей смерти в сентябре 1658 г. Оливер Кромвель правил Англией в качестве лорда-протектора и главы государства. Согласно двум указам — «Орудие управления» (1653–1657, издан Военным советом) и «Смиренная петиция и совет» (1657–1658, принят Парламентом), Кромвель как глава исполнительной власти должен был управлять государством с помощью Государственного совета. Он был обязан регулярно созывать Парламент. Кромвель находил свое положение сходным с положением Моисея, который вел евреев в Землю обетованную. Английский народ находился в рабстве на египетской земле (монархия Стюартов); люди бежали и перешли Красное море (казнь короля); теперь они пробивались через пустыню (постоянные беды), шли, ведомые столпом огненным (Божественное провидение, которое проявилось в блестящих победах их армии, одержанных с 1656 г. в успешной войне против Испании). Эти люди, так же как и евреи, были непокорными и нетерпеливыми. Иногда их приходилось подгонять к земле обетованной, как в 1655–1656 гг., когда Кромвель ужаснулся равнодушию людей во время неудачного восстания роялистов (участвовало небольшое количество последних, но многие отнеслись к этому событию с сочувствием, и войска не торопились погасить пламя восстания). Затем он установил систему управления, при которой каждый район подчинялся старшему военному командиру. Эти «генерал-майоры» отвечали за безопасность, но могли вмешиваться в каждый аспект местного самоуправления и проводить «реформу нравов». Кромвель пытался вывести нацию в землю обетованную с помощью политики «залечивания ран и успокоения», преуменьшая значение силы меча и стараясь расширить доступ к управлению страной и разделить власть с местными магистратами и Парламентом.
Если бы Кромвель довольствовался согласием и минимальным уровнем политического одобрения, он мог бы обеспечить себе спокойное и долгое правление. Но он жаждал для нации, со всей убежденностью и рвением, большего отклика в Божьих делах, большей воли к повиновению Его повелениям. Кромвель был ортодоксальным кальвинистом, веря в то, что долгом Божьего избранника является возбуждать во всех людях любовь к Богу и почитание Его, веря в то, что Божественное провидение укажет его народу путь вперед. Необычной была его вера в то, что в этом падшем мире избранные люди рассеяны по церквям. Терпимость Кромвель считал верным способом покончить с возрождением единства Божьего слова и правды. Этот религиозный радикализм сочетался с социальным консерватизмом. Иерархическая структура общества является естественной и правильной, недостатки и несправедливости не свойственны ей, они лишь следствие греха. Изменению подлежало не общество, а поведение человека в нем.
Казнив Карла, Кромвель лишил себя возможности оправдаться собственным прошлым политическим авторитетом; признавая, что воля тех, кто имел право голоса, может вернуть короля, и тем самым отказываясь основывать свою власть на согласии, Кромвель лишал себя доводов в настоящем. Оправдание его поступков становилось делом будущего и держалось на вере в то, что он исполнял волю Бога. Но именно по причине своей веры в эту миссию он непреклонно отрицал гражданские и установленные законом свободы. Чтобы прийти в будущее, обещанное Богом, Кромвель правил страной по своему усмотрению. Случалось, он заключал людей в тюрьму без суда. Когда торговец Джордж Кони отказался платить незаконную таможенную пошлину, Кромвель заключил его и его адвоката под арест, чтобы дело не дошло до суда. Если Парламент отказывал ему в необходимом финансовом обеспечении, он устанавливал новые налоги собственными декретами. Когда люди не ответили на его призыв к духовному возрождению, он создал институт генерал-майоров для проведения работы в этом направлении. Тем не менее мы сталкиваемся с примечательным парадоксом. Кромвеля, цареубийцу, вынужденного главу государства, визионера, второй Парламент просил стать королем Оливером. Ему предложили корону. По иронии судьбы ему сделали это предложение, чтобы ограничить его власть, связать традициями и силой закона. Но поскольку такие ограничения мешали выполнению стоявшей перед ним задачи, поскольку Божественное провидение не предписывало ему восстановить должность, которую Господь упразднил, он отказался от трона.