Поначалу, однако, главным было религиозное урегулирование. Попытки герцога Нортумберлендского и Марии уладить дестабилизацию 1547–1549 гг. явно противоречили друг другу. Отсюда и коронационный девиз Елизаветы: «согласие». Ее личные убеждения ускользают от понимания, однако королева, возможно, изначально стремилась возродить религиозное законодательство Генриха VIII, восстановить королевскую супрематию, порвать с Римом и разрешить причастие в обеих разновидностях (хлебом и вином), как это делали протестанты, — но не более того. Если так, то Елизавета оказалась игрушкой в руках своего главного советника, Уильяма Сесила, только один раз за все правление. Когда в январе 1559 г. собрался Парламент, Сесил представил на его рассмотрение билли о восстановлении королевской супрематии и полного протестантского богослужения на основе «Книги общих молитв» 1552 г. А когда эти документы столкнулись с оппозицией епископов, назначенных Марией, и консервативных пэров, он устроил западню для католиков. В Вестминстерском аббатстве начался диспут (31 марта), предмет которого был ограничен спором о том, что оправдывается одним лишь Писанием. Когда католики отказались от участия в диспуте, Сесил праздновал пропагандистскую победу: двух епископов даже арестовали. Правда, Елизавета была названа «верховной правительницей» (supreme governor) английской церкви, чтобы свести к минимуму воздействие супрематии. Но когда, наконец, были приняты статуты о супрематии и единообразии, то это произошло без согласия кого-либо из представителей духовенства, что само по себе стало вехой в конституционной истории. Католические апологеты кричали об «обмане», обвиняя Сесила в том, что он принудил парламентариев «отчасти силой, отчасти страхом». Другой статут вернул Короне те из бывших монастырских земель, которые Мария в ущерб себе передала для восстановления Церкви, а последний из принятых актов укреплял владения Короны за счет епископских земель. Елизаветинские религиозные Уложения были завершены в 1563 г., когда конвокация одобрила Тридцать Девять статей, определив вероучение Англиканской церкви, — они основывались на сорока двух статьях, разработанных Кранмером в правление Эдуарда VI. Наконец, в 1571 г. Уложения усилились еще более, чем это обеспечивал Акт о единообразии когда статут о подписях потребовал от клириков, имеющих бенефиции, признать Тридцать Девять статей.
В конечном счете Англиканская церковь стала столпом елизаветинского государства. Несмотря на все недостатки, структура, которую Джон Джуэл защищал в своей «Апологии английской церкви» (1562), и которой «рассудительный» Ричард Хукер в «Законах церковной политики» (1594–1600) придал рациональность и достоверность, т. е. «Церковь, основанная законом» спасла Англию от религиозных войн, раздиравших в то время другие страны Европы, в частности Францию. Но хотя Уложения означали, что в 1559 г. Англия официально стала протестантской, предстояло еще приложить огромные усилия миссионеров, чтобы завоевать сердца и умы прихожан (особенно в отдаленных графствах и пограничных землях). За пределами Лондона, Юго-Востока, районов Восточной Англии и таких городов, как Бристоль, Ковентри, Колчестер и Ипсвич, на момент восшествия Елизаветы на престол доминировал католицизм: епископы и большинство приходских священников были назначены при Марии, а убежденных протестантов было мало. Елизавета и Сесил унаследовали все негативные и деструктивные элементы антипапской политики Генриха и протестантизма Эдуарда, они не имели адекватных ресурсов для создания Англиканской церкви, хотя было бы неправильно рассматривать их задачу исключительно в конфессиональных рамках. Ведь на той стадии сказывалась сильная инерция тех, кто видел Церковь как богатую корпорацию, которую нужно было лишить доходов, или же как общественно-политический институт, чьи лидеры были местными правителями и чьи праздники характеризовали календарь общины. Вдобавок протестантизм с его вниманием к «благочестивой» проповеди и изучению Библии представлялся ученым вероучением, непривлекательным для неграмотных крестьян, привыкших к устной традиции и символическому ритуализму средневековой Англии.
