Тем временем английская Реформация достигла ключевого момента в своем развитии. После казни Томаса Кромвеля Генрих VIII сам управлял английской церковью: его консерватизм в вопросах вероучения оставался неизменным до конца. Однако герцог Сомерсетский стал протектором как лидер протестантской фракции в Тайном совете, а юный Эдуард VI — в 1547 г. ему было девять лет — таинственным образом также превратился в скороспелого протестантского фанатика. В июле 1547 г. герцог переиздал эразмианские по духу предписания Кромвеля духовенству, за которыми последовала «Книга гомилий», или образцы проповедей, излагавших основы протестантского учения. Четыре месяца спустя он созвал Парламент, и законы Генриха, касавшиеся вероучения, были отменены. Тогда же были запрещены [заупокойные] часовни. Их строили для того, чтобы служить в них мессы по душам их основателей; существование часовен укрепляло веру в чистилище и пользу заупокойных месс, что протестанты отвергали. Таким образом, герцог Сомерсетский оправдывал запрет часовен религиозными мотивами, но совершенно очевидно, что гораздо больше его интересовала их собственность, с помощью которой можно было финансировать его шотландские амбиции. Затем Тайный совет отправил письмо архиепископу Кранмеру, приказывая убрать все иконы из мест богослужения, так как «иконы не являются необходимыми предметами, и без них церкви Христа благочестиво существовали долгие годы». Гробницы святых вместе с находившимися там драгоценностями и утварью тоже были должным образом конфискованы Короной; статуи и фрески, украшавшие английские приходские церкви, были изуродованы или замазаны белой краской. В 1538 г. Генрих VIII запретил существование гробниц святых, являвшихся центрами паломничеств, в частности св. Томаса Бекета в Кентербери. Как протектор герцог Сомерсетский завершил уже начатый процесс разрушения, удостоверившись, что английская живопись, скульптура, работа по металлу и шитье, связанные с католическим культом, были полностью уничтожены.
Всегда существовала угроза, что протестантская реформа зайдет слишком далеко: главным побудительным мотивом восставших в Корнуолле в 1549 г. было их неприятие первой, ранней «Книги общих молитв» Кранмера. Система лицензирования проповедников перестала работать к сентябрю 1548 г., и герцог Сомерсетский был вынужден временно запретить деятельность всех проповедников, лицензированных или нет, заменив ее чтением официально одобренных гомилий. Протектор, со своей стороны, обещал «окончание всех споров о религии» и «единообразный порядок»; Кранмер также стремился к этому идеалу. Он писал Альберту Харденбергу, главе Реформатской церкви в Бремене:
«Мы желаем насадить в наших церквах истинное учение Бога и никогда не стремились быть изменчивыми и колеблющимися или выражаться двусмысленно, но, напротив, оставив все телесные побуждения, стремимся передать потомству истинную и очевидную форму учения, согласную с правилами Писания. Так что можно будет дать всем народам свидетельство нашего учения, распространенного властью ученых и благочестивых мужей, и все потомство будет иметь пример, которому надлежит следовать. С целью приведения этого важного плана в исполнение мы сочли необходимым искать помощи ученых мужей, которые, сопоставив свои мнения с нашими, покончат со спорами о вероучении и определят весь порядок истинного учения».
Среди протестантских богословов, ответивших на призыв Кранмера, были Джон Нокс из Шотландии, Мартин Буцер из Страсбурга, Ян Лаский из Польши, Петр Мартир Вермильи из Италии и Бернардино Окино, бывший генерал ордена капуцинов, который произвел сенсацию своим обращением в протестантизм в начале 40-х годов XVI в.
Однако протестанты были еще меньше способны достичь согласия, чем католики. Джон Нокс, которому герцог Нортумберлендский неразумно предложил епископство Рочестерское (к счастью, Нокс отказался), оказался главным препятствием; он наслаждался кризисом. Кранмер вскоре понял, что единства можно достичь за счет единообразия, — это был основной урок английской Реформации. Соответственно два издания его «Книги общих молитв» (1549, 1552), воплощавшей чистое учение, основанное на Писании, к чему архиепископ стремился с 1537 г., не просто должны были быть одобрены Парламентом; их применение обязывалось статутами о единообразии. Преимущества, с точки зрения Кранмера, заключались в том, что «Книга общих молитв» была издана по-английски, а второе издание было недвусмысленно протестантским. Недостаток состоял в том, что эти молитвенники были изданы как приложение к статутам о единообразии, так что теперь учение и церемонии английской церкви определялись властью Парламента, а не отдельным законодательным актом ее верховного главы. Эта конституционная поправка знаменовала окончательный триумф мирян над Церковью в эпоху Тюдоров, ведь Елизавета I, разрабатывая религиозные установления 1558–1559 гг., взяла за образец именно молитвенники Кранмера.