В апреле 1558 г. Мария Стюарт вышла замуж за дофина, а семь месяцев спустя шотландский парламент согласился предложить ему брачную корону в обмен на поддержку шотландской Реформации. Смерть Марии Тюдор развязала новую французскую интервенцию в Шотландии; имели место незначительные столкновения, заслоненные полнокровной протестантской революцией. Когда Джон Нокс вернулся из ссылки в Женеве и в мае 1559 г. начал проповедовать, он поджег бикфордов шнур давно готовившегося взрыва. Муж Марии Стюарт унаследовал французский престол под именем Франциска II в июле 1559 г., но, когда в декабре 1560 г. он умер, шотландская королева была вынуждена вернуться в Эдинбург – она оказалась там к началу августа 1561 г. К тому моменту Елизавета и Сесил вмешались на стороне Нокса: шотландская Реформация стала орудием вытеснения континентального влияния с Британских островов и утверждения гегемонии, к которой стремился Генрих VIII.
Тем временем Елизавета отказывалась выйти замуж или назвать имя своего наследника. Ее упрямство доводило Сесила и Тайный совет до исступления. Сторонники Марии Стюарт, напротив, надеялись, что она унаследует Елизавете в результате католического заговора. Ведь бабушкой Марии была Маргарита, сестра Генриха VIII. Но Мария допустила ошибки в Шотландии; она настроила против себя как друзей, так и врагов, проиграла сражение при Ленгсайде и в мае 1568 г. бежала в Англию. Елизавета, по сути, отправила ее в тюрьму. Последовала целая серия интриг, в которых амбиции католиков, папства и происпанской группы угрожающе соединились с чаяниями фракций противников Сесила при Дворе. Однако Северное восстание 1569 г., возглавленное разочарованными католиками, графами Нортумберлендским и Уэстморлендским, началось несвоевременно и было легко подавлено. К 1572 г. Елизавета и Сесил прошли второе важное испытание, была сохранена стабильность, а Сесил получил титул лорда Берли.
Северное восстание и заключение Марии Стюарт в тюрьму ознаменовало начало новой фазы в тюдоровской политике. По всей Европе мнения поляризовались по религиозным принципам: возвеличивалась роль Англии как защитника протестантов. Отношения с Испанией ухудшились, после того как Сесил захватил корабли Филиппа II, перевозившие сокровища, по пути в Нидерланды (декабрь 1568 г.). Затем папа Пий V издал буллу Regnans in Excelsis (февраль 1510 г.), где провозгласил Елизавету отлученной от Церкви и призвал верных католиков сместить ее. Потом, в 1572 г., произошла резня протестантов в Париже в день Св. Варфоломея, и началось открытое восстание в Нидерландах – оба эти события воспламенили сознание протестантов и побудили англичан добровольно оказывать помощь Нидерландам. Наконец, entente (соглашение) Елизаветы с Францией как противовес Испании, дважды достигавшее стадии переговоров о браке, Филипп II рассматривал как враждебное по отношению к себе. Мнение членов Тайного совета об этих предметах разделилось. Но различия были не между про- и антииспанской политикой, а между realpolitik и религией. За немногими исключениями, члены Тайного совета объединились против Испании и были убежденными сторонниками дела европейских протестантов. В частности, Берли, граф Суссекский, Лестер и Уолсингэм были согласны относительно общих целей протестантской внешней политики в 70-х и 80-х годах XVI в. Различия между ними касались лишь того, насколько Англия должна быть вовлечена в военные действия. Лестер и Уолсингэм стремились к прямому английскому вмешательству в Нидерландах, но королева и Берли были непреклонны: одна Англия не в состоянии выдержать войну с Испанией.
Однако, когда в 1585 г. война началась, Англия оказалась изолированной. После 1572 г. Елизавета помогала Франции против Испании в Нидерландах, пытаясь примирить конфликтующие политические, торговые и религиозные интересы с минимальными потерями. Она поддерживала Франсуа, герцога Анжуйского, своего наиболее вероятного жениха, брата и наследника Генриха III Французского. Но в июне 1584 г. герцог Анжуйский умер, так и не сумев остановить продвижение испанцев в Нидерландах. А поскольку протестант Генрих Наваррский теперь стал наследником французского престола, во Франции возобновились религиозные войны: придворная партия Гизов вступила в союз с Испанией (секретный договор в Жуанвилле, декабрь 1584 г.). Так что Франция была разделена, а Филипп II процветал. Он аннексировал Португалию (1580) и Азорские острова (1582-1583): его флот превышал флоты Нидерландов и Англии вместе взятые. В этот момент маркиз де Санта-Крус предложил «вторжение в Англию» – Армаду – для свержения Елизаветы. Наблюдатели расходились лишь в мнениях о том, Нидерланды или Англия будут подчинены первыми.
