Упадок католичества в приходах в правление Елизаветы отчасти объяснялся внутренними изменениями, а отчасти успехам убежденных протестантов в продвижении конкурирующего евангелического продукта. Одно из динамических изменений обусловливалось фактором смертности. Ведь постреформационное католическое сообщество в Англии было всем обязано сохранению традиций времени Генриха и Марии и относительно немногим – миссионерской деятельности священников-семинаристов и иезуитов после 1570 г. Более 225 священников, поставленных на приходы при Марии, которые рассматривали себя как католиков и отделялись от Англиканской церкви, активно действовали в Йоркшире и Ланкашире до 1517 г. при поддержке пятой колонны внутри официальной Церкви, все еще пропагандировавшей в пользу Рима. Однако к 1590 г. в живых оставалась едва ли четверть священников эпохи Марии, а к 1603 г. – не более дюжины. Важно не забывать, в каких условиях приходилось работать католикам. Карательные законы становились все более жестокими по мере усиления страхов перед испанским вторжением. В 1584-1585 гг. Парламент постановил, что если священник был рукоположен властью папы после 1559 г., то не требовалось никаких других доказательств, чтобы осудить его за измену. Более того, 123 из 146 священников, казненных после принятия этого акта и до смерти Елизаветы, были осуждены именно на его основании, а не по более ранним законам о государственной измене. Однако именно подъем англиканства, а не угроза преследований успешно свел католичество к статусу меньшинства. Протестантский евангелизм по большей части основывался на проповеди, хотя личные взгляды Елизаветы и отсутствие ресурсов препятствовали разработке масштабной правительственной программы распространения протестантских проповедников. Успехи зачастую объяснялись добровольными усилиями пуритан. Ведь если при Генрихе VIII и Эдуарде VI реформационные импульсы исходили по большей части от правительства, то при Елизавете, напротив, «перводвигатель» протестантского евангелизма находился внизу.
Оскорбительное слово «пуританин» использовалось для обозначения природы и набора мнений, которые консерваторы не одобряли. Оно означало «церковный мятежник» или «горячий» протестант; однако суть пуританизма заключалась в способности «благочестивых» протестантов узнавать друг друга в испорченном и погрязшем в грехе мире. Люди, преданные идее (многие из них изгнанники времен Марии), пуритане стремились устранить порчу и «папистские ритуалы» из Церкви (знак креста при крещении, преклонение колен перед принятием причастия, ношение риз и стихарей, использование органа и т.п.), но Елизавета постоянно отказывалась изменить даже детали установлений. Самое большее, на что она готова была пойти, так это направлять петиции, которые она одобряла, епископам. На деле же, когда пасторы-пуритане переходили грань, от них требовали строгого следования предписанным правилам. «Объявления» архиепископа Паркера (1566), выпущенные в ответ на споры об облачениях клириков и обрядах, подтверждали соответствующие рубрики «Книги общих молитв». А когда Эдмунд Гриндел (архиепископ Кентерберийский в 1576-1583 гг.), разделявший стремление пуритан к Реформации, посмел сказать Елизавете о том, что она подчиняется высшей власти, его отстранили от исполнения обязанностей. Его преемник Джон Уитгифт (1583-1604) требовал, чтобы все духовенство письменно признавало королевскую супрематию, «Книгу общих молитв» и Тридцать Девять статей под страхом быть смещенным.
Однако необходимость вписать Англиканскую церковь в английское национальное сознание стала лишь первым из нескольких испытаний, с которыми пришлось столкнуться правительству. В апреле 1559 г. мир в Като-Камбрези (между Испанией, Францией и Англией) завершил начатую Марией войну с Францией, и Филипп II ненадолго присоединился к числу претендентов на руку Елизаветы. На протяжении 60-х годов XVI в. Испания старалась сохранить дружбу с Англией, не в последнюю очередь для того, чтобы обеспечить себе свободное передвижение по Ла-Маншу к Испанским Нидерландам. Однако католики, папство, Испания и Франция оставались потенциальными врагами Англии: угроза католической коалиции против нее составляла подлинную опасность. К 1569 г. интересы католиков были связаны с интригами, самые невинные из которых были нацелены на признание прав Марии Стюарт как преемницы Елизаветы, а в более опасных формах представляли собой заговоры с целью сместить Елизавету и возвести на престол Марию.