С теми из совращенных «жидовствующими», кто раскаялся, поступали довольно мягко — на них наложили епитимью, запретив входить в храмы во время службы, заставляя стоять у паперти, прислушиваясь к происходящему внутри. Упорствующих — а такие встречались — наместник наказывал по светскому закону, потчуя «кнутием». Такое положение дел в Новгороде продолжалось, покуда не прошел слух, что дьяк Курицын вернулся из венского вояжа. Как только об этом стало известно, многие еретики сбежали в Москву. Оказалось, что каялись они притворно.
И снова пошли в столицу грамоты с обвинениями, показаниями и прочими подробностями следствия. Но ответа на них не было. Сказывалась ли старая неприязнь Геронтия к Геннадию — а отношения у них были непростые, — либо позиции «жидовствующих» в Кремле стали как никогда крепки, но в конце концов архиепископ понял, что на помощь Москвы ему уповать не приходится. Покровители еретиков блокировали любые обвинения Геннадия и сами переходили в наступление. Сосланный архиепископом Геннадием в дальнюю пустынь чернец Захарий был возвращен в свой монастырь в Немчинове, откуда он в 1487 году отбыл в Москву, прижился там и рассылал в разные места грамоты, в которых называл Геннадия Гонзова еретиком.
О тогдашнем положении дел в Московском государстве говорит такой факт: после смерти Геронтия митрополитом в сентябре 1490 года был поставлен архимандрит московского Симонова монастыря Зосима, сам уже давно ставший тайным «жидовствующим».
Возведение на кафедру Зосимы сопровождалось грубейшим попранием обычаев — митрополита должны были избрать епископы, но, опасаясь назревавшего скандала, великий князь по наущению покровителей беззаконного претендента, не допустил приезда в Москву на выборы архиепископа Геннадия. Остальным, более покладистым, «выкрутили руки», понудив «выбрать уже выбранного», — Зосима поселился на митрополичьем дворе, прежде чем состоялось его утверждение на митрополичьей кафедре, в чем явно проявилась княжеская воля.
Архиепископ Геннадий, однако, не думал сдаваться. Не имея успеха в Москве, он пришел к выводу, что нужно сокрушить учение караимской секты, обличив его в религиозной полемике. Тут-то и пригодился прибывший в Новгород Никола Бюлов. Немецкий ученый довольно скоро исполнил ту работу, ради которой приехал; при этом им был найден математический ключ, который давал возможность составления «вечной пасхалии»: выяснилось, что по истечении периода в 532 года числа Пасхи повторяются в том же порядке, в каком они шли в предыдущем периоде.
Но кроме того, Бюлов, легко овладевший русским языком, и ряд других книжников по просьбе архиепископа Геннадия отыскали и перевели полемические книги: «Магистра Николая Делира, чина меньших феологии последователя, прекраснейшие стязания, иудейское безверие в православной вере похуляюще»; «Обличение Самоила Евреина на богоотметные жидове, обличительно пророческих речьми глав 25» и «Иаков жидовин, вера и противление крестившихся иудей во Африкии и Карфагене», специально предназначавшихся для обличения ереси «жидовствующих».
Кроме иноземцев архиепископ Геннадий привлек к сложной и кропотливой работе русского переводчика Дмитрия Герасимова, знавшего латинский и немецкий языки. По заданию архиепископа Герасимов два года провел в Венеции и Риме, подбирая нужные полемические материалы. Он близко сошелся с папским книгохранителем Яковом и получал от него ценные книги, переводы с которых посылал в Новгород.
Одновременно с накоплением материалов против еретиков архиепископ вел активную переписку с другими епископами митрополии и, заручившись их поддержкой, стал добиваться созыва собора «против жидовствующих». Не дожидаясь собора, кое-кто из «жидовствующих» загодя дал стрекача: в Литву бежали московский княжий писец Иван Черный да Игнат Зубов.
Впрочем, остальные строгого наказания избежали; их спасла ловкость митрополита Зосимы, который обернул дело так, что от Бога все присутствующие поставлены не казнить, а обращать к покаянию. В конечном итоге решено было отправить в Новгород протопопа Гавриила, пасквилянта чернеца Захария, первого из совратившихся попа Дионисия; товарищ Дионисия поп Алексей, которого он привел к Схарии, умер года за два до собора. Вместе с главными персонажами собор выслал в Новгород несколько второстепенных сектантов.
