Архиепископ распорядился немедля «взять тех попов и дьякона за приставы и снарядить следствие». На допросе у новгородского наместника Юрия Захарьина провинившиеся члены клира кое-что рассказали о «жидовствующих» и их отношении к православным святыням. Попович Самсонко Григорьев первым назвал имена московских соборных протопопов Алексея и Дионисия, а также их высокого покровителя, дьяка Федора Васильевича Курицына, сообщив, что они являются членами секты. После этих признаний дело явно выходило уже за рамки компетенции архиепископа Геннадия, и он отправил в Москву грамоты митрополиту Терентию и князю с изложением сути дела, спрашивая, как ему надлежит поступать с признавшими вину святотатцами. Тем временем за «взятых» Самсонку, Ерсея и Гридю поручились люди, считавшиеся в Новгороде вполне надежными, и владыко согласился арестованных отпустить, покуда из Москвы не придут указания на их счет.
Покуда ждали ответа, убоявшиеся наказаний попы и дьякон, предав своих поручителей, сбежали из Новгорода и сами поспешили в Москву, где рассчитывали получить защиту от впавших в ту же ересь, что и они, «важных персон» княжества. Разгневанный Геннадий снова писал в Москву князю и митрополиту, приложив к этой грамоте показания раскаявшегося попа Наума, решившего «оборотиться обратно» из ереси в православие. К этим показаниям приложена была и «тетрадь с исправленными на иудейский лад псалмами», также принесенная покаявшимся попом. Скорее всего, речь идет о махзоре — рукописном сборнике молитв и правил, по которым следовало справлять иудейские праздники.
Ответ от митрополита Геронтия все не приходил, а тем временем в самом Новгороде, видя беспомощность архиепископа перед сектой, которой благоволили московские «сильные мира сего», обнаглевшие «жидовствующие» стали открыто глумиться над символами христианства. Делалось это в стиле, очень смахивающем на современный «акционизм»: к воронам привязывали кресты и они летали с ними над головами новгородцев с противными карканьем, символизируя монашество. «А те вороны и вороны садясь на всякую стервь и на калу волочат по ним привязанные кресты» — так описывал Геннадий выходки «жидовствующих» в письме Нифонту, епископу Суздальскому. Приводя подобные примеры, архиепископ высказывал убеждение в том, что дальнейшее промедление и попустительство могут привести к еще худшим последствиям, и просил владыку Нифонта поддержать его перед митрополитом Геронтием в борьбе с еретиками.
Причиной, заставившей новгородского архимандрита так ополчиться на проповедь «жидовствующих», со всей очевидностью послужила та легкость, с которой новая ересь поражала тех, кто прежде остальных должен был «радеть о православии». То, чему учил Схария, было «совсем ново», оригинально и ни на что не похоже, да к тому же прекрасно подкреплено «книжной наукой». Соблазн оказался слишком велик, а тенденции распространения ереси для настоящего православного человека были просто пугающими.
Понимал ли это митрополит Геронтий? Скорее всего, да, но, памятуя о том, как сильны противники, он соблюдал осторожность. Во всяком случае, покуда в Москве оставался Федор Васильевич Курицын, митрополит не предпринимал очевидных действий во вред «жидовствующим», но как только великий князь услал своего главного дипломата в Вену для важных переговоров, митрополит решился. Политично представив дело так, что к нему с настойчивыми просьбами обратились сразу несколько уважаемых иерархов, он постановил созвать собор для принятия решений о «жидовствующих». Присланные из Новгорода сведения полностью изобличали Самсонку Григорьева, Ерсея и Гридю, которых признали виновными и достойными отлучения от церкви. По законам же светским их приговорили к телесному наказанию — «били новгородских попов кнутием», пишет усердный летописец.
Затем еретиков отправили в Новгород, к архиепископу Геннадию, для духовного увещания. Вместе с тем митрополит распорядился начать следствие в отношении тех, кого архиепископ занес в представленные им списки «жидовствующих». И вскоре уже в распоряжении архиепископа Геннадия оказалось немало показаний. Главный идеолог «жидовствующих» Схария все еще жил в Новгороде, но с него взятки были гладки — иностранный купец, ведший большой торг, он был защищен всеми законами торговли. Духовная власть не могла предъявить ему претензий, так как Схария был иудей и, исповедуя свою веру, никаких законов православной церкви не нарушал. Ну, а то, что его слушали и ему следовали, так то вина тех, кто находил возможным, услышав, предать свою веру.
