Орден возглавлял великий магистр, который командовал войском, а для ведения орденских дел был наделен неограниченной властью. Лишь в некоторых случаях великий магистр подчинялся Совету общего собрания – Капитулу братьев-рыцарей. Вторым в орденской иерархии был орденский канцлер и хранитель печати – капеллан. Высокое положение занимал казначей и брат, ведавший орденским оружием и снаряжением.
Управлением и судом в завоеванных землях Эстонии и Латвии ведали провинциальные орденские командоры, фогты, попечители – начальники замков. Все рыцари, жившие в одном орденском замке, составляли конвент во главе с попечителем. Собрания братьев назывались капитулами.
Ленными властителями ордена меченосцев были рижские архиепископы, дававшие им во владение земли на праве епископского вассала. Епископ принимал присягу в верности и послушании орденского магистра, как ленном, так и каноническом. Орден подлежал епископскому суду и находился в его духовной и светской юрисдикции. На завоеванных землях было создано орденское рыцарское государство, начавшее угрожать Новгородской боярской республике и Владимирско-Суздальскому княжеству.
В 1212 году состоялось первое военное столкновение русских с меченосцами. Объединенное пятнадцатитысячное новгородско-полоцкое войско во главе с князем Мстиславом Удалым совершило первый поход на опорные базы ордена. Немцы заключили сепаратный мир с Полоцким княжеством, и новгородцы, оставшись одни, пошли на перемирие с меченосцами.
В 1217 году объединенное новгородско-эстонское войско осадило Венден – резиденцию великого магистра в Южной Эстонии. В 1218 году Северная Эстония была занята датскими войсками, а на месте селения эстов Линданисе был основан «Датский город» – «Таани линн», впоследствии ставший Таллинном. По приказу рижского архиепископа было создано Эстляндское епископство.
В 1221–1222 годах русские, литовцы, эсты опять осаждали Венден, уничтожили гарнизоны ордена в Эзеле, Феллине, Оденпе. Однако уже через пять лет, после битвы русских князей с татаро-монголами на Калке, меченосцы разбили войско эстов на реке Имере и вернули все замки. На помощь эстам пошло русское войско во главе с владимиро-новгородским князем Ярославом Всеволодовичем Переяславским, дошедшее до Таллинна. В Юрьеве и Оденпе были оставлены русские гарнизоны. Однако еще в 1224 году меченосцами был взят основанный в 1030 году Ярославом Мудрым Юрьев-Дерит, и в виде отдельного феодального образования было создано Дерптское епископство. Эсты были полностью разгромлены, русские вытеснены из Эстонии, а орденско-псковская столица стала проходить всего в тридцати километрах от Пскова.
В 1222–1223 годах состоялся «локальный» крестовый поход против прусов. Поход кончился безрезультатно, хотя в нем участвовали владетельные князья Лешек Белый, Генрих Бородатый, Конрад Мазовецкий, получившие поддержку воинами из Германии. Тогда и возник план перемещения на эти земли Тевтонского ордена.
Переговоры с тевтонцами начались в 1225 году. Великий магистр Герман фон Зальца послал в Прибалтику инспекцию для изучения ситуации на месте. В том же году Герман фон Зальца получил грамоту императора Фридриха II, который «дарил» Тевтонскому ордену в собственность все земли, которые рыцари захватят в землях прусов. Позднее, в 1234 году папа передал Тевтонскому ордену буллу, в которой занятые прусские территории объявлялись «собственностью святого Петра» и передавались в вечное владение крестоносцам.
По приглашению Конрада Мазовецкого тевтонские рыцари прибыли в его владения помогать ему в борьбе с прусами, за что им была обещана Кульмская и Лободская земля – «для введения там хороших обычаев и законов для упрочнения веры и установления благополучного мира между жителями».
С берегов Вислы тевтонцы двинулись на прусские земли, куда уже был назначен епископ Христиан. Тевтонский орден признал себя его вассалом. Крестоносцы действовали с исключительной жестокостью – на завоеванной земле уничтожались почти все жители, строились замки, в которых находились орденские гарнизоны, из Германии на опустошенные земли приглашались колонисты. В 1233 году епископ Христиан попал в плен, и Тевтонский орден в Прибалтике больше не зависел от местных властей.
