Информация о собрании рабочих сразу стала известка властям; полиция начала разыскивать организаторов и участников акции. Теперь его положение значительно осложнилось; он оказался под угрозой ареста Стремясь избежать такого оборота событий, Иосиф был вынужден скрыться и поэтому не явился для сдачи экзаменов. И развязка наступила. Решение, датированное 29 мая, гласило: Иосиф Джугашвили «увольняется из семинарии за неявку на экзамены по неизвестной причине».
Казалось бы, администрация должна была хотя бы формально выяснить причины его отсутствия. Они могли быть уважительными. Но правление семинарии уже располагало достаточными сведениями. Оно спешило освободиться от подстрекателя к беспорядкам, не вынося сор за пределы церковных стен. У служителей Бога были свои понятия о чести «мундира», и афишировать бунтарские настроения своих воспитанников не входило в их интересы. Ректором Тифлисской духовной семинарии, принявшим соломоново решение об исключении Джугашвили без лишнего шума, был владыка Гермоген, впоследствии не убоявшийся конфликта с самим Распутиным.
Еще не зная о своем исключении, Иосиф несколько дней скрывался в садах селения Гамбареули, в окрестностях Гори. Неприятную весть принес Миха Давиташвили, отыскавший товарища уже после экзаменов. Извещенный о случившемся, Иосиф не решился сразу вернуться в дом матери. Предвосхищая ее отчаяние и горе, связанные с крушением надежд на благополучное и богоугодное будущее сына, он не спешил сообщить тяжелую для нее весть. Он нежно любил мать и не хотел огорчать ее ошеломляющим известием, оставляя его на потом, когда оно дойдет до нее окольными путями, в пересказе услужливых сплетников.
Опасность ареста все еще висела над ним, и Миха увез товарища в Цроми, в дом своего отца По свидетельству брата Михи Петра: «Миха и Коба как раз здесь начали свою конспиративную жизнь». В доме Давиташвили Иосиф сразу набросился на книги. Сюда часто приезжают товарищи, и в их числе Ладо Кецховели. Друзья могли подвести итоги и обдумать свои планы.
Но вскоре в дом деревенского священника нагрянула с обыском полиция. Впрочем, в Цроми этот визит не стал неожиданностью. Получив из Тифлиса депешу с распоряжением провести в доме священника Н. Давиташвили обыск, уездный начальник Гори исполнение этого приказа поручил секретарю правления Д.В. Гого-хия, жена которого была племянницей священника. Поэтому, прежде чем нагрянуть с обыском к родственнику, уездный секретарь послал в Цроми осетина Джиора Гасишвили с уведомлением о предстоящем визите. Блюстители порядка были с радушием и хлебосольством встречены предупрежденными хозяевами, и обыск результатов не дал.
Теперь, после навязанного обстоятельствами «общения» с полицией, уже без прежних опасений Иосиф мог вернуться в Гори. Там он вновь встретился с Ладо Кецховели и приехавшим с ним Михаилом Монаселидзе. Единомышленники обсуждали вопрос об изменении характера работы социал-демократов. Они пришли к выводу о необходимости перехода от пропаганды марксизма к активным действиям и одной из ближайших своих целей поставили создание нелегальной типографии. В качестве реального практического шага Ладо Кецховели предложил организовать забастовку рабочих тифлисской конки. Ясно осознавая, что ветер революции крепчает, они устремлялись навстречу надвигавшейся буре.
Иосиф оказался не единственным из семинаристов, кто летом 1898 года сжег свои корабли. Вернувшись с летних каникул, подал заявление об уходе из семинарии Миха Давиташвили, к началу учебного года из списков учащихся исчезло уже более двадцати воспитанников. Конечно, погружаясь в водоворот политической борьбы, Иосиф даже не подозревал, какие жестокие превратности и испытания судьбы ожидали его на выбранном пути.
Но, договариваясь со своими друзьями о совместных политических действиях, он не мог не задумываться о хлебе насущном. Оказавшись за стенами семинарии, двадцатилетний молодой человек не имел ни крова, ни заработка, ни даже гражданского положения. И прежде чем пускаться в революционную одиссею, ему предстояло уладить свои личные дела.