Кеке проявила настойчивость. Ее не устраивала перспектива, при которой сын будет тянуть рабскую лямку без каких-либо надежд на достойное будущее. Она забрала сына и к началу учебного года вернулась в Гори. В сентябре 1890 года Сосо вновь сел за парту. Среди новых одноклассников он познакомится с Дормидонтом Гогхия. Дядя Дормидонта Виссарион служил в уездном управлении и жил в доме свояка Андро Кипшидзе. После возвращения из Тифлиса Джугашвили поселились рядом с этим домом; Сосо и Дормидонт сблизились и стали дружить.
Крещенское несчастье не прошло без следа. Мальчик не мог наравне со сверстниками участвовать в беззаботных играх; он начинает замыкаться в себе, у него появляются особая походка бочком и новое прозвище Геза (Кривоходящий). В это время он уже острее воспринимает разницу между своими родителями и отцами одноклассников, кроме того, он чувствует себя уже серьезнее этих детей провинциальных священников, не разделяя их «бездумные забавы».
Он с прежним рвением занимается учебой и с еще большим увлечением погружается в чтение. «Я заметил, что он очень наблюдателен, вечно носится с книгами, никогда с ними не разлучается... — пишет сын полкового священника Петр Адамишвили. — Сосо не мог быть мне товарищем, ибо на переменах никакого участия не принимал в шалостях и играх. Отдых он проводил за чтением книг. Кушал хлеб или яблоки. Он не говорил с нами. А если заговаривали с ним, отвечал кратко, лаконично: «да», «нет», «не знаю». Более этого от него нельзя было добиться»; «Сосо вообще не любил выходить во двор»; «не было случая, чтобы он пропустил урок или опоздал».
Но не только болезнь изменила его поведение. В его мироощущении наступил переходный возраст; характер подростка стал приобретать уже устойчивые черты, и одной из особенностей этого становления было то, что он во всем «стремился быть первым».
Педагоги быстро обратили внимание на добросовестность и старание, сообразительность и целеустремленность мальчика. Они оказывают ему доверие. Учитель русского языка Владимир Андреевич Лавров «назначил его своим заместителем» и поручил ему выдавать ученикам книги, а преподаватели духовных дисциплин, оценив интеллектуальные и организаторские способности Сосо, привлекли его к обучению одноклассников чтению псалмов. Учеников допускали к проведению церковной службы только после тренировки с ним. Он приобрел неофициальный статус главного клирика, а на торжественных молебнах неизменно являлся главным певчим и чтецом. Он относился к своим поручениям весьма ответственно.
Для поощрительного доверия учителей к воспитаннику существовали и иные предпосылки. Преподаватель училища Г.И. Елисабедашвили вспоминал о незаурядных музыкальных способностях юного Сосо: «У этого одаренного мальчика был приятный высокий голос — дискант. За два года он так хорошо усвоил ноты, что свободно пел по ним. Вскоре он стал помогать дирижеру и руководить хором... Мы исполняли вещи таких композиторов, как Бортнянский, Турчанинов, Чайковский... Сосо хорошо пел в хоре учеников духовного училища. Обычно он исполнял дуэты и соло, часто заменяя регента хора».
Кстати, уже само то, что учащиеся получили возможность учить и исполнять произведения музыкальной классики, стало заслугой именно юного Сосо. Несмотря на царившую в училище строгую атмосферу, прививавшую будущим священникам «богобоязнь и смирение», мальчик оставался смелым и свободолюбивым. В отличие от своих одноклассников он не трепетал перед школьным начальством Он часто обращался к инспектору или надзирателям с просьбами о прощении провинившихся учеников, рассуждая об иных, чем наказание, средствах их исправления.
Его не по-детски здравые доводы убеждали старших, поскольку они основывались на здравой логике, а проявленные им пытливость, стремление мыслить нестандартно даже стали импульсом для своеобразной школьной реформы. Преподаватель духовного пения С.П. Гогличидзе рассказывал, что однажды мальчик обратился к нему с вопросом: почему в училище не поют светские песни? Вопрос поставил преподавателя в тупик, а объяснение, что учащиеся духовного училища «должны хорошо знать церковное пение», не удовлетворило подростка.