«Отрицательное отношение значительной части масонов к Екатерине и симпатии к Павлу Петровичу, — указывает Вернадский, выясняются вполне определенно в конце 1770-х годов. 3 сентября 1776 г., при соединении Елагина с Рейхелем, великим поместным мастером сделан был гр. Н. И. Панин. Не прошло двух месяцев после того, как и внучатый племянник Панина и близкий друг Павла кн. А. В. Куракин был отправлен в любимую Паниным Швецию составлять истинную масонскую партию».
«Елагин целый год думал примкнуть ему к новой системе или нет, составил даже примерный список своих масонов применительно к новой системе, но в конце концов отказался. Тогда шведскую систему окончательно захватили в свои руки приверженцы и друзья цесаревича: кн. Г. П. Гагарин, кн. А. В. Куракин, кн. Н. В. Репнин, О. А. Поздеев (перед тем служивший при гр. П. И. Панине); сам Н. И. Панин не выступал на первый план».
В Швеции находился центр Иоанновского или Символического масонства. Поэтому масонам приходилось поддерживать связи с главой шведских масонов герцогом Зюдерманландским. Екатерина II со временем стала относиться к этим связям с большим неодобрением. В 1779 году полицмейстер С.-Петербурга Лопухин получил приказание посетить ложи Иоанновского масонства с целью «узнания и донесения» Ее Величеству о переписке с герцогом Зюдерманландским». В конце 1779 года герцог Зюдерманландский объявил Швецию девятою масонскою провинцией «Строгого наблюдения». В состав этой провинции он включил и русские ложи Иоанновского масонства.
«Шведское масонство вызвало острые опасения Екатерины. Об этом свидетельствует и комедия Императрицы, первая из целой серии, направленной против масонства «Тайна противонелепого общества», появившаяся в 1780 г. Одновременно с литературными мерами Екатерина приняла и административные. В Национальной Ложе два раза был петербургский полицмейстер П. В. Лопухин.» Узнав о включении русских лож Иоанновского масонства в девятую Шведскую провинцию, Екатерина распорядилась Елагину закрыть ложи братьев Гагариных, работавших по этой системе.
Братья Гагарины тогда уезжают в Москву, учреждают там новые ложи, которые тайно опять ведут свою работу по шведско-прусской системе.
Ввиду усиления надзора за деятельностью масонских лож в Петербурге, центром русского масонства становится Москва.
Период с 1781 года по 1792 год характерен стремлением русских масонов добиться права работать в более высоких степенях. Отсюда возникает стремление к Розенкрейцерству.
А. В. Семека в своем исследовании «Русское масонство в XVIII веке» так определяет этот период развития русского масонства:
«Самые шатания братьев из стороны в сторону, неожиданные переходы от одной системы к другой от «Строгого Наблюдения» к английскому масонству, от Елагина к Циннендорфу, далее от шведскоберлинской системы к розенкрейцерству — все это свидетельствует о том, что в русском масонстве стали проявляться какие-то новые требования и жадно искать в нем ответов на пробудившиеся вопросы.» Фон Рейхель дает указание, что масоны желающие «упражняться в истинном масонстве» должны «иметь ложу весьма скрытую, состоящую из весьма малого числа членов скромных и постоянных, и упражняться в тишине».
На основе этих указаний в Москве возникает ложа «Гармония». В составе Ложи, кроме других, входят такие видные масоны Новиков и Шварц, ставший позже главой новой масонской системы Розенкрейцерства. Члены ложи поручают Шварцу поехать в Прибалтику и в Берлин и узнать следы «истинного масонства». Ни английская, ни шведско-прусская системы не удовлетворяют уже членов ложи «Гармония». В Берлине Шварц познакомился с членами масонского ордена Розенкрейцеров и увидел в этом Московском ордене «истинное масонство».
1 октября 1781 года Шварц был в Берлине принят в орден Розенкрейцеров и посвящен в тайны «истинного масонства». Шварц получил от ордена Розенкрейцеров полномочия быть «Единственным Верховным представителем «ордена во «всем Императорско-русском государстве и его землях». «Главным надзирателем» был назначен Новиков.
Масоны проникают во все главные учебные заведения: Московский университет, Шляхетский корпус, Академию наук, в правление Екатерины II превращаются в центры пропаганды идей просветительной философии и специфических идей масонства.