Кризис Араки имел разные последствия для его участников. Как отмечает один из его свидетелей-иезуитов, в целом инцидент «оказался очень болезненным для нас»[443]. Нобунага не только угрожал иезуитам физической расправой; по сути, он ясно показал им, что все их предприятие построено на зыбучем песке. Нобунага истребил более 600 членов клана Араки, слуг и служанок замка Ариока, захваченных им в конце 1579 года. Эти карательные меры вполне могли быть направлены и против отцов-иезуитов и их последователей, если бы Органтино не удалось переубедить Такаяма. Что касается последнего, то его явно не слишком заботила судьба его родственников, и непонятно, в какой степени он был обеспокоен участью братьев-христиан. Во всяком случае, Укон не высказал никаких возражений (очевидно, это было бы неумно с его стороны), когда Нобунага, не обращая ни малейшего внимания его церковный обет, преподнес ему дары. Такаяма Укон, был он христианином или нет, в первую очередь оставался даймё эпохи Сэнгоку, а это сословие пеклось в первую очередь о собственных интересах и беспокоилось более всего о собственной безопасности и продвижении, нежели о чем-либо еще, включая христианство.
Иезуиты в Японии нацеливались на завоевание моральной симпатии военного сословия. В своей «Истории Японии» Фройс уверяет, что Араки «не имели права осуждать отца Органтино, поскольку Такаяма не заставляли делать ничего такого, что бы расходилось с японскими обычаями. В действительности, немногие находились в армии [Араки] или вне ее, кто не восхвалял бы святого отца за то, что он сделал»[444]. Однако трудно представить себе что-либо, более далекое от истины: кризис Араки «даже в современной Японии остается хорошо известным эпизодом из времен Сэнгоку, свидетельствующим о двуличности христиан»[445]. Укон поступил на службу Нобунага, продолжая служить Араки, так что его сюзереном был именно последний. Кроме того, Укон выступил против своего собственного отца и бросил заложников. Практика предоставления заложников в качестве залога верности господину являлась краеугольным камнем системы вассалитета в период Сэнгоку. По наущению отца Органтино Такаяма Укон совершил двойное преступление: против тю, верности, и ко, сыновней почтительности, двух фундаментальных понятий японской воинской этики.
Противостояние Нобунага и иезуитов в 1578 году можно рассматривать в качестве предвестника изгнания иезуитов Хидэёси не осуществленного принудительно и окончательной их высылки при Токугава Иэясу. Кризис Араки ясно показывает, что иезуиты в Японии XVI столетия стояли перед неразрешимой дилеммой: они вынуждены были принимать политические обязательства перед японскими даймё для того, чтобы достичь успеха в миссионерской деятельности в стране, раздираемой войнами в эпоху Сэнгоку, но эти самые обязательства сделали их потенциальным препятствием для централизованной власти, сложившейся в Японии в конце XVI века. Трудно осуждать иезуитов за то, что они не сделали никаких выводов из своего чудесного спасения 1578 году; в конечном счете, у них не было выбора. Единственной альтернативой было прекратить миссионерскую деятельность в Японии, однако в конце 1570-х годов это казалось воинам Христа невозможным. Но через тридцать пять лет Токугава силой заставит их сделать это.
21 июня 1579 года, почти за год до падения Хонгандзи, Нобунага организовал в Адзути религиозный диспут между наставниками школы Нитирэн (Лотоса), с одной стороны, и Дзёдо (Чистой Земли), с другой. Едва ли является случайным тот факт, что диспут этот состоялся в то время, когда признаки близкого падения цитадели Хонгандзи стали видны всем. Практически полностью прибрав к рукам Центральную Японию, Нобунага теперь был готов подчинить еще одного воинственного противника — буддистскую школу Нитирэн.
Школа Нитирэн, или школа Лотоса, являла собой не идущее на компромиссы общественное течение, наибольшее число участников которого составляло городское население крупных политических и торговых центров, таких как Киото и Сакай, которое школа Нитирэн привлекла на свою сторону в конце XV столетия. Вооруженные последователи Нитирэн сформировали так называемую «конфедерацию Лотоса» и практически автономно хозяйничали в Киото в период с 1532 по 1536 год. Сокрушить ее смог только союз воинов-монахов с горы Хиэй и войска Роккаку из провинции Оми, которые в 1536 году вторглись в Киото и сожгли все храмы Нитирэн в столице — всего 21. Этот эпизод получил название «Смуты годов Тэнбун». Нижний Киото был практически полностью уничтожен огнем, как и примерно третья часть Верхнего Киото. Однако к тому времени, как Нобунага вступил в Киото в 1568 году, школа Нитирэн в основном оправилась от сокрушительного удара, нанесенного ей воинами-монахами школы Тэндай, и вновь стала силой, с которой в столице нужно было считаться. Нитирэн часто принимала участие в религиозных спорах и использовала их как главный инструмент в своей агрессивной деятельности по привлечению в свои ряды новых сторонников. Религиозные диспуты отнюдь не были чем-то удивительным в эпоху Сэнгоку. Но многие даймё прекрасно понимали, какие социальные последствия они могут вызвать в их владениях, а потому стремились пресечь любые их нежелательные проявления. Так, например, Такэда Сингэн вообще запретил любые диспуты между школами Дзёдо и Нитирэн в своей провинции Каи.
